六世達賴倉央嘉措是一位才華出眾、聰明穎悟的詩人，但卻算不上虔誠的佛教徒。藏文史料記載他.“身穿綢緞衣衫，手戴戒指，頭蓄長發，終日醉心於歌舞遊宴。倉央嘉措厭倦布達拉宮裏的清教徒生活，一心追求放蕩、自由的愛情。他甚至捧著僧帽僧服，跪在劄什倫布寺外麵，請求他的師父五世斑禪羅桑益喜讓他還俗入世。倉央嘉措這種驚世駭俗的舉動，給和碩特部拉藏汗造成口實，拉藏汗報告康熙皇帝，斷定新達賴不是真正五世達賴轉世，否定他的合法性。拉藏汗還在民間散布流言，說第巴桑結是五世達賴的私生子，借此打擊桑結在西藏的威望。兩人的仇恨愈結愈深，終於在康熙四十四年爆發了一場軍事衝突，結果第巴桑結被迫退位。康熙四十四年，雙方再度發生戰爭，桑結手下十三萬藏兵被蒙古和碩特騎兵打敗，桑結遇害。殺死桑結的才旺甲茂是拉藏汗的妻子，桑結舊日的情人。
蒙古和碩特部拉藏汗再次控製整個西藏，康熙本來就傾向拉藏汗，於是嘉獎了他。康熙命令將六世達賴倉央嘉措解往北京聽候處置。康熙四十五年五月，倉央嘉措在拉薩成千上萬僧俗百姓依依不舍的相送下，離開了西藏，在途經青海湖畔時，這位年僅二十四歲的西藏傑出的詩人，終於被拉藏汗手下的人殺害了。不過，關於他的死，在西藏流傳著許多種不同的說法。
西藏在和碩特部重新控製下的時間並不太長，因為蒙古準噶爾部策旺阿拉布坦一直窺伺著這塊土地。為了籠絡拉藏汗，策旺阿拉布坦娶了拉藏汗的姐姐為妻，又招了拉藏汗的兒子丹衷為婿。然而，康熙五十五年冬天，策旺阿拉布坦出其不意，命令他的弟弟大策淩敦多布，領著精兵六千，翻過聞南雪山，到達西藏。準噶爾的騎兵部隊攻占了拉薩，包圍了布達拉宮，殺死了拉藏汗夫妻。
策旺阿拉布坦給西藏人民帶來了災難，同時，對清王朝也構成嚴重的威脅，眼看西部邊陲分裂割據的烽火再次騰起。康熙這時已經年過花甲，親征和出巡都是可望而不可及的事情了，然而他認識到事態的嚴重。康熙五十六年，康熙任命富寧安為西討靖逆將軍，從新疆巴裏坤進攻烏魯木齊，動搖策旺阿拉布坦的後方。康熙五十七年，康熙詔令西安將軍額倫特、侍衛色倫，從青海西寧出兵西藏。但是，兩次都被打敗了。
兩次敗北，給晚年的康熙打擊很大。朝廷中有人提出退兵西藏的主張。康熙雖然已經進入老暮之年，但勵精圖治的精神並沒有減退。為了維護國家統一，安定西藏地方，康熙五十七年，康熙任命皇十四子允禵為撫遠大將軍，駐軍西寧，統帥西北諸軍，待命進藏平叛。同時提升年羹堯為四川總督，駐軍成都，以備接應。準備就緒以後，康熙五十九年，康熙發布命令：著派川軍護軍統帥噶爾弼，自打箭爐出兵，由四川進攻西藏；著派西寧清軍都統延信，自西寧出兵，由青海進攻西藏，兩軍迅速合圍夾擊大策淩敦多布統領的蒙古騎卒。川軍中一位年輕的漢族將領嶽鍾琪，在戰鬥中表現得十分英勇頑強，他率領不多的綠營兵，從打箭爐打到巴塘，又從巴塘進兵察木多，最後直抵拉薩，大策淩敦多布喪魂失魄，率領殘軍從原道逃回伊犁，西藏重新控製在清軍手中。
康熙五十九年九月十五日，清軍都統延信遵照康熙旨意，代表清朝中央政府，在拉薩布達拉宮主持七世達賴的坐床大典，冊封其為“宏法覺眾第七世達賴喇嘛”。
七世達賴坐床這天，拉薩風和日麗，象征著西藏社會秩序又暫時獲得了安寧。
五 雅克薩戰爭
1 先禮後兵——康熙的和平努力失敗
康熙皇帝文韜武略令人稱奇，在捍衛民族尊嚴領土完整上毫不含糊，中俄領土之爭他堅持先禮後兵，那麼他和平解決爭端的努力又因何失敗呢？
中俄領土之爭由來已久，康熙親政後，繼續執行中國政府的一貫政策，主張通過外交途徑，和平解決沙俄侵略中國的問題。以康熙為首的清朝政府，曾責成駐防腦溫江（嫩江）一帶的中國官員孟額德（達斡爾族）代表中國政府同俄方進行多次接觸，表示中國政府和平解決的誠意。康熙八年十二月十日和康熙九年四月十五日，孟額德先後兩次派遣其屬下官員沙蘭載到尼布楚同俄方商談。沙蘭載第二次去尼布楚時，帶去以康熙名義寫給占據尼布楚的俄國頭目阿爾申斯基的正式谘文。要求俄國當局停止對中國的侵略活動，將叛國分子根特木爾人引渡給中國，並表示“倘貴國有何言詞通知我國，可派使臣前來與朕麵談。”康熙還直接派遣孟額德到尼布楚，帶去康熙在康熙九年六月二十九日寫的致沙皇的國書。再次表示：“今貴君主既望與我和好相處，則理當歸還逋逃之根特木爾，今後不在邊界等處滋生事端”。接著在康熙九到十一年之間，孟額德又多次去尼布楚，要求俄國答複康熙發出的國書。但是，盤踞在尼布楚的沙俄侵略頭目秉承沙皇的旨意拒不回答。