值得一提的是林毅夫的台灣籍貫也讓該中心獲得了不少台灣人的讚助，其哥哥林旺鬆就是讚助人之一。1996年10月，擔任台灣宜陽公司董事長的林旺鬆出資設立“中國經濟研究獎學金”。當年獲獎學生30人，其中包括後來從美國回國加入中心的沈燕博士。
2001年，北京大學中國經濟研究中心新樓--“萬眾苑”落成，正式投入使用。該樓由台商萬眾先生捐資200萬美元興建，占地麵積6000多平方米，建築麵積2300多平方米，建築風格充分考慮周邊建築特色，全部采用中國古典庭院式寶頂建築，與原中國經濟研究中心的建築渾然一體。
據台灣媒體報道，經常接待外賓的北京大學中國經濟研究中心，校園的一隅即前清親王府第朗潤園。急欲培植更多人才的林毅夫，決定擴建學習空間，卻苦於經費不足，一次趁在香港開會之機，與台灣眷村長大的商人萬眾先生相識，開啟了“萬眾苑”的傳奇。
萬眾先生在聽到林毅夫的構想，並且參觀過該中心古色古香的建築模型後，主動詢問需要多少經費，在得知為200萬美元後，立即無條件同意捐贈，隨後也分兩次完成彙款。隻是從此萬眾先生音訊杳然，連要其參加動工典禮也找不到人，直到工程即將完成之際，才突然打電話詢問“萬眾苑”的經費問題和進度如何。
在萬眾苑建好以後，以萬眾樓為中心，便形成了一個相對獨立的庭院。苑內全部采用中國古典庭院式寶頂建築，整個院落以恢複朗潤園古建園林為主要風格，所有建築遊廊連接，環境優美，為燕園又增添了一處美景。
而之所以取名為“萬眾苑”，一是為了銘謝萬眾先生慷慨義舉，二是取“萬眾一心，眾誌成城”之義。事後，林毅夫還欣然命筆，撰寫《萬眾苑記》一文以記其事，並將全文銘刻於碑，立於萬眾樓前。
此後，在大陸新聞媒體上，會經常看到“××著名經濟學者在北大萬眾樓演講”的新聞。而林毅夫主持的北大經濟研究中心，近年來已成為台灣各黨派政商領袖參訪交流的學術重鎮。
2007年3月，在第三屆中國金融專家年會上，易綱、林毅夫等入選2006影響中國金融的十大專家人物。4月，北大中國經濟研究中心被《福布斯》中文版評價為“中國最具價值商學院”第一名，這是該中心自2005年以來第三次獲此殊榮。
林毅夫在接受采訪時強調，中國政策環境的多變性、中國的勞動力優勢以及培養學生具備有競爭力、向心力的團隊精神，是中心取得成功的“天時、地利、人和”。
2008年10月25日，北大中國經濟研究中心又升格為“北大國家發展研究院”。如今，這個中國官方智庫還被搭建成為連通東西方經濟研究的橋梁。馬丁·費爾丁斯坦，前美國總統經濟顧問委員會主席、美國國家經濟研究局(NBER)局長和他的經濟學家團隊--美國最大的非官方經濟政策研究機構，和CCER開始了每年定期的交流互訪，中國高層經濟官員已數度與他們展開對話。十幾年來，這裏接待的國內外的政經名流難以計數。