官僚隊伍之中黨派林立，門戶之爭日甚一日，互相傾軋，東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨，名目眾多。在東林黨爭無休無止之時，由於鄭貴妃之子福王常洵堅持其王府莊田“務足四萬頃之數”，才肯出京之國，於是在朝廷又掀起了一場長達七八年之久的福王莊田之爭。
福王之國洛陽剛剛過了一年，萬曆四十三年五月初四日酉時，發生了一起令人匪夷所思的闖宮大案。作案的是一個名叫張差的薊州男子，居然通過了重重宮禁，持棍闖入太子居所慈慶宮，打傷了守門太監，驚嚇皇太子常洛，但被及時趕到的太子內侍韓本用當場抓捕。事發後，案件進入審理，卻因陷入複雜的政治漩渦鬥爭而如墮迷霧。起初，皇太子也以為“必有主使”，朝野宣沸，矛頭指向皇位爭奪者鄭貴妃。鄭貴妃一再指天發誓，自明無他。皇帝見事涉鄭氏，加上多年來人們一直議論他不善待皇太子，感到事情重大，怕火燒自己，很快就親自定張差為“瘋癲奸徒”，並命“毋得株連無辜，致傷天和”，隻處決張差及與之有關的太監龐保、劉成二人。並特地為此於同月二十八日，一反常態且二十五年來第一次召見大臣，宣布他的命令，將此案草草收場。之後人們將這起迷案稱之為“梃擊案”。
萬曆四十六年，域外大金天命三年，努爾哈赤以大明偏袒葉赫部為契機，頒布“七大恨”，公然起兵反明。次年，萬曆四十七年三月，天命四年，薩爾滸戰役爆發。楊鎬率領的明軍分四路大軍圍剿女真，卻因情報泄露，被努爾哈赤“憑爾幾路來，我隻一路去”，各個擊破，四路大軍三路全軍覆沒，慘敗內撤。撫順關外，滿眼望去盡是明軍的屍山血海。經此一役，明軍再無平滅女真之力。
自四十六年九月起，朝廷先後三次下令向全國征繳田賦，稱之為“遼餉”。又因盜匪四起，叛軍叢生，征繳“剿餉”“練餉”，合稱為“三大餉”。繁重的賦稅壓得老百姓喘不過氣來，民怨沸騰，各路反叛軍、起義軍連番揭竿而起，壓下葫蘆浮起瓢。老皇帝鬱鬱寡歡，愁眉不展。
萬曆四十八年三月，在位四十八年的皇帝一病不起，七月二十一日崩卒。皇太子常洛繼位，改年號泰昌。十日後，剛繼位的新皇一病不起，鴻臚寺丞李可灼獻紅丸，自稱仙丹。皇帝服下，氣色好轉。然而三日後，皇帝因服下一枚並非禦醫敬獻的紅丸，大瀉而暴卒。朝廷因此追查此事，東林黨借機伐異，牽連起國本之爭與當年的梃擊案，方從哲、李可灼、崔文升等一眾重臣成為眾矢之的，整個朝野甚囂塵上。此案稱“紅丸案”，真相同樣湮滅在無休無止的黨爭之中。
就在這亂糟糟的年份裏，泰昌帝長子由校繼位，改年號天啟。與此同時，泰昌帝生前寵愛的李選侍妄圖控製新帝鞏固自己的地位，禦史左光鬥、給事中楊漣等倡言移宮，幾經衝突、爭執，又引發強烈的黨爭，眾多官員被牽涉其中。最後李氏被迫移居仁壽殿，此案稱“移宮案”。
三大案，使得“黨同伐異”成為了整個朝野的風氣，黨爭已成大氣候。在這樣的局勢下，年僅十六歲的天啟皇帝，一登基就做出一連串令人費解卻又在情理之中的表現。他封其乳母客氏為奉聖夫人，又縱容客氏的姘頭、內監魏忠賢幹政。這魏忠賢，就是當年孟曠等人幾經查找卻不曾查到的那個蠱惑趙家老仆之子騙到孟家秘密出賣的家夥。他原姓魏，自宮後改名李進忠，攀附上了天啟帝的乳母客氏，自此成勢。出人頭地後又把姓改回了魏，得了賜名“忠賢”，簡直是莫大的諷刺。為了打壓不斷壯大的東林黨，天啟帝縱容魏忠賢建立閹黨，與之抗衡，試圖平衡東林黨勢力。而他自己，卻躲在後宮，終日裏沉迷於做木匠活計。