崇禎十四年，明朝名將洪承疇在遼寧錦州一帶意外敗給清軍，損失兵力數萬，把明朝的邊關精銳幾乎敗光。無奈之下，崇禎皇帝派兵部尚書陳新甲秘密接觸皇太極，準備議和，但議和計劃意外泄露，崇禎皇帝把責任全都推到了陳新甲的頭上，讓他做了替罪羊。
由於種種原因，崇禎朝廷麵對敵人不斷失利，但朝廷大事的進展卻緩慢得讓人窒息。危急關頭，崇禎皇帝隻能再次起用在牢內蹲了三年的孫傳庭，希望他能創造奇跡，在最後關頭拯救大明。
崇禎十五年（1642年），孫傳庭出任三邊總督，到熟悉的陝西地盤上重操平定農民軍的舊業。可故地重遊，眼前的景象卻讓他頗感陌生。
此時，李自成、張獻忠仍然在中原攻城略地。孫傳庭上任不久，李自成圍困的河南就趕上了大規模水災，幾十萬士民死於兵災和洪水，開封也隨即陷落。
在這種情況下，孫傳庭的軍隊士氣低落，缺兵少糧，出關和李自成交手時先勝後敗，最終隻打了個損失相當。可是，這點損失對現在的農民軍來講不算太大，對明軍來說卻是實力和士氣的雙重打擊了。
眼看農民軍在中原已成氣候，無法消滅，崇禎皇帝愈發焦急，不斷催促孫傳庭出關作戰。
戰況緊迫，朝廷又嚴令催戰，這讓孫傳庭難受至極。無奈之下，他隻能加班加點練兵備戰，強征壯丁，同時用嚴刑峻法逼迫富戶吐出糧食和金銀。
崇禎十六年（1643年），經過大約一年半的準備，孫傳庭在潼關誓師出征，這不僅關係著孫傳庭的個人命運，更是明朝最後一支可以依靠的部隊與李自成軍的決戰。
背水一戰的孫傳庭煥發了極強的戰鬥力，在河南連戰連捷，一路把李自成打到了襄城。
然而天時不利，天降大雨使道路泥濘難行，官軍進退兩難，運糧的通道也被截斷了，深入作戰的孫傳庭軍反而被逼到了絕境。
李自成自然不會放過這麼好的機會。在農民軍的反攻之下，軍心浮動的明軍被打得潰不成軍。有些宿命意味的是，當年孫傳庭在潼關南原把李自成打得隻剩十八騎，這次卻輪到他在潼關敗給了李自成，自己更在亂軍中戰死。
孫傳庭戰死的消息傳到京城，崇禎朝廷大為震動。這時的崇禎朝廷已經無人可用，君臣關係更是尷尬到了極點，甚至沒人提議放棄北京南逃，誰都害怕成為下一個陳新甲。
崇禎十七年（1644年），絕望中的崇禎皇帝在煤山（今北京景山）上吊身亡，持續二百七十七年的明朝就此滅亡。
剛愎自用、性格偏執的崇禎皇帝本人對明朝滅亡負有直接責任。不過，崇禎皇帝本人除了勤政寡欲的優點外，在處理一些問題時也很有手腕，並不像許多人所想的蠢笨到了家。如果沒趕上亡國之世，他未必會落到亡國的結局。
聽到崇禎皇帝殉國的消息，全國上下的忠臣義士無不悲痛，他們寄希望於全國各地的明朝宗室能揚起旗幟，光複山河。例如唐王朱聿鍵，他在皇族裏聲望卓著，卻因受到崇禎皇帝的忌憚被關進獄中，直到北京陷落才得到了重見天日的機會。
可明亡之後，社會上的種種積弊仍然沒能解決，更有許多看到國難想渾水摸魚的野心家在暗中籌謀。崇禎皇帝殉國三個月後，以荒淫著稱的福王朱由崧搶先到了南京登基，忠於明朝的義士們要麵對的仍是一個地獄難度的劇本。
崇禎年間的明朝並非一無是處。但晚明發達的商業和璀璨的戲曲、小說終究救不了大明，即使有一兩個忠臣義士，也無法解決崇禎時期如此嚴重的社會問題。
值得一提的是，明亡之後，有幾位不願歸順滿清的遺老思想家對這個朝代的覆滅進行了空前深刻的反省。
他們作為明清之際著名的思想家，對整個封建製度進行了前無古人的深刻反省，甚至還質疑了統治中國幾千年的君主製度，堪稱劃時代的啟蒙人物。