3年之後，李時珍仍由父親陪同，再次上武昌參加鄉試，這一次又以失敗告終。父親送兒子回家以後，掩飾不住失望的心情，憤憤地離家行醫去了。
6年麵壁的勞累，科舉失利的苦惱，困擾著李時珍，他病倒了。他患的是當時叫“骨蒸病”的肺結核，咳嗽不止，時而咳出血來。他全身發燒，身上火燎燎的，吃不下飯，睡不好覺。新過門的妻子吳氏急壞了，不知如何是好。李時珍找來醫書翻閱研究，自己開了藥方，吃遍了柴胡、麥門冬、荊介這些書上說能治骨蒸病的藥，誰知病情不見好轉，反而越來越重了。
幸虧這時父親行醫回來了。父親聽妻子張氏說兒子患了重病，馬上進屋探病。父親望著臉色憔悴的兒子，心裏十分難過，怪自己不該在兒子生命攸關的時刻外出，使兒子的病拖了1個多月沒有得到很好的醫治。他趕緊摸了摸兒子的脈，雖然脈息如疾雨沾沙，病蠶食葉，澀而無力，但無死相，還有希望。他忙坐下來仔細探視。李時珍看著父親為自己診病，眼睛一亮，他知道自己有救了。李時珍從小就佩服父親的醫術，他在10歲前，身體十分虛弱，全靠父親用藥調養，10歲以後身體才好起來。父親摸脈以後，詢問兒子這1個多月來吃了些什麼藥。
李時珍把自己開的藥方給父親看，父親搖了搖頭：“錯了，錯了！柴胡雖是治勞乏羸弱之藥。但勞有五勞。若勞在肝、膽、心，是必用之藥；或者，脾胃有熱；或者，陽氣下陷，柴胡也是引清氣、退熱的必用藥。但是，惟有勞在肺、腎者，不可用柴胡。你既有肺熱，又在病中新婚，腎勞而虛。此二者柴胡都是禁藥，難怪你的病勢越來越沉重。”
父親說完，立即開了一個藥方，隻有黃芩一味藥。李時珍心中好生奇怪，但也不敢多問。
說來也怪，吃了父親開的藥，第二天燒就退了，咳嗽也好了些。又喝了幾天父親開的黃芩湯，竟能下床行走，咳嗽病也痊愈了。
李時珍想起自己從小對醫藥就抱有極濃厚的興趣，父親一味黃芩治好了自己患了1個多月的沉疾，使他對父親的醫藥學佩服得五體投地。想到考場上的失利，他不由得萌發了學醫繼承祖業的念頭，但被父親斷然拒絕。父親嚴厲地告誡他：“科舉雖然兩次受挫，但不能垂頭喪氣，還要作最後的努力，你天資聰慧，再苦熬3年，一定能功成名就。”
李時珍望著父親堅定的信念，聽到那不容商量的口氣，隻得歎了一口氣，不作聲了。為了李氏家族的榮譽，為了改換門庭，他不得不收起學醫的念頭，再苦鬥3年作最後一次拚搏。
3.棄文從醫
明代嘉靖十九年（公元1540年）一個秋天月夜，在浩淼的長江上，一葉孤舟順水漂流。李時珍和父親坐在船頭，喝著悶酒。李言聞望子成龍的科舉夢又一次破滅了，他想不通兒子才華四溢、滿腹經綸，竟然不為主考看重，落得個榜上無名，第三次赴武昌應鄉試，仍然失敗而歸。
李時珍看著父親麵色憔悴、神情沮喪的樣子心裏很不好受。為了轉移父親的情緒，他把一直藏在心裏，已經思考多時的醫學問題談了出來。他對父親說：“《孟子·告於篇》上講：‘心之官則思，’《內經》上也說：‘心者，君主之官，神明出焉。’這兩部書裏都是說，心髒是主管人的思維活動的。兒仔細思考了這個問題，覺得不對。本來，《內經》上說過，‘腦為髓之海…… 髓海不足，則腦轉耳鳴，脛疫眩冒，目無所見，懈怠安臥。’按這種講法，是人腦主宰我們的視覺、聽覺和運動器官的。再往深處想，我們思考問題時，是心在想，還是動腦子想呢？讀書讀久了，是頭昏頭痛，還是心昏心痛呢？顯然這主要是前者。所以，兒以為，腦才是六神之府，思之官。”
李時珍這番獨出心裁的言論使父親頗為震動。《內經》是祖國最早的一部醫學典籍，產生於戰國和秦漢之間，它運用精氣、陰陽、五行學說，總結和闡述了中醫的基本理論，兩千年來中醫理論的發展，可以說都起源於《內經》。《內經》上提出的心是思之官，千百年來有學問的人都視為真理，醫經、儒經都這麼敘說。兒子卻敢向傳統挑戰，提出懷疑，真不簡單！李言聞並不保守，他仔細一琢磨，兒子所說何嚐沒有道理。李言聞不由得感歎：“真是有心栽花花不活，無心插柳柳成蔭。我這幾年來，天天督促兒子麵壁苦學，盡了最大努力，發奮讀書，幾乎丟了命。但是，老天不遂人意，3次應試都名落孫山。萬萬沒有想到，兒子僅憑著家族的影響，自己平時關於醫藥學有意無意隨便說說，就記在心裏，對‘心之官則思’竟動了腦筋，作了如此深刻的見解。自己行醫數十年，也曾著書立說，但對於這麼重大的醫學問題，卻從未產生疑慮，真是庸才！兒子果然聰明穎悟，才智過人，勇於探索。其實七十二行，行行出狀元，既然兒子在醫學上能夠如此鑽研，何不讓他跟著我學醫呢？別讓他像我那樣了，為了科舉白白耗費了青春，到頭來還是竹籃打水，一場空！”