嚴嵩聽見兒子放如此狂妄之言，歎息著對左右講：“此兒誤我太多。聖恩隆厚，我得善歸。此兒雖被遣戍，遇赦也可得歸。今忽忽大言，我嚴氏家族，橫屍都門那天，想必不遠矣！”
徐階原本審時度勢，已經放下了斬草除根之心，得聞嚴世蕃之言，才明白如今自己已勢同騎虎，沒有了退路。首輔之意稍有流露，下邊自不乏辦事之人。1564 年 10 月，在徐階的指使下，禦史林潤再次上奏章，彈劾嚴世蕃私逃回鄉，不僅違抗皇命不思改過，反而變本加厲地招財納賄，大興豪宅。“疏入，帝怒，詔下法司訊狀。”看了林潤的奏章，嘉靖勃然大怒，下旨把嚴世蕃羈拿回京城，交三司會審。三司，就是刑部（公安部）、都察院（監察部）和大理寺（最高法院）。
嚴世蕃關進大牢，氣焰仍十分囂張。對來探監的官員們說，“任他燎原火，自有倒海水”，想整垮我嚴氏父子的人還沒有出生。
探監的官員把嚴世蕃的話傳出來，負責三司會審的刑部尚書黃光升、左都禦史張永明、大理寺卿張守直正發愁僅憑林潤的“私逃回鄉”“招財納賄”等罪名太輕，弄不好還得放虎歸山，聚在一起商議，認為楊繼盛和沈煉都彈劾過嚴氏父子，而且都因為彈劾而喪命，於是，補上一條冤死沈、楊的人命案子，認為這樣就可置嚴氏父子於死地。
還是徐階老謀深算，看了三司起草的嚴氏罪狀，屏退左右問道：“諸君子謂嚴公子當死乎？生乎？”這還有疑問？當然是要讓嚴氏父子萬劫不複。徐階搖頭說：“你們這樣就是要放嚴氏父子一條生路了。”眾臣大惑不解。徐階開導說：“楊、沈事誠犯天下公惡，然楊以計中上所諱，取特旨；沈暗入招中，取泛旨。上英明，豈肯自引為過？一入覽，疑法司借嚴氏歸過於上，必震怒，在事者皆不免，嚴公子騎款段出都門矣。”楊繼盛、沈煉受誣被殺，皆當今聖上親下詔旨，有禦旨白紙黑字。你們在案中牽涉此事，正觸聖上忌諱。當今皇上聖明，豈不會疑心你們借平反冤假錯案，是在追究皇上的責任，那還會有你們的好果子吃？你們這樣給嚴世蕃定罪，不僅放了嚴氏父子一條生路，弄不好聖上還要怪罪於你等。“眾愕然，請更議”，大家一時不知所措，而徐階早已深思熟慮，胸有成竹，從袖筒中取出一本早已擬就的奏章，其中有這樣的字句：
逆賊汪直徽州人，與羅龍文姻舊，遂投金十萬於世蕃，擬為授官。凶藩典楧，陰冀非常，世蕃納其賄為護持。向非聖神威斷，或徙或誅，則貽憂宗社矣。世蕃罪擢發難數，陛下曲赦其死，謫戍邊衛，不思引咎，輒自逃歸。羅龍文召集王直餘黨，謀與世蕃外投日本。世蕃班頭牛信者，徑自山海棄伍北走，擬誘至北寇，相為響應。臣按：世蕃所坐死罪非一，而觖望排上，尤為不道，罪死不赦。
汪直是個江洋大盜，與嚴世蕃的手下大將羅龍文是兒女親家。汪直向來與倭寇有勾搭，給嚴世蕃安個勾結倭寇、意圖謀反的罪名是再合適不過的了。於是，在徐階的授意下，三司擬就了嚴世蕃如下四條罪狀：一、嚴世蕃在老家蓋了一座僭越帝王規製的府邸，堪比宮殿；二、嚴世蕃在京城與宗人朱某某，多聚亡命之徒，圖謀不軌；三、嚴世蕃手下羅龍文組織死黨 500 人，與倭寇串通，“道路皆言，兩人通倭，變且不測”；四、嚴世蕃之部下曲牛信，本在山海關鎮守，近忽“棄伍北走”，企圖“誘至外兵，共相響應”，引誘北邊蒙古人侵邊。
徐階不愧老奸巨猾，出招凶狠，劍劍封喉。
果然，奏章呈上，嘉靖龍顏大怒。他最恨倭寇和蒙古人，見嚴世蕃竟然這樣南北勾結，成了大大的賣國賊，那還了得，馬上下令錦衣衛嚴訊。嚴世蕃等人很快得知徐階所擬的“罪狀”，相聚抱頭大哭：“這回死定了！”
也無須再多問，“獄成”，嚴世蕃等人被斬於市，嚴氏家族被抄家。嚴嵩雖然免於一死，但晚景淒慘，隻好“寄食墓舍以死”，也就是寄居在守墓人的房子裏，到處要飯吃。想也就是三四年前，嚴嵩風光無限，嘉靖每天賜禦膳、賜法酒。見他的直廬簡陋，嘉靖“撤小殿材為營室，植花木其中”，禦賜住所勝似宮殿。曾幾何時，榮華富貴如過眼雲煙，如今落得恓恓惶惶如同喪家犬一般。
封建王朝的所謂懲貪治腐，隻是一種政治鬥爭的需要。在嚴氏父子的命運中，嚴嵩教子不嚴，嚴世蕃倚仗老子的權勢，貪贓枉法，為非作歹，奢侈淫亂，本來哪一樁都可依法治罪，但出於這個避諱那個禁忌，隻好“見了紅燈繞道走”，做假證羅織罪名，說嚴世蕃“通倭謀反”，這才把他殺了。為了糾正一個錯案，卻需要再製造一起新的冤案，封建王朝皇權專製體製下辦案的荒唐、荒謬令人匪夷所思。
《明史紀事本末·嚴嵩用事》在結語中總結說：“假令嵩早以賄敗，角巾裏門，士林不齒已矣。乃至朝露之勢，危於商鞅；燎原之形，不殊董卓。非特嵩誤帝，帝實誤嵩。”在封建王朝的皇權專製體製下，不是奸臣誤“聖君”，而實是“聖君”在製造“奸臣”。