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王世貞在《嘉靖以來的宰相：嚴嵩傳》中對嚴嵩做出這樣的評價：
謂嵩窺伺逢迎之巧似於忠勤，諂諛側媚之態似於恭順。能引植私人布列要地以探諸臣之動靜，先發而製之故不敗露。又善以厚賂結陛下左右之人，凡深宮起居意向無不先得，故多稱旨。或候聖意所發，因而行之以成其私。或因事機所會，從而執之以肆其毒。
故天下之人，視嵩父子如鬼如蜮，不可測識寧是痗心疾首，敢怒而不敢言。
在王世貞筆下，嚴嵩儼然玩弄權術之人，順我者昌，逆我者亡，假借嘉靖之手，把“獨斷專行的夏言、湣厚偏激的楊繼盛、狂誕不羈的沈煉、一時失職的王忬、抗倭不力的張經”，一個個忠烈之臣，都是在嚴嵩的挑唆下觸怒了喜怒無常的嘉靖而被誅殺。
嚴嵩讓兵部尚書丁汝夔做了他的替罪羊，是廣被後世責詬的“竊弄威柄”的一個案例。
嚴嵩在任首輔的 20 多年中，正是南倭北虜鬧騰最為嚴重的時期。嚴嵩對倭寇的認識比較清醒，他認為倭寇猖獗，是因為政府閉關鎖國實行海禁所造成，因而主張寬海禁，讓沿海居民可以進行合法的海外貿易。同時他主張對進行劫掠活動的賊寇，朝廷要予以堅決打擊。他推薦趙文華、胡宗憲等督師平倭，賦予他們專事權，以免受地方官掣肘。趙文華、胡宗憲又先後提拔了戚繼光、俞大猷、譚綸等一批將才，擒殺了王直、陳東、徐海、麻葉等諸多橫行一時的海盜巨魁，將浙江一帶倭寇基本肅清。
對待北虜問題，嚴嵩針對當時國弊民窮的社會狀況和敵強我弱的基本態勢，促使嘉靖否決了收複河套等不切實際的主張，在庚戌之變蒙古兵臨城下時，力主堅守不戰，對北虜實行以防禦為主、輔以通貢互市的羈縻之策。嚴嵩用翁萬達鎮守西北，修築大同鎮、宣府鎮長城 800 裏，使俺答長期畏而不敢輕犯。
《明史紀事本末·嚴嵩用事》中記載：1534 年起，蒙古新首領俺答幾乎無年不請求明朝封貢，然而俺答求貢卻屢遭明朝拒絕，俺答便率兵大舉犯邊，其中最嚴重的事件是 1550 年，俺答率 10 萬精騎攻至北京，全國震動，史稱庚戌之變。俺答兵臨城下，“令人持書入朝求入貢”，提出給予戰爭賠款後就退兵，還給了個下台階的好名詞“入貢”，一下子把嘉靖推到了兩難境地。
苦鄉在《嘉靖與嚴嵩》一書的《大家都找替罪羊》一章中描繪了嘉靖處於兩難境地時的心理：
嘉靖皇帝遇到了一個難題：戰肯定會危及國家，人們必然要說他窮兵黷武，是個昏君；求和，人們也會說他昏庸無能，喪權辱國。一句話說到底，無論嘉靖皇帝怎麼做，都會遭到朝臣甚至是後人的攻擊。
睿智的嘉靖皇帝明白了自己的處境後，他的第一反應就是擺脫自己的曆史責任，將皮球踢給那些大臣，到時從他們中間找一個替罪羊。他迅速召集群臣廷議，征求大家的意見，問大家打還是不打。