長子出生，家庭和睦，邊將立功，財政好轉，改革繼續推進，萬曆六年八九月間這的一連串好事讓萬曆帝治理國家的興趣高漲，對自己和對國家的信心也是達到空前。
但是古語說：“禍福相依。”就在沈覺非雄心勃勃，厲兵秣馬積蓄力量準備北征蒙古之際，老天跟他過不去了。先是火星入心宿，翰林院官員上書說，這一天像顯示將有兵災。學過天文學的沈覺非當然不會相信這些古老的占星術。接著火星居然消失了，翰林院官員上書說此次天相顯示國將有大災。沈覺非那是火星運行到了與太陽相同的軌道上，同升同落，因此看不見，而大約八十天後就會重新出現。在查閱了幾本天文書籍後，沈覺非堅定了自己的推測，叫來欽天監的官員，告訴他們自己的判斷。但是人心已經惶惶。
九月二十五日，傳來了黃河絕口的消息。河南府，開封府，鳳陽府，徐州等州府受災。
接到八百裏加急的情報，沈覺非暗想“這還真是好事多磨啊。”黃河在北宋取道泗水由淮河入海，連通運河淮合等多個水係，水量增大，原本隻是黃河之患，擴大到淮河。此數百年間水患不斷，中原兩淮經濟大受影響。現今決口，雖還不知道具體的災情，但依照常識推斷，河南山東兩淮必然波及，生靈塗炭。
如此情況下，沈覺非也隻得將目光轉移到救災工作上來。接到消息之時，雖然已經是子夜，沈覺非還是緊急召見了內閣張居正申時行等人。黃河決口這樣大的災難，帶來的損失必然巨大，後續問題也極其繁多，特別是流離失所的災民，如果處理不善，極有可能引發民變。而這正是沈覺非最擔心的，帝國處在休養生息的階段，是經不起任何大的折騰的。
內閣諸臣趕到內閣時，沈覺非已經衣冠整齊坐在裏麵恭候多時了。申時行等都表現出憂心忡忡的樣子，暗地裏忙著思索對策，黃河決口這樣的大事，如果能在皇上麵前表現得好一些，將來就有莫大的好處。單單方逢時與眾不同，他雖然也是內閣學士，但主管的是兵部，於救災事項不大相幹，但在憂心的皇帝麵前，還是保持了應有的神態。
首輔張居正最後趕到，在路上他已經得到黃河決口的消息。回想起七月間回京師，就見黃河水勢浩大，老母親因此恐懼，最後用滿天過海之計才過了黃河。沒想到現在決口了。
步入內閣，張居正給萬曆見過禮後，立即說道：“黃河絕口，牽涉必多，但眼下最重要的是救濟災民，穩定局麵。從災報上看，黃淮千裏之地都是災區，無家可歸的難民必然向四周流散，這些人的衣食住行都是問題。朝廷應該立即命令各州縣收容難民，發放糧食，這是第一步。接下來，洪水退去，受災地區也要防止瘟疫，大災之後必有大疫，現在雖然已經是秋末，但也不可大意，應該做好防範。”
內閣眾臣都點點頭，這是處理災害的緊要事情。熟悉政務的張居正的建議，自然沒有問題。沈覺非也認為張居正說到了點子上，現在必須盡一切力量賑濟災民，不光是出於人道主義的考慮；在這個時代人口就代表了國力，而且將來黃淮地區的重建和恢複也離不開大量的人口。於是詢問道：“各地儲備的糧食是否充足？”