生兄長，和孝宗發生了一點小小的爭執。這場爭執讓這位心胸狹隘的親王十分惱怒，為了報複孝宗，他下令向這位無辜的女官下毒。這種毒藥在當時的帝國醫學院裏被認為是無藥可救的。顧慮到孝宗的看法，女官悄悄地隱瞞了這一悲慘的事實，但最終還是為她所知。
在官方記載上，孝宗對這場不幸的處理十分克製。她按律判處自己哥哥終身監禁，並送這位女官去西洋，希望西洋醫術可以挽救愛人的生命。帝國的政事依舊有條不紊的進行，然而私底下，人們卻都悄悄傳說著皇帝的種種異狀：皇帝如僧侶一樣過著半苦修的生活，借此向神明祈禱愛人的平安，滴酒不沾，素食，每天抄寫經書等等。有證據表明，當時孝宗的近臣和親人們都十分確定的認為，如果不讓她心靈有所寄托，那麼皇帝無疑將會被心中的悲哀逼得崩潰。
鸞儀司的掌印（即負責人）和內閣首輔不約而同地感受到了孝宗這種不動聲色逼近的威脅——一個早夭的皇帝或者一個發瘋而出家的皇帝對帝國的不利。前者立刻選擇支持皇帝一方，因為鸞儀司裏的官員許多也是同性婚姻的支持者；後者最終也敗下陣來，對臣子們為寬慰皇帝而做出的讚同立後的上奏睜一隻眼閉一隻眼，視而不見。
似乎很快皇帝就可以按照祖先的套路，進行一場驚世駭俗的婚禮。然而孝宗卻在唾手可得的勝利麵前後退了，她宣布國婚應該在光明正大的氛圍下進行，召集各地的有名學者和相關官員，對帝國律法裏婚姻與繼承部分進行了一次徹底的討論和修改，並發出布告征詢所有人的意見。
這種善解人意的寬容和坦誠最終促成了彼此的和解，一切都在實事求是的氛圍下進行，每一天人們的各種意見都被記錄在邸報上，光明正大地發到全國各地。這場討論持續了三個月的時間，最終修訂後的帝國律法明確了同性婚姻的程序和相關的繼承順序，國婚在女官從西洋健康返回後隆重舉行，使孝宗和大臣都皆大歡喜。
這種謹慎克製的博弈方式讓人耳目一新，皇帝與大臣的關係被定義為合作者，而不是像瑪麗三世那樣，皇帝如同想要脫韁的野馬，大臣們則手持皮鞭極力要給她裝上籠頭。考慮到整件事件徹底解決時，孝宗還隻有18歲，不得不說，這位統治者似乎天生就具備了政治才能。
在這場討論中湧現出許多有才華的人物，孝宗對自己的反對者和支持者一視同仁，將這些公認表現出色的人全部提拔進了帝國的顧問機構——翰林院。他們的存在使翰林院從史學和文學研究院漸漸演變成帝國的法律研究基地。孝宗似乎對修改帝國法律有著濃厚的興趣，她主動地發起製訂《商律》——帝國第一部商業法，並規定帝國每二十年組織專人進行一次檢查，以保證現有法律條文適用於帝國的現狀。
朝廷下層官吏們在處理事務時不能再隨心所欲，因為皇帝努力讓每一部法律都容易理解，易於執行，並且沒有模糊的歧義，同時鼓勵秀才們在學宮免費為人講解法律條文，這後來成為了每個書院固定的公益活動之一。
孝宗對帝國的財政同樣關注，她幾乎和她的曾祖母一樣精通經濟。孝宗並未發布政令限製土地兼並，而是采用了更靈活的做法。她指使鸞儀司以皇家的名義大量購買土地並統一管理，設立皇農倉，這實際上成為了帝國的糧食儲備機構。同時帝國鼓勵無地的農民到邊界之外去開墾土地，甚至出海，這種實際上的擴張行為的影響在孝宗統治的後期才顯現出來。
按照帝國法律規定，皇家壟斷了許多高檔貨物的銷售權。孝宗大力發展海貿，幾乎什麼都賣——有資料顯示，有的時候她甚至將大臣們送上來的貢品也賣掉了，隻要對方給出她認為合適的價錢。這些利潤源源不斷地化作白銀流入皇帝的內庫，除了一少部分用於支付宮廷開銷，大部分都被孝宗用於推行容易被大臣們否決的花銷大的計劃，比如改進絲綢、瓷器，改進軍備、建造海船等。