結果，依照聞名的古老《懲處準則》，他被教會開除了。那個準則一點都不給人們思考的餘地，都是照搬耶利哥那個年代的詛咒謾罵的字眼。麵對千奇百怪的咒罵，他泰然自若地坐在家中，從報紙上知悉昨天發生的事。甚至當某個《準則》的熱衷者想了結他的生命時，他也不願遠離這座城市。這對猶太教士的威望來說是一個沉重的打擊，就算他們祈靈於約書亞與伊萊沙，在短短的六年的時間裏卻照樣有人再次公開向他們宣戰。他們急切地向市政廳提起訴訟，希望同市長麵談，告訴市長這個才被趕出教會不多久的巴魯克·德·斯賓諾莎確實很危險，是個不可知論者，他不信仰上帝，在阿姆斯特丹如此令人尊重的基督社團裏是不應該容忍這樣的人的。那些大官員有個很好習慣，凡事都不介入，卻推給基督教教士的小組委員會去辦。經小組委員會研究以後。發現斯賓諾莎並未做給城市法律造成危害的事，就實事求是向市政府的官員作了報告。然而他們又認為同一教派的人能這樣團結一致是件好事，於是給市長提議，希望這位看似獨立的年輕人離開阿姆斯特丹一陣子，等避過風頭再回來。從那過後，斯賓諾莎的生活一直波瀾不驚，正如他從窗口看到的大地一般。
他於是離開了阿姆斯特丹，在萊頓周邊的萊茵斯堡小村裏租了一間屋子，白天打磨光學儀器的鏡頭，晚上抽著煙，按照自己的興趣讀點什麼或是寫點什麼。他一直都是單身。有傳言說他同拉丁文老師範·登·恩德的女兒有私情，可斯賓諾莎離開阿姆斯特丹的時候那孩子不過十歲，因而不大可能。他有幾位摯友，每年至少兩次會提出要接濟一點給他，讓他可以用全部的時間從事研究。他回答說他很感謝他們的好意，可他更願意獨立，除某個有錢的笛卡爾主義者每年給他提供八十塊錢的補貼外，他沒有再多要一分錢，一生都處於真正哲學家應有的令人尊敬的貧窮當中。他曾有機會去德國當教授，可他婉言謝絕了。有名的普魯士國王寫信給他，希望做他的資助人與保護人，他也沒有答應，依然過著寧靜快樂的流亡生活。在萊茵斯堡待了幾年之後，他搬到了海牙。一直以來他的身體都不好，半成品鏡頭上的玻璃末把他的肺感染了。一六七七年，他在孤獨中平靜地死去了。讓當地教士不悅的是，這個“無神論者”下葬的當天，不少於六輛宮廷豪門的私家馬車陪同到墓地。
兩個世紀以後，當紀念他的雕像落成時，警察們不得不大批出動保護參與這個隆重儀式的人的安全，以免他們被一大群狂熱加爾文教徒的怒火所傷。這便是他，他有何影響呢？難不成他隻是將沒完沒了的理論裝進成堆的書裏、所用的語言可以將奧馬爾·卡雅姆氣得臉紅脖子綠的勤奮哲學家嗎？不是。他獲得的成就絕非憑借發揮才智或者是運用巧言善辯正確闡釋自己的理論。之所以說他偉大，主要是他的勇氣。
他屬於這樣的人：隻知道一種法則，這種法則是在被人早已遺忘的遙遠的黑暗時代裏設定的無法變更的一套規矩，這套規矩是為那些自認為能夠解釋聖理的職業教士所創的精神專製體係。在他生活的環境裏，知識自由的思想同政治上的無政府基本上是同義詞。他明白他的邏輯體係不但會得罪猶太人，也同樣會得罪非猶太人。可他從未動搖過。一切的問題都被他視為普遍問題，全部看成是一種如影相隨的意誌的體現，是終極現實的表現，它適合用在最後的審判日，正如適合於創世紀一樣。因此，他給人類的寬容事業作出了巨大的貢獻。斯賓諾莎如同前麵的笛卡爾一樣，拋棄了舊的宗教設下的狹小界線，用上百萬星辰作為基石，建立起自己嶄新的思想體係。如此一來，人類從希臘與羅馬時代就被歪曲的真正形象被他恢複了——作為真正的宇宙的公民的形象。
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