常用的質譜分析過程如下：
(1)研究所有可能得到的樣品信息包括樣品的來源、樣品的化學性質、光學性質等。
(2)分析分子離子峰的正確性分子離子峰應是質譜圖中的最高質量峰。
(3)判斷分子中含碳、氫以及其他雜原子的數目根據分子離子質量數和同位素的豐度進行判別。
(4)找出奇電子離子分析奇電子離子與分子離子之間的關係。
(5)譜圖分析分析分子的穩定性、各峰間的相互關係以及所含的特征碎片離子。
(6)列出可能的分子式根據高質量離子、低質量離子和各種特征離子相互間的關係，計算分子的不飽和度，分析可能的分子結構式。
(7)進行圖譜解析參考標準化合物圖譜或類似化合物圖譜，並考慮裂解機理進行圖譜分析。
(8)譜庫檢索每個質譜數據庫均儲存了較多的圖譜，且一般都是棒狀圖。數據的檢索較為方便，某些質譜數據的計算機智能化檢索與解析程序已能夠完成實際的分析需要。一般采用純度、匹配係數和逆匹配係數反映檢索結果的可信程度。
①純度：指檢索出的已知物圖譜與未知分析物之間的符合程度。若兩張圖譜完全一致，則純度表示為1000；當純度大於900時，檢索結果才是基本可被接受的。
②匹配係數：指未知圖譜中包含已知圖譜的程度。匹配係數的最大值為1000，提示已知圖譜中的所有峰都在未知圖譜中出現，且兩圖中各對應峰的強度比例也相同；匹配係數越大，則檢索結果的可信度也越高。
③逆匹配係數：與匹配係數相反，指已知圖譜中包含未知圖譜的程度。
應當指出的是，計算機譜庫檢索法也存在一定的局限性，主要表現在：
①現有的質譜庫僅有電子電離型離子源（EI）的數據，對在不同儀器、不同實驗條件下得到的結果，譜圖的重現性不好。
②對結構相近的同係物和同分異構體的區分較為困難。
③若樣品的純度不夠時，雜質峰的存在會帶來檢索的誤差。
四、質譜分析技術在食品分析中的應用
目前，質譜技術是進行天然產物分子結構分析最為靈敏和可靠的方法之一。質譜不僅可以給出化合物的相對分子質量、分子式，而且還能提供化合物的結構類型等重要信息。由於質譜的高分辨率，因此在進行物質結構分析時，具有較好的靈敏性、選擇性和準確性。