皇帝桓玄早在命庾頤之前去增援桓謙之時，已經另命親信領軍將軍殷仲文去石頭城準備逃跑用的船隻（和劉裕在覆舟山之戰前拋棄餘糧的做法可謂對比鮮明）。沒過多久，桓謙戰敗的消息傳來，大楚皇帝聲稱要親自去前線督戰，率數千名親信衛士，帶上最喜愛的兒子桓升、侄子桓浚出宮城南掖門，打算逃往石頭城碼頭。
桓玄一行人還沒走出太遠，路遇相國參軍胡藩。胡藩是位忠勇之士，發現皇上要逃跑，忙攔住他的馬頭，苦勸道：“現在禁衛軍還有八百名弓箭手，全是忠勇可靠的荊州老兵，他們世代受桓家恩惠，都願效死力！不帶著他們與叛軍決一死戰，卻拋棄京城逃亡，連都城都不守，天下雖大，又能逃得到哪兒去？”
桓玄此時已哽咽得說不出話來，隻是舉起馬鞭，朝上指了指，意思是：天意如此啊！然後不再理會胡藩，揮鞭打馬，帶著一行人急奔石頭城與殷仲文會合，上船西逃。逆江而上，船行得自然緩慢，而桓玄的心情，比他的座船更加沉重，整天吃不下東西。再加上出逃倉促，準備不足，左右獻上的飯菜十分粗劣，讓吃慣了山珍海味的桓玄更覺難以下咽。
桓玄五歲的兒子豫章王桓升，還沒法理解大人的世界究竟發生了什麼變化，一向和顏悅色的父親為何看見自己不再笑了？乖巧的小男孩為了讓爸爸高興，使勁用小手為爸爸按摩胸口。桓玄見此情景，更加悲傷不能自製，終於不顧體麵，放聲痛哭……
此時，劉裕率討桓義軍已進入了都城建康。躲過了桓玄搜捕的王仲德，抱著哥哥王元德的幼子王方回，站在路邊等候。劉裕一看見他，便上前慰勉，從馬上抱過王方回。不過幾天時間，與王元德等誌士已是天人兩隔，想到傷心處，劉裕與王仲德一起相對大哭，同灑英雄淚。哭罷，追贈王元德為給事中，任命王仲德為中軍參軍。
差不多同時，南中國命運的兩位主宰者，不論勝利者還是失敗者都在抱著一個男孩流淚，情景是何其相似，又何其不同！
三月三日，京口起事後的第五天，劉裕進駐石頭城，晉帝國臨時看守政府在建康城成立。劉裕隻用了不到一周的時間（還可以照常雙休），就在幾乎一無所有的情況下，連敗楚軍，讓晉朝複生了！隻能用兩個字來形容——奇跡！
當天，將大楚帝國皇家宗廟中的桓溫牌位取出，在宣陽門外當眾燒毀，製作新的司馬家曆代皇帝牌位送進祭廟。同時，新政府開始有條不紊地運作：一、分派將領追擊西逃的大楚皇帝桓玄；二、派尚書王嘏（gǔ）前往尋陽迎接安帝司馬德宗；三、凡未能逃走的桓楚宗室，全部誅殺！
這個新政府名義上的臨時最高負責人是大楚帝國留在建康的最高官員司徒王謐。以他為首的楚朝高官們，不無驚恐地看著時局如天翻地覆般變化，苦思自保之策。共同商議一番後，決定聯名推薦劉裕領揚州刺史。由於首都建康也在揚州，理論上揚州刺史的官位要大大高於其他州刺史。結果劉裕堅決辭讓，反而推薦王謐擔任侍中、司徒兼揚州刺史，主管朝廷機要。此時劉裕的推薦自然比朝廷百官的聯名推薦效力高多了，於是多數服從少數，王謐順利變換角色，成為晉朝新政府的最高官員。王謐當初的善舉現在收到高額回報了。