和王謐相比，劉裕的另一個老相識，大楚帝國豫州刺史刁逵可就慘了！諸葛長民被捕以後，刁逵也不知出於什麼原因，把他關押了幾天，才決定用囚車押送建康，呈獻給桓玄處置。誰知囚車才到離曆陽十公裏的當利浦，就傳來了建康城已被劉裕攻破，楚帝桓玄已經逃亡的驚人消息！押送諸葛長民的衛兵反應可比刁刺史敏捷，立即砸爛囚車，放出諸葛參軍。諸葛長民便帶著這批剛才還押解自己的衛兵返身殺回曆陽。
刁逵發現情況不妙，忙調動軍隊迎擊，卻發現已經沒人聽他這位刺史大人的命令了，隻好棄城逃跑，可也沒跑得了，被自己的部下抓獲。這回輪到諸葛長民下令把刁刺史一家裝進囚車押送建康了。到了建康城，劉裕毫不留情，將刁氏一門，無論男女老少，除了給事中刁騁一人外，全都綁赴石頭城斬首！刁氏是丹徒有名的土豪劣紳，素有“京口之蠹”的“美譽”，有良田萬頃，奴婢多達數千人，在當地封山占水，家中財富堆積如山。刁家被滅門後，劉裕玩了一次劫富濟貧，抄沒了刁家家產，分給京口的貧苦百姓，讓老鄉們盡力去拿，能拿多少拿多少，花了好幾天工夫，財物才被百姓們搬完。
當然，王謐地位雖高，卻隻是劉裕推出的門麵，此時在建康更有實際影響力的行政官員是劉穆之。劉裕進入建康以後，幾乎把所有重要行動的決策和執行都交給劉穆之負責，將他當做最親密的心腹，事事與之商量。劉穆之也對劉裕竭盡心力，毫無隱諱，充分發揮自己的才幹，對各種繁雜問題都能拿出相應的處理辦法，而且無不恰當。
當時，經過司馬道子、司馬元顯、桓玄三位不稱職首腦在建康的輪番掌權，國家政令廢弛，法製敗壞，豪門貴族橫行不法，受難百姓申冤無路。各種法令多如牛毛，又常常自相矛盾，讓人無法適從。麵對這種情況，劉穆之根據具體問題，隨時進行校正，以嚴刑約束不法，如同諸葛孔明治蜀。而劉裕本人也以身作則，嚴格遵守，對犯令者決不姑息！如出身太原王氏的尚書左仆射王愉和兒子王綏就被滿門抄斬。不過十天，京城風氣為之一變，文武百官都謹慎小心，盡職盡責地工作，不敢懈怠。盡管主要還是那批人，但在劉裕和劉穆之等人的領導下，已經脫胎換骨，一個高效的、較為清廉的、在民眾中有威信的政府建立起來了。