內廷改革後，萬曆給安寧安排了一個內務府參事太監的位置，以前的近侍身份不變，仍在萬曆帝左右聽差。不過經過一次貶謫，安寧小心了許多，看上去也更懂事了，少了從前持寵而驕的輕狂。對此，萬曆帝沈覺非看在眼中，心想這樣也許更好吧。
萬曆六年的冬天在飄飛的雪花中漸漸過去。河南的賑災事務也漸漸接近尾聲，賑災欽差大臣申時行和副使鄒元標同心協力，大小事情處理得十分恰當，對瘟疫也積極防備，因此並沒有出現瘟疫。對此，連張居正也讚賞不已。萬曆皇帝高興之餘，進申時行為太子太傅，鄒元標加一級任用，河務總督潘季馴賜銀千兩。對申時行保舉的有功人員，萬曆帝也一一批準，讓吏部優先任用。
但是卻沒有批準申時行要求返京的折子。在萬曆沈覺非看來，黃河賑災還沒有結束，後續之事還很多，必須留下申時行坐鎮災區，以便於及時處理。在折子後麵溫言慰問勉勵一翻後，又令河務總督潘季馴早日進京麵聖。
急調潘集馴入京是張居正的主意。大興北方水利的建議得到天子的批準後，張居正就很快的動了起來，不幾日就召集了一批誌同道合者。戶部工部等部門也表示同意，所缺少的就是一個精通水利的大師了，所及請求萬曆盡量召回潘季馴。
沈覺非見河南洪水已經退去，又是冬季，留潘季馴在河南也沒多大用處，就答應了張居正的要求。作為交換，張居正對萬曆的宮廷改革給予了大力支持，在他的示意下，朝廷文官對這一次改革沒有提出大的異議，孤立了外戚和太監勢力，將改革的阻力降到了最低。
於此，沈覺非已經相當滿意。陳於陛的位階大大提高，於六部尚書一樣，但有比六部尚書親近天子，成了一時紅人，羨煞了不少官迷。不過萬曆還是忍住了讓陳於陛進入內閣的想法，因為陳於陛不過三十餘歲，雖名門之後，但也實在是資曆尚淺，不孚人望。想來想去，提拔翰林院掌院學士兼內務府參事大臣王賜爵為東閣大學生，補入內閣，填補禮部尚書馬自強病逝後留下的空缺。
於是在朝廷形成了以張居正申時行為主張學顏方逢時王賜爵為輔佐的內閣，六部有王國光李幼孜等人，宮中有陳於陛，軍中有戚繼光俞大遒張臣李成梁李謫凡唐郎李光等人，可以說是一時之英傑，老中青相配合的局麵。萬曆帝這才稍稍放下心來，終於完成了對朝廷局麵的控製，可以說直到現在才真正掌握了大明帝國。
十二月初八日，河務總督潘集馴趕回京師，萬曆在第一時間召見了他。萬曆對潘季馴很有好感，是因為潘是治訶高手，且在財政軍事刑法等方麵都有造詣；更重要的是潘季馴是少數幾個在張居正倒台後為其說話的人，單這一份勇氣，就讓萬曆覺得非見他一麵不可。