新疆北路已略定。七月，宗棠谘金順等分扼要隘，檄錦棠等進規南路。時帕夏踞托克遜（在吐魯番南），築三城自衛：北守達板，拒錦棠烏垣之兵；南守吐魯番，拒張曜哈密之軍；烏垣敗黨麇集達板。白彥虎踞南山小東溝，錦棠趨之，彥虎驅眾並入托克遜。帕夏勒其眾盡薙發易服，傍其三城以居。宗棠檄張曜、徐占彪攻吐魯番。時北路回城尚有瑪納斯、南城未下，金順攻之不克。八月，錦棠遣軍助之。九月，克瑪納斯、南城，殲妥明餘黨。於是分屯北路要害。而冬令大雪封山，不能逾天山而南。帕夏遣白彥虎、馬人得守吐魯番，其子海古拉守托克遜，遣大通哈守達板，自居喀喇沙爾策應之。大通哈，安夷官名，猶大總管。是為二年歲杪相持未靖之局。
三年三月，錦棠自烏垣逾嶺攻達板，張曜自哈密西進，與徐占彪會趨吐魯番。初五日，集達板城下，城回發西洋槍炮下擊，軍頗有傷亡，不退。錦棠坐騎亦中槍，易馬而進，飭各營築壘掘濠困之，敗托克遜來援之回，回騎皆反奔。次日，遂克達板。錦棠使人呼“縛異裝者賞”，於是大小頭目悉致麾下，所謂大通哈名愛伊德爾呼裏，亦就擒。大通哈以下各酋，同聲代帕夏乞款，願縛白彥虎、獻南八城。錦棠聽其致書招帕夏，而釋所俘南八城纏回及被脅之土爾扈特人數千，悉給衣糧縱歸。十四日，錦棠遣軍會徐占彪等軍攻吐魯番，馬人得及纏回萬餘降。錦棠亦於是日克托克遜三城，海古拉先遁，降纏回三萬餘。自此南八城門戶洞開，纏回降者繳馬械即釋不問。南八城回傳相告語，思自效。帕夏日夜憂泣，四月於喀喇沙爾之庫爾勒城飲藥死，海古拉舁其屍西行，將達庫車，為其兄伯克胡裏所戕。伯克胡裏非帕夏阿古柏所愛，本以海古拉為小帕夏，帕夏死而小帕夏為兄所戕，遂繼其父保南八城，令白彥虎守庫爾勒。彥虎自踞開都河西岸，覬入俄，而英人又與中國駐英使臣郭嵩燾再為安夷緩頰，事下宗棠。
嵩燾奏在帕夏死後，其言雲“觀英人意指，尤懼俄羅斯侵有其地，謀為印度增一屏幛，是以護持尤力。西路軍務情形，此間一無所聞。能乘阿古柏冥殛之時，席卷掃蕩，當不出此數月之內。或尚有阻滯，及時議撫，亦可省兵力，以為消弭邊患之計”雲雲。
宗棠奏言“安集延侵我回部，附英人，英人陰庇之十餘年，明知為國家必討之賊，從無一語及之。上年官軍克複北路，乃為居間請許其降，而於繳回各城、縛獻叛逆節目，一字不及。經總理衙門向其辯斥乃止。茲德爾比、威妥瑪複以此絮聒於郭嵩燾，以護持安集延為詞，以保護立國為義，其隱情則恐安集延之為俄有。臣維安集延係我喀什噶爾境外部落，英、俄均我與國，英護安集延以拒俄，我不必預聞；英欲護安集延而駐兵於安集延，我亦可不預聞。至保護立國，雖是西洋通法，然安集延非無立足處，何待別為立國？即別為立國，則割英地與之，或即割印度與之可也，何為索我腴地以市恩？雖奉中國以建置小國之權，實則侵占中國為蠶食之計。且喀什噶爾即古之疏勒，漢代已隸中華，固我舊土。喀什義為各色，噶爾義為磚房，因其地富庶多磚房故名。
八城富庶，以喀什噶爾、和闐、葉爾羌為最，此中外所共知。英以保護安集延為詞，圖占我名城，直以為帕夏固有之地，其意何居？從前恃其船炮，橫行海上，猶謂隻索埠頭，不取土地；今並索及疆土，彼為印度增一屏幛，公然商我於回疆撤一屏幛，此何可許！我愈示弱，彼愈逞強，勢將伊於胡底！彼向總理衙門陳說，總理衙門不患無辭；來臣營陳說，臣亦有以折之。現在南路之師，與嵩燾片奏‘乘阿古柏冥殛之時，席卷掃蕩’一語，尚無不合。唯迫於數月之內，轉戰三千餘裏，竊恐勢有難能。臣前聞英有遣淑姓赴安集延之說，已馳告劉錦棠、張曜善為看待；如論及回疆事，則以‘奉令討賊，複我疆士，別事不敢幹預。如欲議論別事，請赴肅州大營’。臣於此次奉到諭旨，當加飭其體察情形，妥為經理，務期預為審量，以顧大局”雲雲。奏中於數月內掃蕩，以為難能，不肯先作自滿語。其實本年全疆悉平，距此不過六閱月耳。