在生物性危害方麵，一些發達國家建立了以致病菌遺傳物質的分子結構為基礎的DNA指紋圖譜鑒定技術，為可靠地確定食源性疾病患者排泄物中所分離的細菌與可疑中毒食品中分離的細菌的同源性提供了重要的手段。而且這些檢測技術也為開展食源性致病菌的定量危險性評價提供了必不可少的技術支撐，成為控製微生物食源性危害的重要手段。美國已在全國範圍內建立了細菌分子分型國家電子網絡，並已成功地應用於導致沙門氏菌食物中毒暴發的食品的溯源及控製。而基於PCR的快速檢測技術，特別是基因芯片的高通量能力可以從眾多腸道致病菌或致瀉性病毒與寄生蟲中篩檢病原並達到可溯源的能力。
三、有危害物質的監測
在食品安全性評價的過程中，有關危害物監測研究資料對危害物的確定、危害程度的判斷均具有重要的參考作用。因此，建立對危害物質進行監測、溯源和預警體係，既能有效掌握和控製危害物質對人體健康的危害，還能積累數據，作為危險性評估的重要資料。
1.食源性疾病與危害的監測
對食源性疾病采用設置的哨點（Sentinel point）進行監測，以及在發生食源性疾病後，對病原菌的攝入量與健康效應進行劑量-反應關係的分析，是進行危險性評估、掌握食源性疾病的變化趨勢和製定食源性疾病控製對策的重要依據。目前，美國疾病預防控製中心（CDC）的主動監測網絡在改善食源性疾病的漏報率方麵已取得顯著成績。一些西方發達國家已開展了禽、肉製品中沙門氏菌以及乳製品中李斯特氏菌的定量危險性評價。
2.食品中化學汙染物的監測
早在1970年，世界衛生組織（WHO）就與聯合國環境保護署（UNEP）和聯合國糧農組織（FAO）聯合發起全球環境監測規劃/食品汙染監測與評估項目（GEMS/Food），並與相關國際組織製定了龐大的汙染物監測項目與分析質量保證體係（AQA），其主要目的是監測全球食品中主要汙染物的汙染水平及其變化趨勢。如此，不但可了解食品中化學汙染物的基本情況，還可為優先控製汙染物並追蹤其變化趨勢、進行食品安全性評價提供可靠依據。目前一些發達國家都有比較固定的監測網絡和比較齊全的汙染物與食品監測數據。如美國有近20多年的動物性食品中農藥（如DDT等）的殘留量資料。我國雖是GEMS/Food計劃的參加國，隻在一些重要汙染物（重金屬、農藥、獸藥、真菌毒素等）方麵開展了一些零星的檢測工作，缺乏係統的監測數據。這不但影響我國食品中汙染物標準製定的科學性，而且無法在CAC製定過程中積極參與和保護本國利益。如目前CAC正在討論水產品中鉛的限量標準，而我國的有限數據大多數還停留在20世紀80～90年代的水平，因此在討論中發言權很少。此外，二英、氯丙醇和伏馬菌毒素等限量標準，CAC已開始討論，而我國至今還不清楚，迫切需要監測數據。
3.對食源性危害物進行人群接觸評估
開展監測研究的重要目的之一是為了對各種消費者人群進行危害物接觸評估，以得出危險性評價的最終結果。國際上成熟的經驗是首先要知道平均每人每天某些危害的膳食攝入量，即所謂“外接觸”；接著要知道在機體內的負荷（如血、尿中鉛的濃度、二英的濃度等），即所謂的“內接觸”。鑒於當前所關注的主要化學性危害均係低劑量和長時間接觸，要以臨床指標評價健康效應是不現實的。因此，必須采用生物學標誌物進行評估。生物學標誌物包括接觸性和效應性。接觸性標誌物可以反映某些危害的攝入水平，如尿中黃曲黴毒素與DNA的結合物，氯丙醇的代謝產物巰基尿酸和氯乳酸等；效應性標誌物可以反映機體生理功能的損傷，如鎘導致尿中β2-微球蛋白的出現，伏馬菌素引起神經鞘氨醇的改變，二英和氯丙醇引起男性精子動力學的變化。這些數據為評價食源性危害的危險性提供十分寶貴的依據。如果外接觸指標不超過FAO/WHO提出的安全攝入量水平（ADI），或暫定每周允許攝入量（PTWI），內接觸不超過正常值，生物學標誌物不顯著高於非接觸人群，則可以相當有把握地認為此攝入量是安全的；反之，則是不安全的，需要采取控製措施。這套評估技術是一些發達國家近20年來工作經驗的總結，並已納入FAO/WHO和WTO/CAC的諸多文件，同時，這也是製定食品安全標準和仲裁貿易糾紛的重要手段和依據。