萬曆六年八月十七日，皇長子出生，三日後賜名常洛。母王恭妃也因此晉封為皇貴妃。因為萬曆還沒有立皇後，先封王芸為皇貴妃，在禮法上是說不過去的。但在沈覺非念著王芸的功勞，堅持不讓步，禮官最終屈服在皇權之下。
八月十八日，南北大捷傳至京師。萬曆帝封江南水師提督俞大遒為“靖海伯”，南北將士賞賜有加。內閣六部官員亦加上賞賜。
八月十九日，詔設台灣府，屬福建省，鎋淡水澎湖高雄三縣，鼓勵移民台灣。超拔沈有容為首任知府。沈覺非心中估算，這個時期西班牙荷蘭等國大概已經進入東南亞了，大明必須盡快加強在台灣的實力，以為南進的基地。
八月二十八日，錦衣衛派往東北的秘密調查人員返回京師，調查明白長定堡之捷果然是殺降。還帶回了大量的證據和事件相關人員名單。沈覺非讓人將這些資料密封，藏在了秘書省，以備他日之用。
九月初一，朝鮮，琉球使者來朝，並祝賀皇長子出生。琉球使者報告說東瀛屢次侵犯，請求天朝出兵保護。沈覺非愉快的接受了請求，詔令俞大遒的江南水師將防衛的範圍擴大，將琉球包括進去。帝國的水師不能老在家門口遊弋，也該遠行了。
九月初二，遼東李成梁再次報捷，這一次的對象是女真人。同時李成梁的長子如鬆次子如柏已經趕到京師，準備到禁衛軍任職。少子如梅進入致德公學學習。對李成梁的知趣，沈覺非還是滿意的。
這一次，沈覺非先讓兵部劾實。得出情況真實後，才於九月十五日召集內閣成員到武英殿召開內閣會議。半年來，沈覺非已經形成了習慣：遇到大事就召集內閣成員及相關人等商議，一般事務在內閣，大政在文華殿，軍政在武英殿。在會上，沈覺非先拋出自己的問題，由內閣大臣們討論，沈覺非再適時拿出自己的方案來，最後由沈覺非拍板，令六部執行。
張居正，申時行，張學顏，方逢時等人已經習慣了沈覺非的這種方式。四人趕到武英殿之前已經得知會商的是什麼事件，心中有了底稿。很快就拿出了一個具體的賞賜方案來。沈覺非也同意了，接著提出了這次會議的第二個問題：大明爵位製度。
禮部尚書馬自強剛剛去世，禮部尚書空缺，內閣也還未來得及遞補人員。因此，內閣四人中最熟悉禮儀規章的張居正說道：“陛下，我大明以軍功授爵，皆有定製。何須更改？”
明朝對大臣封爵控製是比較嚴格的，文官們對此也比較滿意。內閣不欲多事，因此張居正才表明了態度。
沈覺非有些意外，他略一停頓，說道：“朕知道。但是祖宗之法度雖善，但是到了今日，時勢已經不同，法度當然也得變化變化。”可以預見的是以後大明將征伐頻發，沒有良好的封爵製度激勵將士是不行的。而現在的製度，在沈覺非看來有些落伍了。
沈覺非的心思，張居正明白一些，試探著問道：“陛下決定如何更改呢？”
沈覺非一笑，這張居正變了，自打江陵歸葬回來，就改變了從前的那種強硬的作風，變得溫和了，更有彈性了。這讓沈覺非感歎的同時也幸慶不已。如此一來，君臣就合作愉快，政府的運轉也比以前有效。他示意讓小太監取出四分計劃書分發給內閣四人。那是他和內務大臣陳於陛商議寫出的。
“新的爵位製度不影響從前，萬曆以前的封賜一如既往。”沈覺非道：“新爵位製度與以前最大的不同是一是階級更多，二是實行年金製度。”
張居正等人快速的翻閱著計劃書，一麵聽著沈覺非的解釋，問道：“年金？”
沈覺非解釋道：“年金簡單的說就是俸祿。本來古時授予爵位是要授予土地的。但現在的情況不允許這樣做，朕就決定改成年金。這比發實物也要便利些。”沈覺非看來，使用年金還有一些好處，那就是勳臣們可能用這筆年金去從事工商。