萬曆搬到西內後，讓人打掃了勤政殿，小小修飾一翻，作為接見大臣將帥的地方。出了如然齋，過一條竹木橋，穿過雕花薔薇走廊，就到勤政殿的後院。再往裏麵走，轉過屏風，便是正殿。
殿中，內閣首輔張居正，申時行王賜爵方逢時等人都已經到了。適才安寧前去傳話之時，已經將遼東大捷的消息透露出來，因此眾臣行過君臣大禮後，便稱賀起這事來。
萬曆等他們說得差不多了，才道：“這也是上天保佑，諸位先生同心協力的結果。今日召見諸位先生，就是為了商議後事的。”一麵說，一麵讓安寧將李化龍李謫凡二人的折子交給內閣諸臣傳閱。
照例是由張居正首先發言：“陛下，李化龍李謫凡折中所言三事，第一是戰死軍人之撫恤，以及傷殘將士的安置；第二是，新開遼東疆土的管理問題；第三是對女真遺民的處理。老臣看來，這三事看來簡單，其實甚為複雜。記得永樂皇帝時候，朝廷詔討越南，設立交趾布政使司，但由於種種原因，二十年後就被迫撤銷。此事可以為今日遼東之事的殷鑒，萬萬不可重蹈覆轍。”
萬曆讓內閣大臣議論此事，就是考慮到這一點。雖然心中有定計，也還是要聽聽大臣們的意見。“首輔大人說的是，朝廷花費多少錢糧，多少心血，有多少將士血灑邊關，才平定女真，恢複祖宗疆土。如果不能守，不光對不起祖宗，也對不起戰死沙場的將士。諸位先生，有什麼設想，還請仔細道來。”
王賜爵在內閣中居於第三位，是可上可下的位置，當即說道：“臣觀李化龍折子中說言的移民和設立郡縣二策可以采用。遼東漢民少，而夷人多，隻有遷徙漢人充實遼東，同化夷人，使其與中原風俗習慣相同，然後再設立郡縣，可以永保遼東為我大明所有。”
次輔申時行馬上反駁道：“陛下，女真新降，如果大量遷徙漢人進入遼東，與女真人爭地，必然引發諸多問題。而且，同化夷人，非數十年之功不行。不如仍然封賞其首領，以互市為手段羈縻之。相信以陛下之聖德，大明軍隊之神威，女真人必然誠心歸順，不敢有二心。”
萬曆心中一歎，申時行申時行啊，奈何未老而誌氣已衰！不過他反對移民同化女真的見解，卻也在點子上。
“陛下，如用申閣老之策，今年遼東將士數十血戰豈不白費？！”兵部尚書方逢時厲聲說道，他知道自己的官位也到了極限，再沒有上升的空間，因此對申時行等人也不再假以顏色。做出一個正直敢言的姿態，希望留給天子一個好印象，以遺澤後人。
申時行冷冷地說道：“方大人又有何高見啊？”
方實行道：“女真易叛難降，非大軍鎮之不可。臣請在女真地麵設立一鎮，立總兵鎮守，同時在險要地方修築城池，設兵戍守，監視女真。”
萬曆點點頭，方逢時的建議雖沒有新意，但卻不失為也可行的計劃。轉問張居正道：“先生以為呢？”
張居正撚須一笑，道：“陛下心中已有決策，何須老臣嘮叨。”
萬曆也是一笑，道：“諸位先生的意見都有可取之處，但也還有需要補充的地方。鞏固遼東移民﹑羈縻﹑鎮守三策都是不可少的。移民為解決問題的根本方法，但誠如申先生所言，非一朝一夕可見效；設立軍鎮，又職權太小。因此朕決定在女真撤銷建州詔討司，設立安東都護府，與省級平行，兼有民事軍政監察大權，待局勢稍為穩定之後，再設立郡縣。”
“陛下，安東都護府為唐代所有，管理邊疆之事務。今日陛下重設，賦予軍民大權，其距離中土又遠，恐尾大不掉。”申實行小心勸誡道。
“正是因為距離京師太遠，才不得不如此。若事事請示朝廷，多半貽誤軍機。”萬曆說道，“都護府設立都護一人，校尉一人，參軍一人，書記官一人，各有職責，協同辦公，就如各省一樣。”
如此說，眾人明白了，雖然兼有民事軍政監察大權，但相互牽製相互監督的模式並沒有改變。
“關於都護府的職責，申先生，勞駕你記錄一下。”
“遵旨。”
“都護府職責如下：第一，鎮守地方，保衛疆土，平定叛亂，剪滅盜匪。第二，懷柔異族，招攬遠人，選拔俊才，教化蠻異。第三，屯田戍守，修建要塞，探測疆土，繪製地圖。第四，安撫移民，鼓勵墾荒，保障商旅，傳播三教。第五，公平斷獄，懲治凶頑，糾察不法，明辨是非。”萬曆將想好的事情一一說來。第一是軍事要求，第二是同化異族，第三是開拓疆土，第四是鞏固疆土，第五是維持秩序。如果真能一一實行，在政治軍事文化宗教等方麵一齊用力，沒有鞏固不了的疆土。