但是，即使是唐慎微的《證類本草》，這本在當時醫藥界公認的“全書”，仍然瑕疵不少。書上將葳蕤說成是女萎，其實，這是兩種形態、藥性都不同的植物。葳蕤的葉子像竹葉，治虛熱燥咳及一切不足之症。女萎的葉是對生的，開白花，可以治霍亂、痢疾。《證類本草》上還將虛掌、南星這兩個同種異名的藥草，當作兩種不同的藥物記載，陶弘景的《名醫別錄》中，將旋複花當作山薑。冠中爽（si）的《本草衍義》中，把卷丹和百合混為一談。有一次，一個醫生給癲狂病人開了一服藥，其中用了一味藥叫防葵，沒料到病人吃了很快就死了。又有一次，有個醫生給一個身體虛弱的病人開了味叫黃精的補藥，病人吃了也死了。李時珍對這兩件事作了深入研究，發現有本藥書上把防葵和狼毒、黃精和勾吻搞混了。狼毒和勾吻都是毒性很大的藥，把它當成補藥，還能不死人。又如，澤瀉這種藥，不能久用，但有的藥書上都說：“久服麵生光，能行水上”；“澤瀉久服身輕，日行五百裏”。這種方士騙人鬼話竟被收進醫書裏，不知有多少人深受其害！
另外，從《證類本草》問世到李時珍時代已經過了400多年。在這400多年中，藥物知識有了很大發展，醫生和民間都發現了許多新藥；由於礦業生產的發展，還出現了許多礦物新藥；同時，由於明代對外貿易和航海事業的發展，從國外傳來許多新藥，叫做“番藥”，這些新藥在一些雜書上有零星記載，但錯誤百出，需要審定。
李時珍想，由於《本草》的混亂造成藥物的混亂，即使我們的藥方開得再好，藥抓錯了，也會弄巧成拙，甚至成為殺人幫凶。看來，重修《本草》已經成了刻不容緩的事，他把自己的想法告訴了父親。
李言聞聽了兒子的話，思考良久，方說：修《本草》這個建議很好，但是工程太浩大了。要重新編一部新《本草》，不僅要把曆代《本草》和諸子百家的書籍研究透徹，還要把全國出產的藥物一一重新考察清楚，需要花很大的力氣。曆代《本草》的修訂，大多是朝廷出麵修的。黃帝命令歧柏調查百草藥效，定《本草經》、著《神農本草經》，編著《名醫別錄》的陶弘景，原來就做過官，後來退隱深山，但仍和梁武帝交往密切。唐高宗命令大臣李勳，組織蘇恭等人，在《名醫別錄》等藥書的基礎上，將《本草》從三卷增加到七卷方成《唐本草》。宋太祖命令醫官劉翰重新詳校《本草》，宋仁宗再下詔令補注《本草》，這才有了《開寶本草》、《嘉祜本草》。所以，父親告訴李時珍：“隻有朝廷出麵，才有重修《本草》必需的人力、財力、權力。有的人雖是以個人名義修《本草》，那也是因為這些人有錢有勢，得到朝廷扶持。像我們這樣的人家，曆史上還從來沒有人修成《本草》的。”
李時珍聽了父親的話，更清楚了修《本草》的艱辛。他想：前人可以請求朝廷幫助修《本草》，我們也可以找機會上奏朝廷。即使朝廷不支持，我也仍然要重修《本草》，事在人為，誰也動搖不了我的決心。
明代嘉靖二十九年，即公元1550年，這一年李時珍33歲，他立下了雄心壯誌，不怕任何艱難險阻，一定要重修《本草》。
李時珍深深懂得，要實現重修《本草》的宏偉誌願，依靠現有學識、經驗是遠遠不夠的，於是一個龐大的計劃在他心中逐漸成熟了：
一、苦讀十年書。從“子、史、經、傳、聲韻、農圃、醫卜星相、樂府諸家”的現有典籍中積累知識。
二、廣采四方，漫遊天下，增長見聞。他從獵戶那裏學習有關野獸的知識，從樵夫那裏學習有關山野植物的知識，從農民那裏學習有關農業生產的知識，從遊方鈴醫那裏學習有關防病治病的單方驗方……
李時珍為自己所規定的博覽群書的範圍很廣，父親的藏書，顧家及郝家的藏書顯然已不能滿足他的需要，他正在為之苦惱的時候，想不到的機會卻來了。
原來，湖廣首府武昌，住著一個皇帝的宗室叫朱燴，受封為楚王。楚王的兒子患了抽風病，經常犯病昏倒，找遍武昌名醫都未能治好。由於李時珍的醫術高超，名氣越來越大，傳到了武昌，楚王知道後，便派人到蘄州把李時珍請去，為兒子治病。
李時珍被請到楚王府立即為世子診病。世子是個10歲左右的孩子，長得瘦骨嶙峋。經過望、聞、問、切診斷後，李時珍開了一個藥方交給王妃。王妃看後不肯收下，叫他去麵見楚王。
楚王看了李時珍的藥單子，不解地問：“以前醫生開的藥方多用沙參，你為何用人參？”
李時珍對楚王解釋說：“世子患的是癲癇病，治起來很麻煩。這種病可分為兩類，一類是因熱引起的，一種是因虛引起的。世子的病屬於後者。沙參用於驅火邪，除肺熱，是首選主藥，但世子是風虛引起的，需補肺虛，人參則是對症的主藥。我查了以前醫生為世子開的藥方，他們都是將世子的病當作因熱起，把藥用反了。本來，肺虛當補，反而當成肺熱開瀉藥驅火邪，怎麼治得好世子的病呢？”
李時珍繼續說：“現在我以人參為君，做主藥，以辰砂、吟粉為臣，做輔藥，以豬心血九為佐藥。人參甘溫，能補肺中之氣。肺氣旺則四髒之氣皆旺，精氣自生而形自盛。辰砂能夠養精神、安魂魄、潤心肺、止抽風，幫助人參治癲癇症。再發揮吟粉、豬血的作用，世子的病自然會痊愈的。”