3.1容器的選擇
為了保證原種的純度，便於觀察和接種，最好采用透明的專用菌種瓶，瓶口直徑為3.2～3.5cm，瓶頸高度為4cm，容量750mL。也可用500mL罐頭瓶或規格為12cm×25cm的聚丙烯塑料袋。
3.2原種汙染的原因
（1）母種本身不純汙染常常表現在接種菌塊之中或周圍，呈小批量的規模，如果此時不能及時發現，危害將進一步加大。
（2）培養基滅菌不徹底無論用常壓滅菌還是高壓滅菌，如果同一批滅菌的培養基中全部或大部分汙染，且雜菌種類多，在培養基各部位都出現雜菌，這種情況可能就是滅菌不徹底造成的。
（3）操作不規範操作不規範造成的菌種汙染，雜菌不僅在接種塊周圍，還常出現在其他料麵的表麵，呈花花點點狀，不一定集中一處，且無規律。這些操作技術包括滅菌操作、滅菌後無菌處理、接種過程無菌操作、接種後的培養條件控製等。
（4）培養環境造成汙染如果接種後汙染率低，隨著時間推移汙染率逐漸增高，這就是由培養環境造成的汙染。如培養環境過於潮濕、汙染源嚴重汙染培養室、菌瓶棉塞潮濕、菌袋破裂、蟲鼠危害等。
3.3原種培養過程中應注意的問題
（1）培養室應清掃幹淨並嚴格消毒。
（2）菌種瓶應先豎放，當菌絲萌發定植後，改為橫臥疊放。因為豎放菌種瓶，瓶塞易沉積灰塵和雜菌，瓶內的培養料中的水也易下沉，使上部幹燥下部積水，菌絲難以吃透料。橫放的菌種瓶可經常轉動，使瓶內水分分布均勻。
（3）適時檢查。開始每天查看一次，檢查菌種生長狀況和有無雜菌汙染。有雜菌要及時清理；若培養3～5d菌種未萌發，應挑出來單獨培養，一周仍不萌發，應補接菌種。當菌絲長滿料麵並深入料內1～2cm後，可改為5～7d檢查一次。
（4）注意保持和調整培養室的溫度。起初應保持菌絲生長的適宜溫度，使菌絲能盡快生長、吃料，當菌絲快長滿瓶時，要降低培養溫度2～3℃，使菌絲健壯、增強生活力。
（5）注意調節空氣、光照和濕度。要保持室內空氣新鮮（經常通風換氣），避免強光照射（應遮光），避免空氣濕度過大（可減少汙染）。
（6）做好防蟲、防鼠和防雜菌工作。
（7）菌種長滿後7～10d應及時轉接。若菌種（特別是原種）培養、保存時間過長，會使菌絲生活力下降，菌絲老化甚至形成子實體原基，還可能造成後期汙染。
4知識拓展
4.1原種生產的目的
製作原種的目的，一是為了擴大菌種量，滿足生產上的需要；二是讓菌絲對各種培養料具有適應能力，並在適應的同時產生各種酶類；三是在培養過程中還可以對菌種的生命力、純度等進行檢驗，存優棄劣。原種可以直接用於栽培，但人們目前主要用它來繁殖栽培種。
4.2原種培養基其他常用的配方
原種的基質原料可分為主要原料和輔助原料。主要原料包括闊葉樹木屑、工農業副產物、禽畜糞便、野草和樹葉等，簡稱為主料；它們富含纖維素、半纖維素和木質素等有機物，是菌絲生長的主要營養源。輔助原料在培養料中所占比例較小，但對整個培養料的營養起著重要調節與平衡作用，簡稱輔料。隨著食用菌生產的發展，用作原種培養基的配方越來越多，原料也越來越廣。
（1）玉米芯80%，麩皮14%，玉米麵2%，石灰2%，過磷酸鈣1%～1.5%，蔗糖0.5%，尿素0.5%，磷酸二氫鉀0.2%。適用於木耳、平菇、金針菇等。
（2）棉籽殼97%，石灰1%，過磷酸鈣1%～1.5%，蔗糖0.5%，尿素0.5%，磷酸二氫鉀0.2%。適用於木耳、平菇、金針菇、香菇等。
（3）木屑20%，玉米芯42%，麩皮10%，玉米麵3%，豆秸粉20%，石灰2%，過磷酸鈣1%～1.5%，蔗糖0.5%，尿素0.5%，磷酸二氫鉀0.2%。
（4）木屑78％，麩皮(或米糠)20％，石膏粉1％，蔗糖1％，料水比1∶（1.2～1.5）。適用於平菇、香菇、木耳、猴頭菌等木腐菌類。
（5）碎玉米芯80％，麩皮(或米糠)18％，石膏粉1％，過磷酸鈣1％，料水比1∶（1.2～1.5）。適用於猴頭菌、木耳、平菇、金針菇、香菇等。
（6）棉籽殼78％，麩皮20％，蔗糖1％，石膏粉1％，料水比1∶（1.2～1.5）。適用於平菇、銀耳、木耳、金針菇、猴頭菌、靈芝和滑菇等多種食用菌。
（7）幹稻草49.5％，幹牛糞49.5％，花生餅或豆餅0.17％，硫酸銨0.05％，尿素0.05％，過磷酸鈣0.5％，石灰0.1％，石膏粉0.1％，水適量。適用於蘑菇和草菇。
4.3其他原種培養基的製作方法
4.3.1木屑培養基的製作
（1）培養基的配製按配方比例稱取各物質，把過篩後的木屑、麥麩、石膏粉攪拌均勻，再用溶化的糖水拌料。配製好的培養基用手緊握時，手指間有水溢出而不下滴為宜，即含水量約為60％左右。一般1瓶或1袋菌種所需培養料幹重按0.15～0.2kg估算。