殺人的主使者是大總統袁世凱，同謀犯是國務總理趙秉鈞，擔任聯絡的是內務部秘書洪述祖，布置行凶的是上海大流氓應桂馨，直接行凶的是失業軍痞武士英。
北洋方麵反應也不慢，袁世凱在北京作成毫不知情狀，他於21日得知宋被刺消息，表示非常意外，馬上發電報表示慰問宋教仁，同時命令江蘇省和上海的官員懸賞緝查凶犯。
宋教仁被刺事件發生時袁世凱可能不知實情，乃下令查察，查明之後，發現確是自己的人幹的，如是又企圖為犯案人隱瞞，因為犯案者皆是袁世凱的心腹。人家本為你犯法，你現在要執法以徇，倒打一耙，豈不令忠貞之士寒心哉？總統想為自己人隱瞞，因為政敵太多，愈要隱瞞，愈瞞不了，知法犯法，袁世凱大總統就被逼的沒有退路了。
22日午後4時，袁方午睡初起，秘書等奔告宋教仁去世消息，袁世凱還愕然說：“有這等事嗎？快拿電報來。”秘書捧了一堆電報來，是陳貽範，黃克強，江孔殷等人發來的電報。袁世凱做出極惋惜的樣子說：“這怎麼好呢？國民黨失去了宋遁初，少了一個明白事理的首腦，以後越難講話了。”這時他還命秘書草擬電報，草擬優恤命令，處理宋身後事，他假惺惺地想借這些來衝淡宋的慘死。
宋教仁案發生時，孫中山正在日本訪問。3月21日孫中山收到電報，就中止訪問，立刻回國，於3月25日返抵上海。當晚便在黃興寓所開國民黨高級幹部會議，以商討對策。在眾人極度悲憤的情緒之下，孫中山便力主起兵討袁。但是與會高幹，除戴天仇(季陶)一人隨聲附和之外，其餘多力主用法律方法解決。黃興尤其主張慎重。因此黨中乃逐漸形成孫、黃兩派，反袁之目的相同，而手段互異。孫中山主動武，並說‘若有兩師兵力，當親率問罪’雲雲。但是國民黨那時連兩師軍隊也沒有。縱有，亦絕非袁之對手。袁此時兵多將廣，哪是兩師軍隊就可打得倒的呢？國民黨此時雖號稱擁有皖、贛、粵三省地盤，然中山用武的號召一出，三省都督柏文蔚、李烈鈞、胡漢民立有回電，皆以絕無實力可以宣布獨立，反抗中央。中山還有個想法，是親自去東京向日本乞援，聯日倒袁。這著更是屎棋。日本那時對華正虎視眈眈，欲乘虛而入沒個借口，來了個吳三桂豈不正好？國民黨那時要聯日倒袁，就自棄於全國人民了。
黃興主張法律解決，雖也未必能立竿見影，但那畢竟是解決暗殺凶案的正當途徑。國民黨那時究竟還是國會之內的絕對多數。袁世凱投鼠忌器，背個全國皆知的殺人主使犯的惡名，至少他還不敢對全國第一大政黨動武，加以毀滅。留得青山在，不怕沒柴燒。就像二戰時的羅斯福舍得太平洋艦隊，就是不開第一槍。結果逼得日本人沒辦法，鋌而走險，雖然幾乎滅了整個太平洋艦隊，但是最終卻賠上了整個日本。
不幸的是孫中山也是個造反成性、認為造反有理之人。他和楊衢雲於一八九五年，密謀在廣州起義時，就曾主張‘四處放火’虛張聲勢。後來在鎮南關起義時(一九○七)，中山亦曾親上前線，親手開炮。其後孫大總統被陳炯明叛兵趕上永豐軍艦(即後來的中山艦)時，他要向廣州市區發炮反擊叛軍，炮手不願誤傷舢區平民，婉拒發炮，孫公大怒，乃親自拉線開炮，還擊叛軍。孫公那時在炮火中作戰之勇猛，後來竟嚇得在一旁發抖的蔣夫人陳潔如女士小便失禁。所以中山先生的個性，並不是我們平時國父長，國父短那副謙謙君子的形象呢。本質上他老人家也是一條‘砍掉頭，碗大疤’的梁山好漢呢。
因此在這‘二次革命’時期，國民黨和戰兩派並沒有一致的政策，黃興等主張法律解決，曾由江蘇都督程德全向國會要求組織‘特別法庭’，公審宋案，卻為司法總長許世英所駁回，許認為不向地方法院起訴，而另組法庭，是幹涉司法獨立。可歎的是，在宋氏生前大力推動之下，為組織‘政黨內閣’，這時北京的國務員，自趙秉鈞總理而下，當然包括許氏，都是國民黨的黨員。黨員對宋案都各有不同的意見，當然也就授入以柄，讓袁總統也有更多的借口了。
至於中山的動武一派，那就更是小兒科了。他們沒有大兵可調、地盤可據，卻在武漢市內搞一些不必要的地下活動，被黎元洪破獲，說他們是‘謀刺黎副總統’，報入中央，而大開殺戒，國民黨人寧調元、熊越山等被捕，後來都被槍斃了。總之，國民黨內議論未定，袁世凱的兵已渡河。在南北戰爭的空氣正彌漫全國之時，袁氏也早就調兵遣將，著著進逼，準備動武了。
至於在中國有著極大利益的列強宣布嚴守中立，可是日本鬼子卻在袁世凱和孫中山兩邊左右逢源，獲取各種好處。六國銀行也獲得了極大的好處才同意借款給袁世凱。