設立軍法處是萬曆帝沈覺非久已有之的想法。對一個政權的威脅除了外部敵對勢力就是內部的軍人了。基於這一點，萬曆帝並不反對宋以來采取的用文官駕馭武臣的作法，畢竟這可以在相當程度上保障帝國內部的安寧，也保障人民的安居樂業。當然，那也有代價，就是降低了帝國軍隊的戰鬥力，使帝國的對外戰爭多數處於不利地位。
但是，現在沈覺非不想在支付這比代價了。大明帝國的複興必須建立在一係列的武功上麵，為此，就必須對從前的政策予以修正，具體的說，就是賦予武將更大的權力。
權力是個危險的東西，必須要加以約束。
要在新舊兩方麵建立平衡，既要提高戰鬥力，又要保持對武將的控製力，萬曆帝沈覺非想了許多辦法。比如，繼續實行軍政分開製度，軍隊的財政和人事控製在中央；比如，保持兵部和五軍都督府的建製，分散軍權；比如，在廢除太監監軍的同時，又明確了禦史監軍的知情權；比如，進一步區分總督﹑巡撫﹑總兵的權力和職責，明確其統屬；比如，將要開辦的軍校和羽林衛的軍官訓練計劃；還比如：現在籌備的軍法處。
給將領權力的同時，也必須加以限製。這不僅僅是為了保障自己的權位，也是為帝國的基業著想。沈覺非任用戚繼光和俞大遒，讓他們訓練新軍，給了他們絕大的權力，是需要極大勇氣的冒險。不錯，戚繼光和俞大遒都是民族的英雄，但沈覺非也深悉權力的腐蝕能力，誰能保障他們始終忠貞如一呢？如有不測，後果難料啊。因此，近一兩年，萬曆帝沈覺非已經開始慢慢的收攏權力，將兵權劃到兵部和五軍都督府。
特別是上一次遼東“長定堡之捷”時間後，沈覺非更是感到了建立軍法處的緊迫性。沒有法律控製的權力注定是危險的，軍隊雖然有他的特殊性，但也不能例外。帝國的疆隅極為廣闊，而且以後還要極大的擴張，皇帝一個人顯然治理不過來，有限的文官政府也難以勝任，唯一可行的就是依靠法律。用法律來規範軍隊和將領，用法律來製約全國各地的各種力量，比如潛在的分裂勢力。
萬曆帝沈覺非對古代軍法並不熟悉，隻在影視媒體上聽說過什麼五十四斬八十七斬之類的混話。隻好再次運用老辦法。提出問題，請朝廷大臣和軍中諸將解決。
沈覺非設想的軍法應該包括以下幾個方麵：
第一，軍丁的入伍條件，將官的入伍條件。軍人應該使強悍的，因此其年齡和體能必須達到一定標準；將官也必須具有一定的指揮和統帥能力。
第二，軍丁訓練標準和條例。所謂訓然後戰也。新兵由五軍都督府訓練成熟後，再分派到各軍鎮去。
第三，軍紀，及其違紀處罰。三大紀律八項注意雖然不能照搬，但大明軍伍也應該有自己的風貌！
第四，軍人功勳的計算方法。明代以斬首獲得的首級計算，但問題是在激烈的戰鬥中，哪裏有時間讓你去割首級。而且以後將廣泛的使用火器，首級記功也不實際。