秦漢史研究有悠久的淵源和長期的積累，近數十年取得的進步亦有目共睹。然而，學術視野的擴展和研究方法的創新仍然有待於學者的進一步努力。應當說，秦漢史研究有繼續拓進的寬廣空間。有人認為，秦漢史研究的園地早經反複鋤耘，千百年來久已精耕細作，題目已經基本做完。這樣的意見，我們是不同意的。不要說新材料層出不窮，有待於整理和研究的出土文獻數量浩繁，內容豐富，其中新鮮信息無窮無盡，就是人們熟讀了的“前四史”等秦漢基本文獻，未知的或者說至今尚未真正準確理解的內涵還有很多。而從新的視角分析和理解秦漢史，還有無數新嚐試的可能。此外，理論認識的深化，也被不少學者看作當前秦漢史研究科學水準提升的必要條件之一。
有關秦漢史研究的理論認識，有不同的層次，包括對於秦漢時期理論成就的認識問題，對於秦漢時期執政思想的理論基礎問題，以及研究秦漢史的理論方向和理論方法問題等等。推進相關認識的深化，或許應當關注以下主題，即：第一，對秦政理論基礎的判斷；第二，對漢代學者整合先秦理論創造的理解；第三，對秦漢思想意識的理論說明；第四，秦漢史微觀和中觀考察的理論指導；第五，秦漢史宏觀研究的理論總結；第六，有關秦漢史在整個中國曆史和世界曆史中的地位的理論思考。
對秦政理論基礎的判斷
秦王朝的行政理念是否以法家思想作為理論基礎，對於相關理論的性質和影響，學界有不同的認識。有學者認為對秦政影響至為深刻的法家學派“倡導的極權主義頗近於法西斯”（李約瑟：《中國科學技術史》第2 卷《科學思想史》，王玲協助，何兆武等譯，科學出版社、上海古籍出版社，1990 年，第1 頁）。有的學者則認為應當“全麵評價商鞅變法及商鞅與其後學所共同構成的商鞅之學體係的全部內容”，肯定“秦的法治精神與法治傳統”，以為具有“進步的、足以為後世法又為前世所無、後世所不道不為的”曆史積極意義。強調“秦於‘嚴刑峻法’之中貫徹著一種‘平等’的精神”，“一種公平原則”。
“秦之末，便可以說是政府不顧常法原則而純任政令，即為所欲為。”
（張金光：《秦製研究》，上海古籍出版社，2004 年，第30—31 頁）有學者提出否定秦王朝行政有理論指導或者理論支持的意見，以為秦代是一個“沒有理論的時代”（邵勤：《秦王朝：一個沒有理論的時代——對法家思想與秦代實踐關係的反思》，《華東師範大學學報》1985年第6 期）。有的學者則從另一視角進行考察，以為影響秦政更重要的思想文化因素在於“秦人的價值觀”（林劍鳴：《從秦人價值觀看秦文化的特點》，《曆史研究》1987 年第3 期；《秦人的價值觀與中國的統一》，《人文雜誌》1988 年第2 期）。
相關討論還有繼續深入的必要。對秦王朝執政之理論基礎或理論指導的判斷得以明朗，有助於全麵理解秦漢政治史，也有助於說明此後二千年帝製基本格局的政治文化基點。
對漢代學者整合先秦理論創造的理解漢代對先秦原創文化的積累進行了追憶、收輯、整理。在這樣的工作中，又實現了新的理論創造。現今我們所看到的先秦文獻中，已經有漢代學者加工充實的內容。呂思勉曾經指出，《荀子》書就有這樣的情形。“其書同《韓詩外傳》二戴《（禮）記》《說苑》《新序》處最多”，且有同《春秋繁露》等書處，不免漢代學者將自己時代的思想理論加入其中。他指出，“偽古文《尚書》一案，固眯學者之目千餘年矣。然此特今人之學，僅能揀替魏晉人之偽品耳。若以史家之眼光，視古書為史料，則由此等而上之，別東漢人之所為於西漢人之外，別西漢人之所為於春秋戰國時人以外，別春秋戰國時人所為於西周以前人以外，其勞正未有艾。”（呂思勉：《辨梁任公陰陽五行說之來曆》，《東方雜誌》第2 卷第20 號）也許對《荀子》等具體文獻的判斷還可以商榷，但是注意應當別漢代人之所為於先秦人之外的主張，是科學的認識。有論者肯定呂思勉“考辨兩周至兩漢的史料的新設想”，“‘揀剔’‘偽品’的新設想，是在他多年精研先秦兩漢文獻的基礎上提出來的。我國先秦古籍，大多口耳相傳，至漢代始著竹帛。其間輾轉流傳，自不免有後人特別是兩漢學者之說羼入”，“自不免有漢人著述混入。”（鄒兆琦：《呂思勉先生與古代史料辨偽》，俞振基：《蒿廬問學記：呂思勉生平與學術》，三聯書店，1996 年，第55 頁）我們也許並不讚同“我國先秦古籍，大多口耳相傳，至漢代始著竹帛”的說法，也不讚同辨別漢代人與先秦人著述這一工作的意義隻是“‘揀剔’‘偽品’”。也許更值得秦漢史研究者關注的，是對於“羼入”“混入”
先秦理論的所謂“兩漢學者之說”，所謂“漢人著述”的理解和說明。