冬，發表英文版《倫敦被難記》。
1897年 31歲
是年，繼續在倫敦居留，並在大英博物館研讀政治、外交、法律、軍事、礦產和經濟等書籍。在倫敦的研究和社會考察，使孫中山的思想和政治主張有了更大的提升，他的三民主義的思想也更趨完整和成熟。
1898年 32歲
10月 26日，“百日維新”失敗後，康有為、梁啟超倉猝逃至東京。孫中山準備前往慰問，建立友誼。但康有為以帝師自居，自稱不便與革命黨首領來往，托辭不見。兩天後，孫中山委陳少白拜訪康、梁。
1899年 33歲
3月 2日，宮崎寅藏為了促成兩黨合作，奔走其間。但康有為自稱有光緒皇帝的衣帶詔而以勤王領袖自居，並無合作的誠意。梁啟超開始也有合作的意思，但當孫中山前往會見時，他又借故謝絕。
8月初，梁啟超前來會見孫中山。孫中山和梁啟超共商合並大計。經過討論後，梁啟超讚同兩黨合並，並推孫中山為會長，梁為副會長。會後，梁啟超將討論結果彙報給在新加坡逗留的康有為時，康有為非常生氣，並派人攜帶款項到日本，促梁啟超立刻赴檀香山辦理“保皇黨”的事務，不得延誤。於是兩黨合作的計劃告吹。
12月 19日，梁啟超赴檀香山之前，請孫中山寫介紹信，介紹檀香山的朋友給他認識。孫中山不疑有他，寫信給自己的哥哥和多位僑商，請他們支持梁啟超。檀香山華僑接受到信後，對梁啟超非常禮遇，並且捐出巨款。梁啟超極力向華僑宣傳，說“保皇黨”和“革命黨”原屬同流，名稱雖然不同，宗旨卻是一樣的。部分“興中會”的會員竟然被迷惑，變成“保皇黨”的會員。於是梁啟超就在檀香山創立“保皇黨”，並設立機關報《新中國報》，宣揚保皇思想。
1900年 34歲
春夏間，鑒於北方義和團運動，積極加緊策劃廣州起義。
6月中旬，西方八國聯軍鎮壓義和團運動。
8月 八國聯軍攻陷北京。
9月 由神戶經馬關抵台灣，在台北設立起義指揮中心。
10月 發動惠州起義，屢敗清軍，因糧械不濟，失敗。轉赴日本。
1901年 35歲
是年，在日本。鄭士良病故。
1902年 36歲
是年，往返日本、香港之間，運籌革命。委托劉成禺編撰《太平天國史》。
1903年 37歲
1月 25日至28日，洪全福等策劃廣州起義，事泄失敗。5月 鄒容《革命軍》出版。
1904年 38歲
2月 華興會在長沙成立，黃興被選為會長；入會者有宋教仁、劉揆一、陳天華等約500人。
是年，在夏威夷加入致公堂（即洪門，為在美洲華僑中的天地會組織）；此間往來於東南亞、日本及歐美，發展興中會並組織領導與保皇黨的理論鬥爭。
1905年 39歲
是年，同盟會成立。
7月 30日，在東京赤阪區檜町三番黑龍會址召開中國同盟會籌備會議，與會團體包括興中會、華興會、光複會科學補習所的代表和國內17省均有人到會，經過熱烈討論讚同孫中山提出的同盟會十六字革命宗旨：“驅逐韃虜，恢複中華，創立民國，平均地權”。
8月 20日，中國同盟會成立大會在東京赤阪區靈南阪日本友人阪本金彌宅內召開。到會者百餘人。大會通過章程草案，推舉孫中山為總理，確定十六字宗旨為同盟會政綱，規定東京為本部所在地，本部下設執行、評議、司法三部。
11月 同盟會機關報《民報》創刊。為《民報》撰“發刊詞”，將十六字綱領概括為民族、民權、民生的三民主義。
1906年 40歲
12月 2日，在慶祝《民報》創刊周年會上發表關於三民主義的演說，正式提出製訂“五權憲法”的主張（五權指行政、立法、司法、考試、監察）。
1907年 41歲
5月 發動潮州黃岡起義。
6月 發動惠州七女湖起義。
9月 發動欽州、廉州、防城起義。12月 發動鎮南關起義。
1908年 42歲
3月 發動欽州、廉州起義。
4月 發動雲南河口起義。（是年6至7月預備立憲公會 發動國會請願運動，8月清政府公布憲法大綱，定預備立憲期為九年；光緒皇帝、慈禧太後相繼死）。
1909年 43歲
8月 在英國倫敦。
1910年 44歲
2月 發動廣州新軍起義。
是年，湖南、湖北等五省發生搶米風潮；兩廣、滇、贛、蘇、浙、豫、皖等數省爆發抗捐抗稅鬥爭。
1911年 45歲
4月 發動黃花崗起義。
10月 武昌起義爆發（10月10日晚，新軍工程第八營率先發難，次日占領武昌，是晚占漢陽，同日成立中華民國湖北軍政府；時孫中山行抵美科羅拉多州，後遊說美歐，取道馬賽回國）。
12月 25日抵上海。
26日 被同盟會最高幹部會議推舉為大總統人選。
29日 南京17省代表會議推舉為中華民國臨時大總統。
1912年 46歲
1月 1日，由滬赴寧。南京城內人民擁街塞巷，歡呼雷動。晚10時，宣誓就任中華民國臨時大總統。2日，通電各省改用陽曆紀年，以大總統就任日為新紀元開始。5日，發布《孫大總統對外宣言》。
3月 11日，頒布《中華民國臨時約法》。
4月 1日，蒞臨臨時參議院，辭臨時大總統職，並發表演說（次日，臨時政府遷往北京）。
9月 受任全國鐵路督辦。
1913年 47歲
3月 20日，宋教仁遇刺。23日，離日本長崎回國，發動二次革命（7月12日，李烈鈞在江西湖口宣布獨立，二次革命戰爭開始），失敗後，出走日本。