批完了一天的折子，萬曆伏在案上，一邊絞盡腦汁回憶關於防治天花的知識，一邊用不太工整的小楷一一寫下來。天花的可怕，萬曆是知道的，文學作品的描寫就不說了。就是在另一個時空，他的一個叔叔就是死於天花，每當祖母說起那事，都還傷心不已；那已經是二十世紀六十年代，還如此危險；可想而知，在明朝萬曆年間天花是何等的厲害了。
但是人可以利用自身的免役係統預防天花。記得有一種“種痘”術，可以防治天花，簡單的做法就是將出過天花的人的痂磨碎了，吹少許到人的鼻孔中去，碎末中含有天花細胞，引起人體免役係統的反應，這就會產生出天花的症狀，比如發燒。但是因為這些細胞中沒有遺傳物質，天花細胞不能繁殖，人體的吞噬細胞可以輕易地消滅他們，而且因為有了這一次的“侵入”，免役係統會記住它，所以在下一次天花病毒襲來時，免役係統會很快產生相應的吞噬細胞，消滅病毒。這就是為什麼人一生隻會出一次天花的原因。
憑借著有限的一點知識，萬曆明曉原理，但是要如何將這個原理說給李時珍呢？明明白白地告訴他，是不是有點駭人聽聞？這個時代人們的普遍看法還是認為天花是神仙降罪的結果，開明一點的也認為是陰陽二氣的不調和，即便知道其傳染性，卻不知道為何傳染，如何傳染，更別說細胞和免役係統了。
要是有顯微鏡就好了，萬曆暗想。有了顯微鏡，就可以將細胞“展示”給他們看，也方便解釋原理。不過現在帝國的工匠，包括萬曆都還沒有製造顯微鏡的能力，因為玻璃的清晰度不高，製造千裏鏡已經勉強了，顯微鏡就更別想了。
想了好一會，萬曆決定使用“氣”這個名詞來解釋天花的傳染性，說“氣”是由萬千微物組成，可以在空氣中漂流，禍害人民。因此，患天花等傳染病的必須隔離。這種解釋一方麵跟傳統的“瘴氣”“癘氣”掛上鉤，便於李時珍接受；一方麵又夾帶私貨，將細胞變成“微物”裝進去，為了消除疑惑，萬曆還特意引用了佛祖說的“一瓢水中皆有十萬八千生物”來補證。
接著就詳細介紹了“種痘”之法。對“種痘”法的原理，萬曆左想右想，都沒有合理的說詞。最後隻好用實際的效果來證明——這是看得見的，也是最容易讓人接受的。雖然沒有理論的支撐，雖然知其然不知其所以然，但如果能迅速推廣，挽救更多人生命，萬曆還是滿意的。
滿滿地寫了幾大張紙，覺得差不到了，萬曆才擱了筆。又從頭仔細看了一遍，補充了幾處脫誤，才定了稿。
又另取了朱筆，在後麵做出批示：先讓李時珍小範圍試行，觀其成效，總結經驗教訓，如果成效好，便在全國推行。
萬曆知道後來英國人對付天花用的是“牛痘術”，效果和安全都比“人痘”好。但是萬曆也不知道牛痘的法子，隻好先推行“人痘“防治天花，挽救更多的人。畢竟，人的重要性，萬曆這個帝國首腦還是明白的。他甚至還記起了天花在軍事上和種族上的妙用，那就是最早的生化武器了，不知道日本人對天花免不免疫。忍住了笑，讓安寧派人將寫好的《天花防治論》送到太醫院，交給李時珍。
新年一天天的近了，萬曆卻高興不起來。他早過了新年興高采烈的年齡。當一個大帝國的家，這時候必須一邊計算著這一年的收獲得失，一方麵計劃著來年的日子。不為遠慮，必有近憂，何況現在是多事之秋。
明年，萬曆十年，會發生什麼呢？
看著霧朦朦的天空，萬曆想了好一會。
“安寧，李謫凡到了那裏了？”
“李謫凡昨天過了山海關，張簡修也快到天津了。”安寧一邊逗著廊上的畫眉，一邊回答。設立安東都護府後，萬曆沒有安排李謫凡在其中任職，而是把他召了回來，同時召回的還有在西南的張簡修。因為羽林衛中可以擔當大事的都已經派出去了，萬曆身邊一時沒有用得順手的人才，索性召回了李張二人。
“嗬，還敢得上過年。”萬曆笑道，回頭叫安寧道，“別弄鳥了，去通知太仆準備車馬，讓唐郎準備侍衛。”
安寧忙丟開手中的穀子，喜道：“今天要到那裏去玩啊？”
“小鬼頭，就知道玩。”萬曆笑罵，“今天是去北軍大營。”
算來戚繼光執掌禁衛軍已經快七年了。當初萬曆讓他整頓京師大三營，重新編排，製定訓練計劃，演練器械陣法。重新編排後的禁衛軍，分成十個師，每一師大約萬餘人。其中騎兵四個師，步兵三個師，一個車兵師，兩個火器師。
萬曆給的期限是五年，到了萬曆七年，朝廷西北﹑東北﹑西南用兵，先後從禁衛軍抽調用了一部分兵力，參加戰鬥。從各地反應上來的情報來看，禁衛軍的紀律﹑戰力﹑組織﹑配合都比九邊邊軍高了不少。而從講武堂軍校畢業中下級的軍官的不斷加入，也增強了禁衛軍的戰鬥力和指揮能力。同時軍法官的設立和書記官的派遣，也保障了軍隊的紀律和填充了士卒的信念。