托馬爾修道院的內部結構錯綜複雜，但是整體結構和諧，幽雅中帶著尊貴，寧靜中帶著祥和，大氣而不失小節，華麗而不失簡樸，是歐洲西都會修道院中保存最好的一座。
托馬爾修道院的祈禱室的東北部有恩利克王子時期建造的兩道回廊，一個是“公墓回廊”。“公墓回廊”用穆哈德爾風格瓷磚砌成，被認為是葡萄牙哥特式建築中的精品之作。與“公墓回廊”相對的另一個則是“洗濯房回廊”。“洗濯房回廊”是葡萄牙建築中最早出現的雙層式回廊。整個教堂僅有一個窗的大廳，位於祈禱室西牆，稱為“西窗”。
托馬爾修道院的聖器室和門廊也是別出心裁。馬努埃爾一世時，建築師迭戈·德阿魯達將祈禱室的一半改建成教堂的寬敞前廳；另外一位著名的建築師若昂·德卡斯蒂利奧設計並建造了修道院房屋居室、餐廳、酒窯等設施，整個教堂僅有一個多窗的大廳，因為位於祈禱室西牆，故稱為“西窗”。聖器室和門廊也是獨巨匠心，別出心裁。修道院的建築被認為內有羅馬——拜占庭的風格，外有羅馬軍事堡壘特色。
從外形上看，托馬爾修道院主要為雙層多邊形建築模式。修道院的建築被認為內有羅馬一拜占庭的風格，從外形上看，就像是一座羅馬軍事堡壘。
哥特風格的回廊在歐洲各地修道院裏比比皆是，但是托馬這個卻因為牆上的藍白青花瓷磚而顯出濃鬱的地域特色。修道院中最顯眼的是曼努埃爾式的禮堂，這是葡萄牙那場短暫的海上霸主夢的產物。
偏居大陸一角的從來不曾在大陸上風光過的小小葡萄牙一夜之間忽然成了大海的主人，那一段榮耀，如此短暫而又如此輝煌。帝國的船隻遍布世界，給葡萄牙帶來世界各地的建築風格，在曼努埃爾風格裏，你可以找到亞非拉甚至南美各國的建築的影子，後世因此稱之為“大海風格”。扭轉造型的圓柱、國王紋章和雕飾精細又繁複的窗框，毫不掩飾的鋪張與華麗，加上貝殼、珊瑚、錨等航海元素的雕刻，這就是曼努埃爾式的典型風格。
胡安二世國王期間，修道院開始衰落。1834年，教會騎士被逐出葡萄牙，從此，修道院一度受到了冷落。但是它在曆史上曾經有過輝煌的時期，是早期基督教徒勝利的象征，同時也象征著葡萄牙對外來文明的開放。
“凱旋的聖母瑪麗亞修道院”
巴塔利亞修道院被稱為“凱旋的聖母瑪麗亞修道院”，如此富有蘊意的名字是為了紀念戰勝卡斯蒂利亞人而建立的。1385年8月15日，英勇的葡萄牙人民在阿爾茹巴戰役中擊敗卡斯蒂利亞人之後，國王胡安一世允諾建造該修道院，這座莊嚴的哥特式建築由此誕生。因此，巴塔利亞修道院是葡萄牙民族獨立得到進一步鞏固的標誌。
巴塔利亞修道院位於葡萄牙萊裏亞行政區，在首都裏斯本以北約120千米，教堂是院內的主要建築。門口的側柱，雕刻著一百尊天使像，還有聖人、預言者、教皇和國王的雕像。教堂西部豎立著火焰狀曲線窗格的高大窗戶。“創立者的禮拜堂”是星狀屋頂，裏麵安放著阿庇斯王朝的創始人喬安一世和王妃的石棺。“王之回廊”是歐洲最美麗的回廊之一。集會廳整個建築沒有一根支柱，構思大膽，風格獨特。
修道院內的教堂在曆代曾多次進行擴建，由大殿、禮拜堂、鍾樓、墓地等組成。主樓為3層建築，底層是拱形大門，沒有窗戶，旁邊有帶陽台頂的平房相接。第二層為拱形窗屋，頂層中間又為一個帶有涼台的拱形落地火焰狀窗戶，周圍是高聳向上林立的尖頂。門廊上鐫刻了線條複雜、蒼勁有力的木浮雕像和幾何圖形，風格與法國博爾戈尼亞地區的哥特式雕刻相仿。修道院內教堂大殿長80.27米，寬敞2米，高32.46米，有側肋交叉拱穹頂。
修道院是“創業者”胡安一世禮拜堂，呈正方形，邊長19.8米，頂部為八角形，以拱狀垛加固。中央天頂下安放著胡安一世及其妻子菲力帕王後的石棺，體積高大。周圍是聖費爾南多王子、聖地亞哥騎士團大首領胡安子、“航海家”恩利克王子和科英布拉公爵佩德羅王子之墓。倚靠西牆的是阿方索五世和胡安二世及其子阿方索王子的3座新墓。
具有哥特式與馬努埃爾式相結合的禦用修道室長55米，寬50米。
阿方索國王的修道室長50米，寬44米，是莊嚴肅穆的哥特式建築。
在西南角上方是“白鶴鍾樓”。尖頂的教士議可廳，下部為圓柱狀，上半部尖頂筆直向上，一扇1508年燒製的彩色玻璃窗點綴其中。
1435年，杜阿爾特國王按照杜蓋蒂的設計圖擴建了新禮拜堂，構思奇特，為八角形。1438年杜阿爾特逝世後工程中止。1509年，馬努埃勻國王又修建了一個關廳和一座15米高、7.5米寬的宏偉大門，由老馬特奧·費爾南德斯完成，其裝飾手法和風格受到伊斯蘭教藝術的影響。
1755年地震造成了一些破壞，但更嚴重的破壞來自1810年的拿破侖軍隊。1834年，道明會被逐出這座建築群，教堂和修道院荒廢，淪為廢墟。1840年，國王斐迪南二世開始修複這座荒廢的修道院廢墟，拯救這個哥特式建築的珍寶，修複工作一直持續到了20世紀初。