總的來說，對於轉基因食品在人體健康方麵的潛在危害，目前主要集中在以下幾個方麵。
（1）轉基因食品可能引起人體過敏反應：轉基因植物引入了外源性目的基因後，會產生新的蛋白質，使部分個體可能很難或無法適應而誘發過敏症。如轉基因玉米和RR轉基因大豆（商品名為roundup ready soybean，簡稱RR大豆）導致過敏症發生的頻率增高。
（2）抗生素標記基因可能使感染人類的細菌產生抗藥性：抗生素標記基因在商業轉基因植物中大量使用。人類食用了這些轉基因食品後，食品在體內將抗藥性基因傳給致病性細菌，從而使病菌產生抗藥性，使抗生素失效。如氨基丁卡黴素是國際醫藥界儲備的應急“救危”藥物。目前有些轉基因植物的抗生素標記基因是卡那黴素抗性基因，一旦在環境中釋放，該基因就有可能產生突變，出現氨基丁卡黴素抗性（目前認為這種可能性較小）。一旦體內的細菌獲得了氨基丁卡黴素抗性，這種應急“救危”藥物還沒有被啟用就已經失效。
（3）轉基因食品營養成分的改變：轉基因食品中的外源性基因可能會改變食物的成分，包括營養成分構成和抗營養因子的變化。如抗除草劑轉基因大豆中具有防癌功能的異黃酮成分較傳統大豆減少了14％；轉基因油菜中類胡蘿卜素、維生素E、葉綠素均發生變化。這些變化會導致食品營養價值降低，人體營養結構失衡，影響機體的健康。
（4）轉基因食品的毒性作用：由於目前的轉基因技術不能完全有效地控製轉基因後的結果，如果轉入的基因發生突變則可能產生有毒物質，或者使食品中原有的毒素含量增加，產生毒性作用，甚至產生或增加“三致”毒性。例如馬鈴薯中的毒性物質脫氧甘油堿的含量變化就完全取決於插入外源性基因的類型。轉基因食品這種無法預期的後果使消費者更加擔心。
5、各國對轉基因食品的態度
基因工程技術是一柄雙刃劍，在為人類生活和社會進步帶來巨大利益的同時，也可能對人類健康和環境安全造成負麵的影響。安全性評價可以利用科學係統的方法和技術，發現轉基因生物及其產品潛在的安全性問題，反過來又指導在研發、生產、消費和管理過程中采用適當的措施消除或降低危害性，保證以較小的代價，贏取最大的利益。
同時，基因工程技術實現了任何物種間基因的無障礙轉移。大量的異源基因介人生物體及轉基因生物介人自然界的速度超過了自然進化速度的千百萬倍。其帶來的危險，或者風險將會是長期的，很多影響需要足夠的應用時間和空間才能顯現出來。因此，轉基因食品的安全性評價必須充分認識和針對基因工程技術的這一顯著特點。
人類曆史上任何一項新技術，包括在現在看來已經相當成熟的技術，在其產生的初期都會產生正負兩方麵的效應。人類借助於有效的安全性評價，不斷發現和消除其存在的安全性問題，趨利避害，從而促進了新技術的不斷完善和發展，使之造福人類。
正因為如此，各國對轉基因食品的態度也不盡相同。
美國是世界上最大的轉基因食品生產和出口國，每年都從轉基因食品賺回巨額的外彙。20多年來，美國轉基因作物的種植麵積迅速擴大。1996年美國轉基因大豆種植麵積為50萬公頃，到1999年已達1500萬公頃，占美國大豆總種植麵積的50％。轉基因玉米播種麵積從1996年的16萬公頃增加到2000年的1030萬公頃，占全球轉基因玉米種植麵積的93％。美國勢必要這樣大麵積的種植轉基因作物尋找銷售市場特別是國際市場。為此，也就形成了以美國為代表的支持派。2006年12月23日美國食品和藥物管理局（FDA）宣布：人們可以放心地食用克隆家畜的肉奶產品，商家不用在轉基因食品上加貼特別的標簽。消息一經傳出，再次引起人們對轉基因食品安全的關注。由於轉基因大豆在我國國內油料市場占有舉足輕重的地位，由此也引發了中國消費者對食用轉基因大豆油安全性的擔憂。
