對如今的局麵，沈覺非是滿意的，雖稱不上大好，但可以抱謹慎樂觀的態度。在經曆了馮保風波後，沈覺非更加的珍惜這一切，牢牢抓住軍權的同時，開始在大臣中提拔親信，第一批就是曾經擔任過自己老師的張家屏﹑沈鯉等人，以及一些沒有背景的新近官員。先將這些人安插在一些看起來不太重要的職位上，待有了機會在慢慢提拔。
內閣張居正，申時行，張學顏，馬自強，方逢時五人；六部方麵，吏部尚書王國光，戶部尚書張學顏，禮部尚書馬自強，兵部尚書方逢時，刑部尚書嚴清，工部尚書李幼孜。這人都稱得上賢能，又是沈覺非親自挑選的，擔任過渡時期朝廷大員是在合適不過了。
因為張居正還沒有回到京師，有事沈覺非經常與內閣次輔申時行商議。申時行能力見解都不錯，又不像張居正那般強硬，與沈覺非相處得十分愉快。沈覺非對申時行期望也很高，將他當成了張居正的接班人在培養，畢竟一個辦事穩重性格中庸的官僚比起一個強項的人更容易控製，也更符合有為君主的要求。
七月初七日，張居正一行抵達京師。原本準備去迎接的沈覺非考慮到張家旅途勞累，隻派了司禮監太監張誠前去慰問，在京師郊外真空寺賜宴，兩宮皇太後也派管事太監賜銀八寶，賜金錢、川扇，賜點心、果餅、鮮果、清酒等物與張家人。沈覺非還讓張誠傳口喻，請張居正在家休息一日，九日方才入朝。
九日早間，沈覺非免掉早朝，在文華殿西室召見了張居正。因為還在孝中，張居正青衣角帶，國字臉上疲憊之色未去。沈覺非心中感動，一把扶起就要下拜的張居正，說道：“暑天長路，先生遠來辛苦。”
“臣一念烏鳥私情，若非聖上體諒，如何得遂？感恩圖報之心，言不能盡，惟有刻之肺腑而已.”張居正說。
沈覺非不願意在這些客套上耗時間，轉入正題，道：“先生請坐，今日朕有事情與先生商量。“
“可是為了邊關之事？”
沈覺非點頭道：“正是。蒙古為我大明心腹之患，一日不除，朕一日不得安枕！”蒙古自然是要對付的，接著還有女真日本。比較起來，蒙古倒是最容易對付的了。沈覺非準備借蒙古練兵，以戰養兵，用蒙古人的鮮血染紅大明爭霸天下的序幕。
張居正對萬曆的心思是相當清楚的，對蒙古的危害也是明白的，也是主張對付蒙古的。但是他身為大明的首輔，對大明的現狀有著清晰的認識，他並不認為現在大明有與蒙古一決生死的資本。作為文官，他更希望用非武力的方式打擊蒙古，就如同前幾年對付俺答汗一樣。於是說道：“皇上的雄心臣明白，但現在大明還很虛弱，需要修養。還不宜大興征伐。對付蒙古，臣以為現在還是以羈縻為主，使之不能為中國之患。蒙古之地，得之不能耕種；蒙古之人，得之不能增賦稅。曆朝北征大漠多半勞民傷財，雖揚武威，實對國家無益。”