培根的自相矛盾不但在他的著作中，在他的言談中也不時表現出來。
他常在自吹自擂的時候，又拿出聖哲的架子來教育後人不可過分輕狂。培根常常是謙遜過後，又馬上神氣十足地教訓學生們。
1613年夏天，國王詹姆士提拔培根當上了英國皇家的總檢察長。從此，培根野心更大了。
大法官死後，1618年，57歲的培根被提升為英格蘭新任大法官。
但是，悲劇很快就降臨了。培根擔任大法官還不到三年，就遭到皇家下議院彈劾，弗蘭西斯·培根被指控受賄。
這時，整個英國都被培根的醜行所激怒了，整個國家都被喚醒了，從神父們的傳道講壇到街頭巷尾，到處都議論紛紛，一致要求懲罰這位大法官先生。
在法庭上，培根為自己進行狡辯。
由於培根拒絕對自己的犯罪行為做出明確答複。因此，法官們隻好對他采取了強硬手段，逼迫培根簽字畫押，招認自己所犯下的一切罪行。
事後，培根被送進監獄。雖然他蹲進了黑暗的監牢，成了一名卑微的囚犯。但是，他仍然理直氣壯地對所有探視他的人說：“我犯的隻是政治失誤罪，在我擔任大法官期間，我還從沒有因為無視法律而做出過任何錯誤的判決。作為一名學者，我掌握的知識仍然是光輝不朽的，是鐵窗封不住的！”
1625年培根獲得釋放，但他被永遠禁止進入國會和英國宮廷，這意味著他再也不可能擔任任何政府公職。就是在這種情況下，他仍然沒有放棄政治野心。他接二連三地給英國國王寫信，對國王又捧、又哄、又是哀求，但都未能奏效。因為國王也看到，培根的黃金時代早已過去。
我們必須正視培根人格上的缺憾，但同時，也應看到，培根的哲學，在人類曆史的發展上，起了重要的轉折作用，在哲學史上占有重要的地位。它結束了一個以神學為中心的“經院哲學”的舊時代，開創了一個以經驗為手段認識自然的新時代。為西方哲學的發展展示了新方向。
當然我們也應該看到，培根並不是一個徹底的唯物主義者。他承認“上帝不死”和理性靈魂的存在，因而接受了中世紀以來流傳下來的“兩重真理”論。他認為真理有兩個來源：一是從神的啟示和信仰而來；一是從自然和感覺經驗而來。前者屬於神學領域，後者屬於科學領域，兩者各自獨立，互不相攏。培根的這種思想，從擺脫神學對科學的控製，爭取科學的相對獨立來看，是有積極意義的。但是，它同時容忍了神學的存在。因而培根的“哲學革命”是不徹底的。
培根生命的最後五年，是在沒落的生活中度過。他雖常被貧窮所困擾，卻努力從事哲學的研究。這五年中，他寫完了他最偉大的拉丁文著作《崇學論》，出版了擴大的《論說文集》。他直到最後一分鍾仍忙於工作。
在《論死》一文裏，他聲稱自己“但願死在一種熱誠的探求中，這樣便無異一個人受了創傷倒在熱血中，當時毫不感到痛苦”。
1626年3月底的一個冷天，培根坐車從積雪覆蓋的市郊駛往倫敦途中，忽然想起用冷凍方法試驗防腐效能。於是，便下車買了隻雞進行防腐試驗，因受風寒而染上重感冒。
1626年4月3日，弗蘭西斯·培根獨自一人來到倫敦北郊的阿藍迪爾爵士家中。在他臥床不起的最後日子裏，他仍然天真地盼著自己一生中最後一次科學實驗的結果。他在日記中寫下了希望實驗成功的話。可是，時時發作的熱症已使他精力消耗殆盡。
1626年4月9日，65歲的培根在遺囑中給世界留下了自己最後的話：“我將我的靈魂遺留給神。我的軀體將給大自然淹沒埋去。但我的姓名連同我的知識卻能留給後世和全人類。我死後雖無安身之地，但我相信，我的科學試驗卻有了它自己的最後歸宿……”