李時珍是秋天被召集到京師的。
萬曆在錦衣衛的奏報中看到了他的名字，方知這位大名醫還在人世，立馬將他召到京師，成了萬曆的禦醫。為了照顧李時珍的感受，萬曆沒有將他安排在內務府的供奉局，而是放在了翰林院下麵的醫藥局，如此一來，李時珍就有了半官半醫的身份，也不十分辱沒了他。
從天津回來，就有些頭暈，讓人請來李時珍，號了脈息，知道不妨事，靜養幾日就好了，方才安心。一麵讓陳於陛通知大臣，停一日早朝；一麵和李時珍閑談。能和曆史名人聊天，也是一種享受；來到這個時空，已經和湯顯祖﹑吳承恩﹑王世貞﹑朱載堉等人聊過，頗有心得。在萬曆看來，張居正俞大遒等人對社稷誠然十分重要，但於文化上說，還是湯顯祖等人更為重要。
如果站得更遠一點，更高一點來看，明末在文化史上的地位相當與春秋戰國。春秋戰國開創了中華文明，而如果明末文明不被滿人中斷，得以充分的發展，其最終之成就，也許也能與春秋戰國媲美。發生在另一個時空的悲劇，萬曆絕不想再在這個時空上演！
和李時珍一談，萬曆才知道後世著名的《本朝綱目》還沒有動筆。李時珍說道：“小臣以為曆代官修《本草》多有謬誤，學者襲之，不辨真繆，往往誤人。小臣想重定《本朝》，糾正謬誤，故而小臣扣請陛下，允許小臣辭去職位，歸鄉專營此事。”
萬曆知道這是李時珍的夙願，不為名臣便為名醫。少年李時珍學文不成，方才繼承家業從事醫業，不久就成為一方名醫。李時珍並不滿足，還想要超越前人，重修《本草》，留名青史。對這一番抱負，萬曆是欣賞的，成全他也不無可。但萬曆總想更大的“利用”下李時珍，他這樣的名醫再出現可還要等幾十年。想了一想，說道：“要修訂《本草》，也不一定要回故鄉。朝廷藏有大量醫書秘笈，於汝之事也大有補益。”
“《本草》之誤多是藥草記載不實，張冠李戴，如不親自采集草藥，谘訪野老，恐難已取得成效。”李時珍小心地說道。帝王身體貴重，開方用藥都要特別謹慎，兢兢業業，自己一身醫術，在這裏實在施展不開。這讓李時珍十分不適，更不要說還要提防來自同行的暗箭。“小臣醫術淺陋，不足以侍奉陛下。請陛下允許小臣之請。”
“若李時珍醫術淺陋，誰敢稱高明？”萬曆笑道，重修《本草》能夠促進中醫的發展。記憶中，明末處於小冰河期，天災連連，瘟疫四起，正需要良醫，而著名的《瘟疫論》作者吳有性還要十多年才出生。也許在自己的幫助下，李時珍能早一些完成這成就；也許通過修訂《本草》，還能促進植物動物學的發展。“朕看來，《本草》也該重修了，不過先生一人，力量不免單薄了些，不易獨立完成。”
“小臣久有此心，不以艱辛為辭。”
“人多勢眾，易於成事。不如由朝廷出麵，重修《本草》，請供奉充總裁如何？”萬曆適時拋出了誘餌。
見李時珍猶豫，萬曆接著說道：“人在五湖四海，病有寒暑表裏，藥生南北東西。其性各不相同，不可不區分對待。供奉一身，能見多少方人？能行幾處州縣？能識多少草藥？聚集各地名醫，相互切磋，於醫術也有進益。集思廣益，求同存異，當能正《本草》之誤。當然了，最後之決定，還是由供奉來定。”