但是，對發展中國家來說，轉基因食品不是奢侈品，而是一個生存問題，認為利用轉基因技術發展農業將成為解決吃飯問題的重要出路之一。為此，這些國家的選擇態度是“無奈接受”。除中國外，阿根廷、巴西、埃及和印度等，都是轉基因作物的主要種植國。中國公眾對轉基因產品的認識比較模糊，多數人不知道轉基因食品為何物。廣州市統計局2001年做的一次調查表明：大部分被訪問者對轉基因食品認識不多，有3成的人認為轉基因食品可能有副作用，超過7成的被訪問者認為應該對轉基因技術和轉基因食品立法做出相應規範。
在歐盟等地區，環境保護主義者和消費團體等組織是轉基因食品的堅決反對者。他們認為某些轉基因作物雖然個頭大，顏色豔，但缺少了原汁原味。更有甚者，他們擔心轉基因食品有可能含有毒素而不利於人體健康，長期使用會誘發癌症等致命的疾病。他們還組織大規模反對轉基因的抗議和遊行，采取各種措施阻止轉基因食品的研究和開發，例如破壞轉基因作物的實驗室和試驗田；號召消費者不要購買轉基因食品。政府更是謹慎有加，主張對轉基因產品采取”預防原則”的管理辦法。歐洲消費群也依然執著於天然綠色食品，調查顯示，70％的歐洲人不想吃轉基因食品。所以，也就形成了以歐盟為代表的反對派。
6、轉基因食品的未來
據諾貝爾獎獲得者Norman Borlang推測，2025年全球人口將達到80億。屆時要想滿足全球的糧食需求，糧食產量就必須比1990年增長80％。由於資源的限製，增加的產量隻能依靠提高作物的單產來實現。
目前，轉基因農作物發展十分迅速，全世界播種麵積已經達到4000萬公頃，轉基因食品無論在數量上還是在品種上都已具備了相當的規模。
在美國，超過60％的加工食品含有轉基因成分。
英國的報告顯示，該國超過七千種的嬰兒食品、巧克力、冷凍甜品、麵包、人造奶油、香腸、肉類產品和代肉食品等日常必須品，都可能含有經過基因改造的大豆副產品。
應該說，轉基因作物的研製還是有著誘人的前景的。轉基因作物無論是在產量、品質還是抗逆能力等方麵都有顯著的優勢。
據聯合國估計，全球有八億五千六百萬人在遭受饑餓的折磨，換言之，世界上每六個人中就有一個缺糧。轉基因技術能夠培育出具有優良性狀的農作物，大大增加糧食產量，從而使這種狀況得到根本緩解。另外，過量施用農藥和化肥帶來的後遺症日漸突出，而且它們造成的汙染用傳統的手段很難治理，這也是一個令各國都非常頭疼的問題。如果利用轉基因技術培育出抗病、抗蟲害的農作物，這一難題就有了解決的希望。
在這場紛紛擾擾的爭論中，轉基因食品的發展前景似乎變得更加撲朔迷離，其實這也並不是轉基因食品才獨有的現象。回顧曆史上技術產品的形成和發展過程，不難發現，任何技術產品的形成與發展方向都不可避免地要受到社會因素的影響。社會需求引導了它的出現，它在社會生產、生活中的應用推動了它的發展，不同社會群體之間相互爭論與“磋商”的結果決定了它的演變方向，這一過程並不是事先可以預測的。隨著科學技術的發展，科學技術越來越明顯地成為社會大係統的有機組成部分，它與整個社會大係統及其子係統之間的複雜聯係與相互作用也變得越來越突出。
正如袁隆平院士所言，無論如何，零風險是不存在的，也沒有什麼絕對安全。但是，因噎廢食，無所作為，才是最大的風險。
民以食為天，我們這樣的一個13億人的國家，不久將變成14、15、16億，而國家的土地卻不會再增加，按目前的發展水平，人口壓力越大，農業供給的壓力越大，因此，人要吃飯，隻能依靠進口糧食。一旦依靠進口，中國便喪失了糧食安全上的主動立場。所以，發展轉基因食品在必須從對人體健康的影響、對生態係統的影響以及對各國政治和經濟關係的影響等方麵辯證、綜合考慮，進行全麵、細致的分析和慎重、客觀的評價。同時，應確立相應的政策製度，並實施必要的管理舉措，以確保轉基因食品的安全，使轉基因技術在發展的同時能進一步為人類造福。