一、定性分析在高效液相色譜中，常用的定性分析有下列五種方法。
（一）利用已知標準樣定性
由於每一種化合物在特定的色譜條件下，有其特定的保留值，如果在相同的色譜條件下，被測物與標樣的保留值相同，則可初步認為被測物與標樣相同。如果多次改變流動相的組成後，被測物與標樣的保留值還是相同，那麼就能進一步證明被測化合物與標樣相同。
（二）利用紫外或熒光光譜定性
由於不同的化合物有其不同的紫外吸收或熒光光譜，所以有些廠家設計了能進行全波長掃描的紫外或熒光檢測器。當色譜圖上某組分的色譜峰頂出現時，停泵，然後對停留在檢測池中的組分進行全波長（180～800nm）掃描，得到該組分的紫外可見光或熒光光譜圖。再用某一標準品，按同樣方法處理，也得一個光譜圖，比較這兩張圖譜，即可鑒別該組分是否與標準品相同。對於某些有特征光譜圖的化合物，也可以與所發表的標準譜圖來比較進行定性。
（三）收集柱後流出組分，再用其他化學或物理方法定性
液相色譜常用化學檢測器，被測物經過檢測器後不受破壞，所以可以收集各組分，然後再用紅外光譜、質譜、核磁共振等方法進行鑒定。
（四）HPLC指紋圖譜分析法
HPLC指紋圖譜分析法是指紋圖譜與HPLC相結合的一種分析方法，目前已成為中藥質量控製的首選方法，適合於中藥複雜成分的分離、分析和指紋圖譜的建立。在食品上主要用於天然成分的分析。被分離、分析物質前處理後用HPLC測定出色譜峰，經過計算機庫存信號的檢索及對質譜圖的解析，相繼對所含成分作出定性鑒定。
（五）建立液相色譜定性方法
可根據以下幾點，建立合理的液相色譜分析方法：
（1）選擇合適的分析樣品的液相色譜方法；
（2）選擇合適的柱子；
（3）選擇合適的k′（峰容量因子）的條件；
（4）確定良好的峰位（α）；
（5）選擇良好的柱條件（最佳N值）。
首先根據樣品的情況，相對分子質量是大於2000還是小於2000，另外是溶於水還是不溶於水，然後決定選擇何種液相色譜方法。
選擇溶劑強度配成適宜的流動相，以得到理想的k′，應該使k′在1～10的範圍內（特殊情況也允許0.5＜k′＜20）。
溶劑的黏度也很重要，一般黏度要小於2×10-3Pa·s。
二、定量分析
在高效液相色譜分析中常用的定量分析方法有下列幾種。
（一）外標法
外標法是以被測化合物的純品或已知其含量的標樣作為標準品，配成一定濃度的標準係列溶液。注入色譜儀，得到的響應值（峰高或峰麵積）與進樣量在一定範圍內成正比。用標樣濃度對響應值繪製標準曲線或計算回歸方程，然後用被測物的響應值求出被測物的量。
（二）內標法
內標法是在樣品中加入一定量的某一種物質作為內標進行的色譜分析，被測物的響應值與內標物的響應值之比是恒定的，此比值不隨進樣體積或操作期間所配製的溶液濃度的變化而變化，因此得到較準確的分析結果。
具體操作步驟如下。
（1）先準確稱取被測組分a的標樣Wa，再稱取Ws內標物，加入一定量溶劑混合，即得混合標樣。取任意體積（μL）注入色譜儀，得色譜峰麵積Aa（被測組分a標樣峰麵積）及峰麵積As（內標物峰麵積），用式計算相對響應因子Sa。
Sa=Aa/Wa/As/Ws
（2）稱取被測物W，然後加入準確稱重的內標物W′s，加入一定體積溶劑混合。取任意體積（μL）注入色譜儀，測得被測組分a的峰麵積A′a，內標物麵積為A′s。按式計算被測物中a組分的質量W′a。
W′a=A′a×W′s/(A′s×Sa)
a組分在被測物中的含量為：
w(a)=(A′a/A′s×W′s×Sa×100%)/W