（一）氣相色譜技術
氣相色譜技術在微生物檢驗中，主要用於分類、鑒定和快速診斷。
1.細菌分類
利用熱解氣相色譜法對分枝杆菌進行分類，發現分枝杆菌屬中各菌種均具有獨特的熱解物指紋圖形，從而成功地對分枝杆菌作出了準確分類。
2.細菌的鑒定
可通過氣相色譜技術測定細菌的代謝產物從而鑒定細菌，如類杆菌科中的梭杆菌屬細菌會產生丁酸而不產生異丁酸和異戊酸，而類杆菌屬細菌不產生丁酸或產生丁酸的同時又產生異丁酸和異戊酸，通過測定這種代謝產物的差異可以予以鑒別。
3.傳染病的快速診斷
各種病原微生物可生成各自獨特的化合物或代謝產物，即使極為微量都可在色譜圖上顯示出來。氣相色譜法可以檢出體液、組織或離體培養物中與病原微生物特征性代謝活性有關的某些微小的化學變化，因此，氣相色譜技術可對臨床標本進行直接檢查，從而對傳染病做出快速診斷。
（二）微量生物化學反應係統
目前已有多種微量生化反應係統，它們一般由10～24項生化指標組合而成，通過對各項指標的試驗結果進行分析判斷，得出是否存在某種或某類微生物，這種係統常與計算機聯合使用，從而使檢測更迅速、更簡便。
（三）放射測量法
放射測量法的原理是根據細菌在生長繁殖過程中，可利用培養基中加有14C標記的碳水化合物或鹽類而代謝產生14CO2，然後通過放射測量儀測量14CO2含量的增加與否，來確定標本中有無細菌的存在及細菌數量的多少，檢測時間隨接種量、繁殖率和代謝類型而變化，但仍比常規方法要快，一般隻需6～18h。
（四）酶活力分析法
不同的微生物所含酶的種類和活力不同，據此用連續流動法把某菌懸液注入酶自動分析儀，在1h內測出各種酶活力數據，並自動繪成活力曲線。可用於微生物定性分析，該儀器一般能測出某種細菌18種酶的活力。
（五）免疫學標記技術
用熒光素標記已知抗體(或抗原)，與特異抗原(或抗體)結合後產生熒光。Munron(1976年)用自動熒光抗體係統檢測食品中的沙門氏菌，每小時能檢測120個玻片檢樣，與常規試驗比較，準確率達96%。
熒光抗體(或抗原)與被檢物，如特異結合，反應顯色，結果陽性。Kiyrinrki和Heimrch(1977年)用熒光抗體係統檢測食品中的沙門氏菌。該係統中有一個直徑47mm的薄膜濾器，在濾器上可同時檢測14個樣品。Saunders和Bartlett(1977年)用夾心抗體固態熒光免疫分析技術，在1～3h內檢出3.2μg的細菌毒素，20h內檢出0.4μg的細菌毒素。
（六）電阻抗技術
當微生物的生長和代謝活性旺盛時，培養基中的物質成分發生變化，常常使培養基的電導性明顯增大，培養物的電阻抗降低。單位時間內阻抗值的改變與培養基中含菌量成正比。由於不同的微生物在培養基中的代謝能力不同，故可利用電阻抗測量法對其進行鑒定，據此已製造出細菌計數儀。當細菌數在104以上時，計數準確率(與平皿菌落計數比較)達93%以上。
（七）微量熱量測定法
利用微生物在代謝過程中會產熱，用熱譜儀可測出各種微生物的特征性熱譜圖。據此可對細菌進行定性、定量分析。此法與平板菌落計數有很高的相關性。
（八）噬菌體法
利用噬菌體對細菌的專性寄生作用可鑒定細菌。