以參謀部為首，任命閻應元為第一任參謀長，其成員由陸軍和海軍的優先將領組成，以參謀會議的形式輔助督帥高旭形成決策。
除了憲政、行政、律政三司與督帥府之外，高旭又新設都察院和科學院。
都察院下設廉政公署，作為會社各級政府機構的監察係統。對於廉政公署的署理長，高旭有意讓黃宗羲擔任。隻是暫時來說，黃宗羲初入會社不過半年，資曆不足，還需要一個足夠長的試用考察期。
至於科學院，與士人的科舉毫無關係，而是一個新技術的研發部門，由那些一技之長的工匠組成。科學院暫時設在高氏工坊之。科學院將是高旭重視匠人階層、開發新技術的標誌性部院。
在三司之，憲政、行政二司的司理長分別由顧炎武、沈廷揚擔任，但律政司的司理長，高旭一直找不到適合的人選。在高旭的構想，律政司是是**司法組織，掌起訴、判決、懲處、獄政等職，負責律政司的人必須是一個一心為公，而且親不認的家夥。
但是高旭見到閻爾梅之後，直覺這個“死將為厲鬼，生且做頑民”的老頑固，似乎是律政司司理長的好人選。
如果以冷酷的性情，以及滿臉麻坑的凶惡來說，閻應元被稱之為“閻羅王”的話，那麼長著一張慘白、毫無血色的僵屍臉，當初為了反清而殺妾、焚家、毀去祖墳的閻爾梅，其性情之孤厲，當得上是視私情為無物的“白無常”。
倆人皆是姓閻，性情都傾向凶狠，但閻應元卻是對於自己唯一的兒女閻小玉視若珍寶，觸之猶如逆鱗，但是閻爾梅則是為了大義，為求無所牽掛，不惜手刃至親，讓人悚然。
對於高旭悍然的焚詔行動，忠於大明的閻爾梅心自有一股憤懣之氣。但他初入同盟會，資曆尚淺，就算是反對，效果也是微不足道。他一邊心懷對大明王朝的留戀，一邊也明白這些朱明宗室正如顧炎武所言，人人皆是扶不上牆的爛泥，要想反清，就必須憑借著同盟會這個新興團體。
但是，像閻爾梅這樣的明眼人都知道，高旭的焚詔立憲，已完全拋棄了大明旗幟。他提出的“驅逐韃虜，恢複華”的口號，恢複的華不再是朱氏大明，而是他的高氏華。易朱而立之心，已是司馬昭之心，路人皆知。
高旭知道，暫時來說，這個閻爾梅心有大明正統的執念，他雖然加入會社，隻是為了抗清大勢，並不是真正的同道人。
但是，高旭也有足夠的自信，這個同盟會是個大染缸，隻要閻爾梅跳了進來，總有一日會蛻變為自己的支持者，成為律政司的首任司理長。
大年初三的參政會一直開到深夜才結束。
在會議上，高旭拋出了一攬改革計劃，比如三司分立，改軍政司為督帥府，新立都察院和科學院，建立上海行政特區，籌建複旦公學和黃浦軍校，這些計劃的推行沒有受到太大的阻力，隻是有些部門的負責人選，還需要進一步的選拔。高旭把架先搭起來，但完善計劃還需來日方長。
自大年初四開始，同盟會的各司部就進入了緊張的工作之。作為一個新生團體，那種自上而下的工作熱情完全不是晚明官場上那般拖拖拉拉，每一項指令從崇明總部發出，具體落實到光複區，這個流程可謂是朝令夕達，暢通無阻。
作為同盟會的大佬之一，顧炎武的幹勁最為凶猛，他早在年底就已經籌備好的各個宣政隊，就開始秘密向江西、湖廣、山東、河南、山西這個滿清控製區挺進，暗聯絡抗清誌士，發展地下會員。為了推廣同盟會運動，顧炎武不遺餘力，每個宣政隊都攜帶了大量的《華報》新年期刊以及宣傳同盟憲章的傳單，以江南為，向全國各地散發。
閻應元的身份從原先的軍政司司理長，變成督帥府的總參謀長，但他仍然是同盟軍領導層除高旭之外的第二人。對於同盟軍今年的軍事行動，將由閻應元全麵支持。
自正月初四開始，閻應元的參謀部就開始調兵遣將，集結兵力。鐵一鎮項真達、羅牛、侯世蔭、湯誌遠這些新生代將領，以及出身紹興師爺的狗頭軍師魯無巧，出身鄭氏的將領洪旭，舉義反正的李元胤，除了忠義鎮號稱“蟑螂”和“螃蟹”的倆個攻守名將——何常和季從孝領部駐紮在常州城，監控駐紮在丹陽的清兵動向之外，幾乎同盟軍的主要將領都來到崇明。
一時間，崇明將星雲集，江南戰雲密布。