建元見真是曼陀羅花，高興得手舞足蹈，也去采了一朵花來，放在酒杯中探碎，盛上酒，一飲而盡，果然也興奮得跳起舞來。李時珍隨即將曼陀羅花的性狀詳細記錄下來，敘述了發現的經過，並叫建元仔細地繪製了曼陀羅花的的圖樣。李時珍經過反複試驗，最後用曼陀羅花和火麻子花製成了類似華佗“麻沸散”的藥劑，並在《本草綱目》中將這一段經曆作了如下記述：“相傳此花笑采釀酒飲，令人笑；舞采釀酒飲，令人舞。予嚐試之，飲至半酣，便令一人或笑或舞引之，乃驗也。八月末采此花，七月采火麻子花，陰幹，等分為末。熱酒調服三錢，少頃昏，如醉，割瘡灸火，宜先服此，則不覺苦也。”
已經年過半百的李時珍，立誌修改《本草》，皇帝不支持，朝廷不讚助，他自己花錢帶著徒弟，訪采四方，遍嚐百草。他冒著生命危險，親自服用有毒藥物，為的是獲得第一手資料。他說：“醫者貴在格物，方士固不足道，本草其可妄言哉？”這種求實、探求真理的敬業精神，身家性命置之度外的奉獻品質，是值得我們永遠學習的。
明代隆慶二年（公元1568年），李時珍三人來到久已向往的太和山（即今武當山）。太和山位於湖廣均州（現屬湖北）西南，方圓400千米，山中有72峰、24澗，層巒疊峰，林木叢生，滿山是珍禽異獸，遍地是奇花異草，是一座天然的動植物藥庫。
李時珍三人在太和山一晃就是數月，采得無數藥物標本。一天黃昏，他們來到紫霄宮附近，在大樹參天、荒草沒頂的小徑行走。忽然，建元發現一棵榔樹上結著一種奇怪的果子。
李時珍駐足一看，見榔樹上果實累累，果實形狀既像桃，又似杏。他從低垂的樹枝上摘下一個，咬了一口品嚐，那果子極為香甜，略帶酸味，有點像熟透的梅子。他突然明白了這是什麼東西，臉色都變了：“糟了，我們吃了皇上下令百姓不準偷吃的禁果——榔梅！”
龐憲覺得奇怪：“榔梅有什麼稀奇，百姓嚐一下都不可以？”
李時珍歎了一口氣，說：“其實，榔梅沒有什麼奇特，不過是將梅樹枝嫁接到榔樹上，從而結出的果實。隻不過果實的形狀奇特一些，味道也不錯罷了。問題出自當今皇帝信奉道教。關於榔梅有一個傳說：真武大帝當年在太和山修道時，折了一枝梅枝插在榔樹上，對天祈禱說：‘吾道著成，開花結果！’後來，那株榔樹果然開了花，結了果子。道士們每年秋天將果子摘下來，用蜜炮製，向皇帝和王爺進貢，說吃了能成仙得道，長生不老。以後，皇上便下令將榔梅定為禁果，隻準進貢朝廷，百姓不得偷吃，偷吃便視為犯法！”
李時珍話還未說完，一群道士提著木棍走來。李時珍連忙迎上去，解釋道：“我們是郎中，進山采藥，誤食禁果，萬乞原諒！”
眾道士中，走出一個德高望重的人，看來是道長。他詢問李時珍：“你是什麼地方來的，為何到此？”李時珍說：“我是蘄州郎中李時珍，為重修《本草》，來此查訪藥物……”道長得知李時珍是蘄州來的，便向他打聽李言聞的情況。當他得知李時珍便是李言聞的兒子時，便異常高興地告訴李時珍，他和言聞是刎頸之交。於是，幹戈立即化為玉帛，道士視李時珍為侄輩，邀他到道觀一敘。
李時珍三人隨道長進入紫霄宮。隻見紫霄宮內香煙繚繞，大殿正中，有一個巨大的煉丹爐，爐火正旺。李時珍告訴道長：“我想在重修《本草》時，將煉丹家煉製各種丹藥的方法和藥效記載上去，請道長指教。”道長非常爽快，願意滿足李時珍的要求，將他所知的煉丹術和盤托出，供李時珍參考，並親自領李時珍觀看煉丹過程。李時珍幹脆就在紫霄宮住了下來，詳細記錄各種丹藥的製作過程和療效，同道長討論各種丹藥和礦物藥的功效和弊病。道長思想很開明，並不保守，兩人談得很投機，不隻談丹藥，還談諸子百家，常常交談至深夜。道長是個學識淵博的人，他把李時珍視為難得的知己，竟將紫霄宮秘傳的“武當行步功”授給了李時珍，使李時珍獲益不淺。
通過幾年野外采集工作，李時珍發現了前人沒有記載、經過考察證明可作藥用的植物、動物、礦物藥數百種，記述了上千種藥物的性狀、治療效果。像今天已廣泛運用的動物藥材如牛黃、狗寶、牡蠣、珍珠等，都是他第一個編進《本草》的。
通過野外考察，李時珍記述了許多礦物學知識，他說：“金有山金、沙金兩種，其色七青、八黃、九紫、十赤，以赤為足色，和銀者性柔，試石則色青；和銅者性硬，試石則有聲。”是現代冶金仍在運用的一種“比色法”。他記述了試驗金子成色的方法，即用試金石在金子上劃一條線，憑線的顏色和標準樣品的顏色比較，就能夠估量出金子的含金量。並說明此法隻可用於金銀合金，不能用於金銅合金，還補充了區別這兩種合金的辦法。他還記述了鋁粉製法的原理和步驟，這是世界上最早的關於鋁粉的製作方法的記錄。他還發現了許多新的礦物藥，如石炭等。