紅衣主教恩裏克去世後，一度被驅逐的安東尼奧試圖回到裏斯本，但是卻被支持他的民眾留在了聖塔倫。1580年6月12日，他被狂熱的支持者擁戴為葡萄牙國王，隨即開始向裏斯本進軍。首都的老百姓打開城門熱烈歡迎了他。正呆在斯圖堡的五位執政官見狀星夜乘船逃往西班牙，並在卡斯特羅·馬林簽署文件，宣布菲利普二世為葡萄牙的合法國王，安東尼奧及其追隨者為叛徒。邊境的大批西班牙精銳部隊在阿爾瓦公爵率領下聞風而動，一路勢不可擋的打到了裏斯本城下。
麵對這種情況，安東尼奧和他的支持者們堅信1385年的曆史會重演。但是這談何容易。首先攻城的西班牙人沒有像上次那樣遭受瘟疫；其次安東尼奧是一介書生，無法像阿維斯騎士團團長若昂一世那樣輕易的就集結起來大批軍隊。再加上國內訓練有素的精銳之師都被塞巴斯蒂安葬送在北非的阿爾卡塞爾·吉比爾了。最後不得已之下他解放了裏斯本全城的奴隸並把他們編入軍隊，還釋放了大批的囚徒。
但是這些烏合之眾又怎會是訓練有素的西班牙人的對手？
8月25日，阿爾坎塔拉會戰，安東尼奧的軍隊悉數被殲。他逃往北部山區，想繼續組織力量抗戰，奈何許多城鎮僅僅是名義上支持他而已，並不願意出錢出人出力。還好他們並未受到菲利普二世高額懸賞的誘惑把安東尼奧出賣出去。
掃清了安東尼奧的餘黨之後，菲利普二世大大方方的進入了裏斯本城，並於1581年4月在托馬爾召開的宮廷會議上被加冕為葡萄牙國王，稱菲利普一世（因為到目前為止在葡萄牙曆史上這是第一個叫做菲利普的國王。他在西班牙國內仍稱二世），新的王朝——卡斯蒂利亞王朝或稱菲利普王朝就此在葡萄牙建立。伊比利亞半島第一次也是到目前為止唯一一次實現了大聯合。
登基之後，這位綽號為“精明人”的新國王便確立了一套政治綱領，並宣誓他本人以及今後的西班牙繼承者們在統治葡萄牙的時候都會遵守這一套綱領。據說，在紅衣主教恩裏克在世的時候菲利普二世便派代表與之進行過密談，這套綱領就是當時菲利普二世對恩裏克作出的承諾。這些條目史稱“菲利普綱領”，具體來講有以下幾條：尊重葡萄牙的自由、既有的特權、現行的法律製度及傳統的風俗習慣，不得改變；製定新的有關葡萄牙事務的法令時必須在葡萄牙召開相關會議；行政、司法、財政及軍隊等部門因襲舊製不變，所有這些機構中的官員和紅衣主教等其他教會職務都由葡萄牙人擔任，同時葡萄牙人可以受命在西班牙擔任公職；東方貿易仍由葡萄牙人直接經營，同時西葡兩國之間取消妨礙商品流通的種種限製和賦稅，必要時西班牙將派艦隊為葡萄牙商船護航；官方語言仍為葡萄牙文，貨幣仍保持葡萄牙的圖案等等。
菲利普的這些措施無疑是十分明智的。這樣的話他既實現了攫取葡萄牙王位的目的，又不致遭到什麼反對，可以把位置安安穩穩的坐下去。他在世的這十幾年裏這些規定確實得到了貫徹，而效果也是顯著的。上層階級自然沒有理由為選擇了一個外國人當國王而懊悔，而在人民的心底，反西班牙的情緒也隨著逐漸安定下來的社會局麵而漸漸沉到了心底，化作了對過去的默默的懷念和“塞巴斯蒂安主義”情結。
1589年，當安東尼奧領著一支英國雇傭軍回國的時候，裏斯本市民選擇了關閉城門進行抵抗。這次複辟的企圖就這樣告吹了。
安東尼奧見在本土無望繼續抗戰，便逃到了亞速爾群島；無奈西班牙人當時的海軍實力世界第一，好不容易攢起來的一點小火星很快便被聖克魯斯侯爵的艦隊踩滅了，安東尼奧跑到了英國，最後來到了法國，在1595年客死他鄉。這樣，葡萄牙開始了被西班牙事實上兼並的60年。
安東尼奧選擇這一年殺了個回馬槍是不無道理的。因為就在前一年的1588年，西班牙的“無敵艦隊”遭到了重創。因為對方的海盜行為和天主教與英國國教之間的分歧，菲利普組織了一支龐大的海軍，其中包括葡萄牙海軍的31艘高幫大型戰艦，企圖征服英國；隨後英國人在英吉利海峽發動了戰爭，悲慘的是葡萄牙二百多艘戰船頃刻間灰飛煙滅，隻有區區53艘得以返回。參戰的葡萄牙海軍最後也所剩無幾。這是菲利普王朝為葡萄牙帶來的第一次災難。好在國內的經濟形勢還不錯，這次失利也沒有在葡萄牙國內引起過大的反應。
1598年菲利普去世，其子菲利普二世（西班牙稱三世）繼位。
他在曆史上的綽號是“虔誠者”，但是正是在他的任內西班牙—葡萄牙帝國遭遇了前所未有的危機。其實錯也不在他本人，有道是盛極必衰，西班牙的劫數到了。