李時珍見父親沉默不語，便把自己想放棄科舉考試，跟隨父親學醫的想法說了出來。這個念頭在他心裏許多年前就有了，但是為了顯耀門庭，不辜負父親的期望，他藏在心裏不忍心說出來。看來，科舉仕途與李家這一代還是無緣，自己的誌向也不在這裏。於是，李時珍趁父親思想已經轉變，便把多年來深思熟慮的話說了出來。
李言聞看著為應試累得瘦弱不堪的兒子，心頭不禁湧出無限愛憐，覺得兒子的選擇不能說最佳，但也算是條好的出路了。於是，他默默地點頭同意。
這樣，從23歲開始，李時珍就棄文從醫，繼承父業，走上了醫學的道路。
李時珍青年時代關於“腦為六神之府”的想法，經過爾後幾十年的行醫實踐的檢驗，獲得了充足論證證實。最後，寫進了他的藥學巨著《本草綱目》卷三十四·辛夷條。“腦為六神之府”說，在我國曆史上第一次明確指出腦是思維的器官，從而改變了傳統的“心之官則思”的錯誤認識。
時代為李時珍鋪了一條不平坦的道路，那艱澀的八股文扼殺了多少熱血青年。但李時珍並非凡人，他堅定不移地走上了醫藥之路，並最終實現了自己的價值。
4.苦心學醫
李時珍在他偉大的一生中，在醫藥事業領域，能獲得如此巨大成功，出於他有幸遇到了兩位恩重如山的老師。
第一位恩師是他的啟蒙老師，父親李言聞。
他的父親李言聞在當地玄妙觀坐堂行醫，醫案旁設了一個座位，是他給收為徒弟的兒子專門設下的。李言聞每當自己看病診脈後，都口授藥方，讓李時珍筆錄藥方，按方抓藥，並同時向他傳授不同方劑藥物的匹配用量情況，藥物間的協同作用，以及如何抑製藥物的毒性等等。比如每個藥方的用藥都是按“君、臣、佐、使”的配合規則。“君”藥是方劑中治療主症，起主要作用的藥物，根據需要可用一味或幾味。“臣”藥是協助主藥以加強其功效起治療作用的藥物。“佐”藥是協助主藥治療或抑製主藥的毒性和劇烈的性味，或是反佐的藥物。“使”藥是引導各藥直達疾病所在或有調和各藥的作用。一般小病，開一個處方，抓幾劑藥即可治療好。大病或重病則需有步驟地進行治療，先怎麼處方，用哪些主副藥物，病情見好後再換處方，改換用藥，到治療痊愈。
李時珍跟隨父親從開方、抓藥學起，不僅認識了許多藥，還進一步了解到藥的四氣、五味升降浮沉等特征。所謂“四氣”，就是指寒、熱、溫、涼4種藥性，藥性的寒涼和溫熱是與病症性質即熱性病症、寒性病症相對而言的。李時珍了解到：能夠治療熱性病症的藥物，屬於寒性或涼性，如黃連是寒藥，治熱病瀉痢；因陳蒿微寒，即是涼藥，治黃膽身熱。能治寒性病症的藥物，屬於熱性或溫性。如附子是熱藥，能治因大汗而陽氣衰竭、四肢寒冷等；草果是溫藥，能治因胸腹冷病而發冷較重的病疾。藥物還有辛、甘、酸、苦、鹹5種味道，辛味能散能行；甘味能補能緩；酸味能收能澀；苦味能瀉能燥；鹹味能軟堅潤下，還有淡味能滲濕利小便。藥物作用的趨勢又分升降浮沉。升是上升，降是下降，涼是發散上行，沉是瀉痢下行。升藥上行而向外，有升陽、發表、散寒等作用，沉降藥下行而向內，有升陽、降逆、收斂、清熱、滲濕、瀉下等作用。
父親還常常結合一樁樁鮮活的醫案，將治病救人的道理講給李時珍聽。兩人不多久便把李時珍因科場失利造成的煩惱忘得一幹二淨，父親仔細熱心傳授醫道，兒子認真踏實努力學習，父子倆情投意合，享受到無窮樂趣。
李言聞向李時珍講解中國醫學中辨證施治的道理：所謂“辨證”，就是綜合病人所出現的各種症狀，以及一切與疾病有關的因素加以分析，來探求病變的性質和轉機，從而了解疾病的本質，作為施治的準則。李言聞說：東漢醫學家張仲景在《內經》等古代醫學典籍的理論基礎上，運用辨證施治的醫療規律，進一步豐富和發展了治療外感病及其他雜病的醫學理論和方法。張仲景在多年臨床診斷中，總是先檢查病人的身體，觀察病人的氣色，傾聽病人的聲音，然後詢問病人的症狀，再檢查病人的脈搏，最後綜合檢查結果分析病情（即望、聞、問、切），從而得出一個陰、陽、表、裏、寒、熱、虛、實的“辨證施治”方法。
父親告誡李時珍說：“醫藥學裏的學問大得很，多得很，要成為一個受人歡迎醫術高明的醫生，除了從前人書籍中吸取營養外，還要重視積累臨床實踐和搜集民間流傳的經驗。”
也就從這時起，李時珍在父親的指導下，涉獵了大量醫書：《素問》、《靈樞》、《傷寒論》、《金匱要略》、《脈經》、《諸病源候論》、《千金方》等等。
為了幫助李時珍更好地研讀醫學著作，父親又送他到顧家拜師，親自領他去拜見第二位恩師。這位恩師姓顧，名問，字日岩。顧問18歲便中了進士，在福建當了多年大官，是全國為數不多的理學名家。顧問是蘄州人，歸隱後回到家鄉講學，在陽明、崇正兩座書院中開課授徒。由於顧問名氣很大，全國各地都有人慕名到蘄州拜他為師，已有學生數百人。