袁崇煥暫時擊退了皇太極，之後崇禎皇帝借此機會召見了袁崇煥。不料，崇禎皇帝突然下令逮捕袁崇煥，還沒脫去鎧甲的袁崇煥當場被抓住論罪。
這一抓不要緊，嚇壞了袁崇煥帶來的遼東兵。祖大壽雖然立過戰功，但在政治上卻沒什麼智慧和膽識，見到這種陣仗，居然想帶著手下的士兵自行撤退，逃回遼東老家。
祖大壽這一去就帶走了一萬五千名遼東兵，使北京城下的戰力大受折損。皇太極得知祖大壽臨陣脫逃，大為驚喜，趁機殺了個回馬槍，剛剛脫險的北京城再次陷入危機之中。
最後，還是孫承宗出主意，用袁崇煥的親筆信把祖大壽勸了回來。祖大壽看在老領導的麵子上才帶兵回援，重新聽從孫承宗的指揮。
在孫承宗的指揮下，各路援軍擊退皇太極，相繼收複了各處失地。其中祖大壽一路為了立功挽救袁崇煥，打得格外賣力，祖大壽在此戰中功居明軍諸將之首。
崇禎皇帝聽說遼東兵屢立戰功，雖然感到欣喜，心裏卻也不大是滋味。崇禎皇帝似乎沒反省自己：臨陣脫逃的祖大壽雖然責任不小，但兵將被刺激得險些叛逃，也和他本人臨陣抓將的急躁作風脫不開幹係。
崇禎三年（1630年）八月，崇禎皇帝決定，將關了八個多月的袁崇煥處以死刑。以袁崇煥為代表的邊關將領承擔了這次事件的全部罪責。
袁崇煥雖然有性格缺陷，但他幾次浴血奮戰的功勞和身先士卒的勇氣毋庸置疑。然而，這樣一位傳奇將領的結局居然比“梟雄將軍”毛文龍還要慘上萬倍。
最終，袁崇煥被朝廷淩遲處死。而此次後金攻打京師的事變史稱“己巳之變”。事變以來，入援的遼東將兵承受了北京軍民的怒火，而把袁崇煥押往刑場的當天，沿途的京城百姓更是咒罵一片，據說連袁崇煥身上剮下來的肉片都被百姓們買下當下酒菜了。
己巳之變集中體現了崇禎皇帝的性格缺陷。他精明勤政，沒有萬曆、天啟皇帝的“擺爛”習慣，但過於急躁又缺乏擔當，不願意承認自己忽視了袁崇煥的警告，以及對蒙古外交失控的責任，隻會把責任一股腦地推給下屬。
但即便如此，曾立下奇功的袁崇煥就非慘死不可嗎？其實，史書上還記載了一種說法，認為在袁崇煥事件的背後，有一出政治陰謀在運作。
而陰謀的主角，是一位和袁崇煥性格截然相反的大臣。袁崇煥為國拚命，不計後果；這位大臣卻憑借有針對性的逢迎本事，在朝堂上成了性格多疑的崇禎皇帝欽點的忠臣，他的名字叫溫體仁。
說到溫體仁，就必須講回崇禎皇帝提拔東林黨人，肅清逆黨的事。
話說魏忠賢死後，崇禎皇帝提拔東林黨人韓爌為首輔、錢龍錫為次輔，二人同時負責清除閹黨。錢龍錫眼裏揉不得沙子，有著東林黨人排除異己的老毛病。
雖然首輔韓爌是東林黨內老成持重的溫和派，但他卻無法阻止查出的“逆黨”越來越多。時間一長，精明多疑的崇禎皇帝也對東林黨漸漸產生了懷疑。
此外，東林黨也確實不太能團結朝廷的各方勢力。例如，當時朝廷裏有一位“官場老油條”王永光。他受過閹黨提拔，也曾因為說東林黨好話而被魏忠賢罷免。他在閹黨倒台後再次出山，卻隨著清查閹黨徹底走到了東林黨的對立麵。
就在東林黨人和真假逆黨打得不可開交的時候，溫體仁敏銳地察覺到：崇禎皇帝對東林黨已經積蓄了不滿情緒，博取榮華富貴和權位的機會來了。
崇禎元年（1628年），溫體仁突然在一次朝會上彈劾東林黨大佬錢謙益受賄弄權，彈劾的內容是一樁早就結案的科場舞弊案。錢謙益在這件事上頂多有失察的責任，卻被溫體仁翻出來借題發揮。
溫體仁把錢謙益的罪責無限放大，擺明了是要小題大做。此言一出，溫體仁立刻被群情激憤的東林黨人一齊痛罵。但這樣一邊倒的局勢反倒讓崇禎皇帝覺得，與其用這些結黨的大臣，倒不如用溫體仁這種狡猾卻無黨的“孤臣”。