乾隆又把滿朝文武召集起來，說：“大金川之役雖然失利，但事已至此，斷無放棄之道理，莎羅奔雖然剽悍，大金川雖然險要，但怎抵得朕八旗兵弁。朕認為隻要加緊對大金川之進攻，撲滅金川蠻夷，割取莎羅奔首級便是指日可待！”
乾隆封溫福為大將軍，統領滿洲勁旅，馳赴川西軍營，會合雲南兵馬，再次進剿大金川。為了徹底消滅雲貴叛逆，乾隆又親自草擬一份詔令，將京中的健銳，火器二營調往雲南，再次抽調吉林、黑龍江等各省兵力以補充雲南前線。這次任命阿桂為定邊將軍，色布騰巴爾珠爾為參讚大臣，繼續兵分三路，進攻大金川。
九月，乾隆帝弘曆聞奏，張廣泗因作戰不力，屢戰屢敗且損兵折將，張廣泗被乾隆一紙調令押回京城斬首了。改授大學士傅恒為經略。十二月，傅恒赴任，誅良爾吉，增調鄰省精兵3.5萬。乾隆十四年初，傅恒采用嶽鍾琪為將軍，攻打大金川。
嶽鍾琪為雍正時名將，善於用兵，治軍嚴厲。每次登壇發令，手下將弁都緊張不已。臨陣時與士兵同甘共苦，士卒甘為效命。一次，他經過大將軍博爾丹大帳，看見帳內掛滿刀戟。博爾丹得意地說：“這是我平素所習練的兵器，故懸掛在此激勵眾人”。嶽鍾琪出門後對人說：“為大將軍者，不恃謀而恃勇，離滅亡也就不遠了。”後傅爾丹果敗。
傅恒提出“恃強淩弱以眾欺寡，緩進重壓以補地利”的金川之役方略，嶽鍾琪也連聲稱讚。布置封鎖金川糧道，鹽道，藥品，以及莎羅奔西逃上下瞻對，北逃青海南逃兩廣流亡的堵路事宜，還有需用兵餉、軍資輜重、撫恤陣亡將士家屬、醫治傷兵諸事，都一一安排定。
傅恒當夜在漢陽點起三千中軍，兆惠與海蘭察各帶兩千左右翼軍，分別在黃鶴樓旁渡口下艦準備起航。燈燭火把中傅恒與兆惠海蘭察一揖而別。艦上十門大炮“轟”地一聲齊鳴響，但覺腳底一動，戰艦各分序列，已經墨龍一般溯江西進。分兵兩路：北路出黨壩（今金川縣北）、瀘河（大金川別名），水陸並進；南路自甲索攻馬牙岡、乃當兩溝，避堅就隙，直逼大金川官寨，清軍連克碉卡，軍聲大振。
嶽鍾琪兵至勒烏圍，乘莎羅奔恐懼，親率13騎入營勸降成功。遂赦免莎羅奔父子，仍命其為土司。第一次金川之戰遂告結束。
3 “十全”武功一——金川之戰艱難取勝
乾隆一直把金川之戰的勝利歸結到他的十全武功之中，事實上這是他好大喜功的心理在作祟，金川之戰的勝利對於乾隆王朝來說實際的意義在哪裏？
乾隆三十一年，大金川再次叛亂，郎卡繼莎羅奔主持土司事務，日益恣肆，攻掠小金川及革布什咱土司，並拒絕四川總督的調解。為控製各土司，郎卡遂與綽斯甲布土司官和小金川澤旺之子僧格桑結成三部聯姻。不久之後，郎卡病死，其子索諾木與僧格桑結好益堅。
乾隆三十六年，索諾木誘殺革布什咱土司官，僧格桑再攻鄂克什和明正土司。四川總督阿爾泰奉命率軍進擊，在打箭爐（今康定縣）半載按兵不進，被治死罪。清廷命大學士溫福為定邊右副將軍，由雲南赴四川督師，以尚書桂林為四川總督，再度率兵征戰。
溫福由汶川出西路，桂林由打箭爐出南路，夾攻小金川。時僧格桑割地向索諾木求援，索諾木遣兵相救。清軍初戰順利，連奪關隘。三十七年五月，桂林遣部將薛琮領兵3，000，攜五日糧，進入墨壟溝（今小金縣西南），被土司兵截斷後路。桂林聞警不救，致全軍覆沒。
清廷罷桂林職，授阿桂為參讚大臣，率軍深入，直達小金川河南，以皮船宵渡，連奪險隘，直搗大營。十二月，清軍抵美諾，僧格桑見情況不妙，輾轉入大金川與索諾木合兵。清軍至底木達，澤旺降，小金川平。乾隆帝命溫福為定邊將軍，阿桂、豐伸額為副將軍，合兵攻大金川，遭索諾木頑強抵抗。溫福又襲用以碉逼碉的戰法，建築碉卡數以千計，將2萬餘兵四處分散，與索諾木對峙。三十八年夏，溫福以敵人地勢危險為由，屯兵於大金川東之木果木。索諾木指使小金頭人及諸土司集兵數千，乘機攻陷清軍提督董天弼的底木達營地，切斷清軍糧運，突襲木果木，奪占炮台，四麵突入，擊敗清兵萬餘。溫福中槍死，各碉卡守兵望風逃散，提督馬全、牛三畀戰死，兵士陣歿3，000餘人，小金川得而複失。
乾隆帝一聽這樣情況，急得眼睛都紅了，命阿桂為定西將軍，明亮、豐伸額為副將軍，舒常為參讚大臣，征調健銳、火器營2，000人、吉林索倫兵2，000參戰。十月，阿桂統領各地兵數萬，以三路分進合擊小金川：自率主力為西路，攻美諾；明亮為南路，攻美諾西翼門戶僧格宗；豐伸額為西北路，攻宜喜（今金川縣西北），牽製大金川。阿桂督軍轉戰五晝夜，直抵美諾，各路也所向克捷，至十一月初，再次降服小金川。諸將移師進討大金川。大金川多年增碉築壘，防守嚴密。阿桂分兵三路，自率一部自小金川攻其東；豐伸額、明亮先後督兵自黨壩渡大金川上遊攻其西北；領隊大臣富德督兵渡大金川下遊攻其西南。三十九年正月至七月，阿桂又命部將海蘭察率兵5，000，與領隊大臣福康安合兵，分路進擊，屢克要寨，直逼勒烏圍屏障遜克宗壘。索諾木震懾，遂鴆殺僧格桑，獻屍乞赦，被阿桂拒絕。清軍捷報頻傳。