選擇合適的基因片段後，分別設計擴增引物，PCR擴增得到探針。純化、濃縮、高溫水浴變性後，利用基因芯片全自動點樣儀，將探針和陰性對照點樣於包埋有氨基的載玻片上。玻片經水合、幹燥、UV交聯後用SDS洗滌後稍作處理，晾幹備用。
(2)轉基因食品原料（作物）DNA的提取選用轉基因作物（如大豆、玉米）顆粒飽滿的種子，浸泡過夜後加入20mL提取液，搗碎後加入Triton-100，攪拌45min後過濾；中速離心去上清液，沉澱中加入另一提取液，混勻後中速離心去上清液。沉澱中加入SDS混勻後中速離心5min，將上清液轉移到10mL的離心管中。加入10%體積的NaAc，2倍體積無水乙醇沉澱，70%乙醇清洗後烘幹，溶於適量TE中。
若轉基因作物為有葉作物，則以葉為新鮮材料，提取DNA。
(3)目的片段的擴增和標記采用多重PCR方法對提取的被檢測轉基因作物DNA樣品進行擴增和Cy3或Cy5標記。選用適當的反應體係、適宜的反應程序為進行擴增。擴增產物加入5μg鮭魚精DNA，經酒精共沉澱後再溶解於15μL雜交液中。
(4)雜交和洗滌標記探針於95℃水浴變性後，取15μＬ鋪在芯片微點陣表麵，用一片蓋玻片覆蓋其上，然後放置在雜交盒中，於60℃雜交4～6h；依次用SDS水溶液、0.2×SSC水溶液、SSC水溶液洗滌芯片，晾幹。
(5)雜交結果的檢測與結果分析雜交結果於基因芯片掃描儀上在波長為560nm(Cy3標記)或660nm(Cy5標記)處進行掃描檢測，利用軟件分析雜交信號。最後對結果進行分析得到結論。
二、生物芯片在營養與食品化學、生物安全性檢測領域的應用
（一）生物芯片技術在營養研究領域的應用
生物芯片技術在營養研究領域將發揮重要作用，營養與腫瘤相關基因表達的研究，如癌基因、抑癌基因的表達與突變；營養與心腦血管疾病關係的分子水平研究；營養與高血壓、糖尿病、免疫係統疾病、神經係統、內分泌係統關係的分子水平研究。近年來，在肥胖研究中，人們發現了與營養及肥胖有關的蛋白和基因，如瘦素、神經肽Ｙ、增食因子、黑色素皮質素、載脂蛋白、非偶聯蛋白等。采用生物芯片技術研究營養素與蛋白和基因表達的關係，將為揭示肥胖的發生機理及預防打下基礎。此外，還可以利用生物芯片技術研究金屬硫蛋白（金屬硫蛋白基因）及鋅轉運體基因等與鋅等微量元素的吸收、轉運與分布的關係；視黃醇受體（視黃醇受體基因）與維生素Ａ的吸收、轉運與代謝的關係等。
（二）生物芯片在食品化學、生物安全性檢測方麵的應用
目前，食品營養成分的分析，食品中有毒、有害化學物質的分析、檢測(農藥、化肥、重金屬、激素等)，食品中汙染的致病微生物的檢測，食品中生物毒素(細菌毒素、真菌毒素)的檢測等大量的監督檢測工作幾乎都可以用生物芯片來完成。