撰成《尚書商誼》3卷。
1884年34歲
從王灝處得到金代學者趙秉文未刊刻抄本閑閑老人《滏水集》20卷，王樹楠改編為《趙閑閑老人詩集》10卷、《目錄考證》2卷、《閑閑老人年譜》2卷。
1886年36歲
會試中式54名，殿試三甲48名，朝考二等，欽點主事分戶部廣西司。受吳汝綸勸說後，以造福地方為己任，改派地方知縣，前往四川青神縣做知縣。
1887年37歲
被派往四川青神縣知縣，赴任途中在天津拜見直隸總督李鴻章。李鴻章以蜀中條件艱苦為由勸其主掌四川尊經書院，王樹楠婉言謝絕了他的好意。
在陝西拜見時為陝西按察使的老師黃彭年。
1888年38歲
聘請張百熙主持青神縣鄉試，取士重真才實學。
1889年39歲
成《廣雅補疏》4卷，《爾雅郭注佚存補訂》20卷。
1890年40歲
成《費氏古易訂文》12卷，《離騷注》1卷。
1891年41歲
成《天元草》5卷，以天元法推算十月之交日食的準確年代實為周幽王六年十月朔辛卯日，糾正鄭康成的在周厲王時的錯誤說法。撰《十月之交日食細草》2卷。
1895年45歲
在張之洞幕府。與柯逢時、梁鼎芬、黃遵憲等人交遊。
1896年46歲
在陝甘總督陶模幕府。撰成《彼得興俄記》1卷、《歐洲族類源流略》5卷。
1898年48歲
撰《蟄叟》7篇。
1901年51歲
成《歐洲戰事本末》22卷。
1902年52歲
《希臘學案》4卷。是年兩廣總督陶模卒於任上，王樹楠感恩自己的知己上司，將書屋命名為“陶廬”，以示紀念。
1905年55歲
成《希臘春秋》8卷。
1907年57歲
創辦《新疆圖誌》誌局，親手製定誌例，分門別類進行纂輯。
1908年58歲
學部、憲政編查館聘其為谘議官，禮製館聘其為高等顧問。
1910年60歲
自《新疆圖誌》開局以來，王樹楠撰成《國界誌》8卷、《山脈誌》6卷、《兵事誌》2卷、《訪古錄》2卷、《新疆小正》2卷、《禮俗誌》1卷、《道路誌》1卷、《土壤誌》1卷。其中《建置誌》為王樹楠創撰1卷，宋伯魯照式續成。《實業誌》為王樹楠創撰森林、漁業兩個門類，其門生鍾鏞產生續寫而成，王樹楠親手改定並潤色後定稿。
1912年62歲
成《武漢戰紀》1卷。
1914年64歲
是年8月設清史館，趙爾巽為館長，聘請王樹楠為總纂。徐世昌設局於畿輔先哲祠纂修《大清畿輔先哲傳》，聘王樹楠為纂修。
1916年66歲
成《大清畿輔先哲傳》40卷，《畿輔列女傳》6卷，《大清畿輔書征》41卷。
1917年67歲
在史館，國務院聘其為顧問。
1918年68歲