真正對士氣產生根本性摧殘的事情是明中葉以後兩件大事：嘉靖朝嚴嵩當權殺直諫大臣，天啟朝魏忠賢當權殺東林黨人。此後雖有複社上接東林、匡正士風的努力，但一切來得太晚，真正能顯達的總是那些無恥的文人，明朝士林演化成嚴重的逆淘汰生態。
先說嚴嵩殺諫臣。嚴嵩父子當權時，楊繼盛上書劾嚴嵩“十大罪”，被定為死罪，行刑的那天，圍觀民眾皆流淚為之送行。高陽為此評論道：“明朝殺諫臣，自此而始；反激排蕩，致使言路趨於偏激，由意氣而戾氣，國亡始息。說嚴嵩是明朝第一罪臣，亦不為過。然而此養奸純出於世宗的姑息，世有亡國之君，乃有亡國之臣，於此又得一明證。”
魏忠賢誅殺東林黨人是明史上對士大夫最大的一次圍剿，為首的是魏公公，但依附他而報私仇的文臣也不少，東林黨人在政治鬥爭的技術層麵幾乎是不合格的，純粹靠一股浩然正氣支撐，而閹黨控製了皇帝，又掌握了能隨便把人處死的東廠和錦衣衛。東林黨諸君子被拷掠的慘狀，可說是空前絕後。東林黨被滅後，士大夫正氣幾乎蕩然無存。死在北鎮撫司獄的東林黨人之一黃尊素，他的兒子，就是那位明末有名的思想家黃宗羲，對君權提出質疑，對一家一姓的王朝不複有父輩的愚忠，他們對異族入侵、文化毀滅感到痛心，但對朱家皇朝的完蛋並不痛惜。這不能說沒有父輩遭遇帶給他的教訓。
這樣有計劃既“殺儒”又“辱儒”的王朝，哪怕把理學的地位抬得再高，讓讀書人念再多的孔孟聖賢之說，也隻能培養一大批善於講假話、作秀的文人。一個國家到了知識層無恥的地步，那就沒救了，最後隻能是“桃花扇底送南朝”，讀書人的氣節還不如妓女。
而宋代和明代相比，則是相當尊重文人的。陳寅恪說：“歐陽永叔少學韓昌黎之文，晚撰五代史記，作義兒馮道諸傳，貶斥勢利，尊崇氣節，遂一匡五代之澆漓，返之淳正。故天水一朝之文化，竟為我民族遺留之瑰寶，孰謂空文於治道學術無裨益耶？”宋代的開國皇帝趙匡胤和明代的開國皇帝朱元璋正相反，朱元璋是想方設法來打擊文人的氣節，而趙匡胤則是想方設法來贏得文人的心，甚至給後世繼位者立下具有憲法權威性的遺詔，規定不能以言論來殺文人。宋代養士三百多年，盡管王朝武力一直很弱，但文人多半能和朝廷同心同德，共撐危局。
再說崇禎皇帝的個人原因。
崇禎接手的是一個病入膏肓、危機四伏的王朝，對於這樣一個幾乎是絕症的“病人”，首先是應該慢慢地調養，先維持生命，再如抽絲般一點點減輕病情，或許大明帝國還能延續幾年，可感覺到時不我待的崇禎，想用霹靂手段救帝國於沉屙之中，反而欲速不達，加速了王朝的滅亡。
崇禎的性格和清朝的雍正頗相似，勤於政事而人不夠通達，對臣下過於苛刻。如果崇禎和雍正一樣，繼承的江山是康熙那樣留下來的全盛帝國，他未必不是一個有為之君。一個人身體健壯抵抗力強時，對體內一些毛病可以放手去治甚至下猛藥也無妨，而對奄奄一息的人救治方案得格外謹慎。崇禎麵臨的不是雍正那樣沒有根本危機的帝國，但也采取和後來雍正一樣的剛猛之法，是他執政的失誤。
一位號鎖綠山人的明朝遺民在《明亡述略》中評價崇禎，“莊烈帝勇於求治，自異此前亡國之君。然承神宗、熹宗之失德，又好自用，無知人之識。君子修身齊家，宜防好惡之癖，而況平天下乎？雖當時無流賊之蹂躪海內，而明之亡也決矣”。這番話很有道理。崇禎剛即位能清除閹黨，很有一番勵精圖治的樣子，天下人對他寄予中興大明的厚望。可到後來覺得外臣不可用，又重用太監，如開門投敵的曹化淳。經過他父親、哥哥的那些年折騰，有能力而又正派的文臣剩下不多，又因為他的剛愎、多疑搞掉不少，如文震孟去職，袁崇煥被冤殺，盧象昇孤立無援戰死疆場，重用的都是溫體仁、楊嗣昌這類治國禦敵沒本事、搞權爭卻手段高明的大臣。遠因和近因交雜在一起，明亡則是再正常不過的事情。
孟子說過：“域民不以封疆之界”，宋代的皇帝即使逃離到海上，還有那麼多人跟隨保衛。而明代李自成陷北京時，大半河山還姓朱，可皇帝身邊隻剩下個太監了。崇禎帝自殺時身旁沒有陸秀夫，這是他的那些老祖宗造的孽，是朱元璋等人讓文人變成奴才的報應。——反正做了奴才，那就做三姓家奴吧，主子姓朱還是姓李甚至姓愛新覺羅有什麼區別呢？