李時珍記錄這些藥物的療效，不僅聽人說，還效法神農嚐百草那樣，親自試用。
古書上說，綠豆能解毒，他為了作試驗，先給小狗吃了毒物，再吃綠豆解毒，結果並沒有救活。後來他經過反複試驗，自己親自嚐試，才發現綠豆要加上甘草，熬成湯才有解毒效力。
李時珍為了弄清傳說中有毒的藥草，他親自品嚐了複盆子、莓、蛇莓、懸鉤子等數種類似的藥草。傳說蛇莓有毒，經過品嚐，他在《本草綱目》中作了記錄：“俗傳食之能殺人，亦不然，止發冷誕耳。”
李時珍還嚐過鵝腸草和雞腸草，以區別這兩種相似的藥物。他在《本草綱目》中說：“繁縷即鵝腸草，非雞腸也。二物蓋相似，但鵝腸味甘，莖空有縷，花白色；雞腸草味微苦，咀之涎滑，莖中無縷，色微紫，花亦紫色。以此為別。”
“麻沸散”是華佗為病人做手術發明的麻醉劑，可惜配方失傳。李時珍少年時曾聽父親說曼陀羅花是麻沸散的主藥，但未曾親自見到，不敢妄下斷語。因此，他一直記在心裏要尋找曼陀羅這種藥物，試驗它的藥效是否屬實。可惜幾十年來，他走遍一座座村鎮，翻過了一道道山嶺，渡過了無數條小溪大河，都未找到曼陀羅花的下落。
這一年秋末，李時珍采藥歸來，順道去河南光山縣看大兒子建中。建中依照祖訓，實現了李家改換門庭的願望，鄉試中了舉人，當上了光山縣的教諭。教諭是一種學官，負責文廟的祭祀，教育所屬生員。建中的官雖不大，但住在紀念孔夫子的文廟內，環境十分幽雅。他由於自小受到父親的熏陶，雖然做了官，仍然喜歡種植藥草。李時珍在文廟的後花園中發現了一種開白花，狀如牽牛，葉如茄子的植物，便問建中是什麼花。
建中告訴父親，這裏的人把它叫做山茄子，或者風茄兒。
李時珍點點頭，順手摘了一枝花，仔細地觀察起來。這種叫山茄子的植物，綠莖碧葉，獨莖直上，高1米多，花有6瓣。這使李時珍突然想起在茅山道觀中見到的陀羅星使者塑像來，陀羅星使者手中持的花同這花的形態十分相似，難道這就是曼陀羅花？他興奮地叫來龐憲、建元，說：“你們看，走遍天涯無覓處，得來全不費功夫，這不就是曼陀羅花嗎？”
龐憲大惑不解，問道：“師傅，你根據什麼認定這就是曼陀羅花？”
李時珍說：“《法華經》上講，佛說法時，天上曾經降下曼陀羅雨，後來，道家將北鬥七星中一顆星叫做陀羅星，陀羅星使者手中常持曼陀羅花。我在茅山道觀中看到的陀羅星塑像，手中拿的白花和這株花十分相似。不過，要確認這是曼陀羅花，還得親自嚐一嚐。相傳，在采曼陀羅花時，如果采花人在笑，用此花釀成的酒入飲後就會發笑，采摘的人如在舞，用此花釀酒飲後則會令人舞。我們不妨一試！”
建中忙勸阻說：“父親不可造次，萬一此花有毒，豈不糟糕？”
李時珍興致很高，一麵采花，一麵哈哈大笑：“古時神農敢嚐百草，我要重修《本草》，怎能畏首畏腳？”
為了避免中毒，李時珍叫建元準備了解毒藥。李時珍將花放進酒杯，揉碎，然後將酒倒入杯中。李時珍舉杯將曼陀羅酒飲了一大口。過不多時，李時珍覺得自己有了恍恍惚惚的感覺，周身舒暢，歡愉異常，竟哈哈大笑，並失態狂呼：“真是曼陀羅花！真是曼陀羅花！”