同治三年（1865）十二月，在南疆混戰中割據喀什的部族首領司迪克派人向新疆西麵的浩罕汗國求援，浩罕汗國派了一個叫阿古柏的頭目率兵進入新疆。結果阿古柏一到，直接來個鳩占鵲巢，倒把司迪克給打跑了，然後開始在新疆南部到處攻伐。
這時候，浩罕汗國被俄國人支持的布哈拉汗國打敗，幾千殘兵敗將全都跑來投了阿古柏，結果阿古柏勢力大漲，在新疆到處橫行，先後攻占英吉沙、喀什、葉爾羌、和闐、烏什、庫車、阿克蘇等地，把整個南疆控製在手裏。
之後阿古柏盤踞當地，並宣布建立“哲德沙爾汗國”，自立為汗。到同治九年（1870），阿古柏又率軍向天山以北擴張，占領烏魯木齊、瑪納斯等地，所到之處苛捐重稅，倒行逆施，殺人如麻。
這時候俄國人也渾水摸魚，跟著殺進來了。沙皇俄國是大清國身邊最凶惡、最危險的對手。這時候它們已經趁著中亞那些小國混戰的機會，把阿古柏的老家浩罕汗國以及周邊的布哈拉汗國、希瓦汗國全部吞並了，又趁著新疆戰亂的機會強占了伊犁，並且擺出了吞並整個新疆的架勢。
要說這個阿古柏也真是沒心沒肺，俄國人把他的老家都給吞並了，他卻一點也不覺得難過，反而和俄國人定了個《喀什噶爾條約》，答應俄國在南疆“哲德沙爾汗國”境內通商，借此得到俄國的承認和支持。
其實俄國人辦“這種事兒”已經是老油子了！以前他們就是支持布哈拉汗國打浩罕汗國，結果最後把兩個汗國全給吞並了。今天俄國人表麵支持阿古柏，其實就是想讓阿古柏邪鬧到底，把新疆從中國的版圖上分裂出來，然後俄國人再從後頭上來，把阿古柏整死，把整個新疆吞並掉。
要說俄國佬這一招，凡是殖民帝國主義，個個都精通。
俄國人剛和阿古柏簽了條約，英國人也跑來了，同樣跟阿古柏簽了一份《英國與喀什噶爾條約》，承認阿古柏的勢力，給這個老小子提供武器彈藥，支持他在新疆殺人放火。到這時候，俄國、英國、阿古柏，三股勢力一起擠進新疆，對大清朝廷來說，情況就不妙了。
乾隆年間，新疆這邊的統兵大員一向都是滿臣充任。此時在新疆的統軍大臣是伊犁將軍榮全、烏魯木齊都統景廉、烏魯木齊提督成祿。這三位有一個共同特點：都屬於一百斤麵做的壽桃——廢物點心。
而左宗棠此時正在陝甘一帶作戰，看到新疆危急，他也想率軍進入新疆，把俄國人、英國人和發了瘋的“中亞屠夫”阿古柏一起趕走。可是朝廷那邊的意思，不太願意讓左宗棠督辦新疆軍務。
就這麼又拖了兩年，隨著新疆戰亂日趨嚴重，俄國人又占據伊犁，賴著不走，大清朝廷感覺新疆的事兒不抓不行，抓新疆問題不用左宗棠不行，這才開始重視起來了。
同治十二年（1873）年初，朝廷開始征求老左的意見，讓他提出收複新疆地區的作戰方案，準備把收複新疆的重任交給左宗棠。
就在這時候，同治十三年（1874）三月二十一日，日本人出兵三千侵入台灣，大清國因為海防空虛，竟被這個貧弱島國趁虛而入，鬧了個手忙腳亂。最後雖然把日本人趕跑了，卻賠進去五十萬兩銀子！這一下驚動了北洋大臣李鴻章。
說實話，當時的日本在大清國麵前還算不上禍患，可就這個數不上號兒的小國，居然可以對大清國海防造成這麼大的威脅，那要是換個西洋列強殺到麵前，大清國這邊兒豈不束手待斃？
這一想，李鴻章慌神了，趕緊提出“練兵、簡器、造船、籌餉、用人、持久”，不惜一切代價加強海防！這個論點和左宗棠提出的“盡快收複新疆”的意見發生了衝突。