為了換取和平和英國人的支持，1654年葡萄牙被迫與克倫威爾簽訂了協議，將巴西、非洲及東方的貿易領地向英國開放，並許以優惠的關稅稅率，甚至還規定葡萄牙需要租賃外國船隻的時候隻能租賃英國船隻。英國還要求允許在葡萄牙的英國商人從事自己的宗教活動。
這對於傳統的天主教國家葡萄牙來說是難以接受的。於是克倫威爾又用海軍開到裏斯本逼迫葡萄牙同意了這項條款。
1660年，三十年戰爭結束之後，西班牙集中全力來對付葡萄牙，於是葡萄牙不得不再次向英國尋求援助。北非的丹吉爾被送給了英國；而且如果英國人能將印度洋上那些被荷蘭人占據的地區奪回來的話，那些地區就讓給英國人；對於錫蘭島，如果英國人能夠奪回，那麼葡萄牙就和英國平分該島的肉桂貿易。作為交換，英國向葡萄牙派遣兩個騎兵團和兩個步兵團；需要時英國將派艦隊對葡萄牙進行援助。從此直到葡萄牙第一共和國時期，英國人一直在葡萄牙擁有外交特權，並進行著無孔不入的經濟滲透。
法國方麵，葡萄牙人同樣失望而歸。1641年葡萄牙向法國提出正式建立一個對付西班牙的多國聯盟；但法國人對此不予理睬。後來葡萄牙降低了標準，隻是一個形式上的聯盟就可以了（即，如果西班牙不同葡萄牙和解，那麼法國也不同西班牙和解）；但法國還是對此避而不提。
到了三十年戰爭的最後階段，作為西班牙的敵對國，葡萄牙要求在最後的和談中占有一個席位，以便使西班牙承認其獨立地位，免得以後還要繼續打仗；然而法國沒有接納葡萄牙。最後的威斯特伐利亞條約根本沒有葡萄牙什麼事兒。甚至在法國和西班牙單獨簽訂的比利牛斯條約中明確規定了法國不支持葡萄牙與西班牙進行和談。葡萄牙成為了大國之間利益博弈的籌碼。
對於荷蘭，葡萄牙善意的提出了和解的請求。但是兩國的和平僅限於歐洲範圍內，海外領地的爭奪卻從未停止過。最後到了1661年，葡萄牙在無奈之下做出了讓步，放棄當時荷蘭占領下的海外屬地，並且給予荷蘭商人類似於英國商人在葡萄牙屬地上的貿易特權。在其他歐洲國家，葡萄牙人取得的外交成績大同小異。期望的國際援助或沒有兌現，或讓葡萄牙付出了慘痛的代價。葡萄牙海上霸主的地位正式讓與了英、荷兩國。帝國曾經的輝煌被葡萄牙人親手埋葬了。
在若昂四世統治時期，葡萄牙殖民帝國災難不斷，外交上也屢遭挫折。國內經濟很不景氣，還發生了幾起暴亂。因此，若昂四世將聖母瑪麗亞尊為“葡萄牙的庇護者和女王”。從這時開始，葡萄牙的國王不再佩戴王冠，因為王冠是屬於聖母的，這一點從他們的畫像上也可以看出來。然而聖母的庇佑也沒有持續多久，好運氣不再降臨葡萄牙，若昂四世於1656年11月6日去世，最終也沒有實現使葡萄牙恢複強大的願望，其子阿方索六世繼承了他的王位。
雖然葡萄牙又一次恢複了獨立，但這次的獨立顯然與年的獨立是不同的，先前的獨立接下來在走“上坡路”，最終發展成為了一個勢力覆蓋非常廣的全球性的殖民地帝國；而這次的獨立卻再也無法力挽狂瀾，威嚴不再，經曆了一次次的戰爭之後葡萄牙再也不是一個強國了。