十月，沈惟敬樂顛顛的從朝鮮回到中國，正想和石星談日本人的條件時，中國西北戰事已結束，中國出兵朝鮮的計劃可以付諸實踐了。
朱翊鈞在挑選總指揮時，第一個想到的自然是當時最具威望的將軍李如鬆，而對於參謀總長，朱翊鈞任命了請戰願望最強烈的兵部侍郎宋應昌。
1592年陰曆十二月二十六日，明王朝援朝軍開始渡過冰封的鴨綠江，援朝軍共計為四萬三千人，組成如下：遼東精騎一萬人；宣府精騎八千人；大同精騎八千人；江浙步兵三千人；薊鎮精銳步兵五千人；保定精銳步兵五千人；後續部隊為四川副總兵劉鋌率領的川軍五千人（這五千人後來進入朝鮮時，第一次朝鮮戰爭已經結束，所以，宋應昌和李如鬆帶到朝鮮的軍隊實際上隻是三萬八千人）。
表麵上看，援朝軍的最高長官是宋應昌，實際上應該是李如鬆。因為宋應昌是個不折不扣的飯桶。早年在山東當巡撫時，有倭寇沿海侵犯，他卻找人收購雞蛋。手下人對此不解，他昂首挺胸解釋說，等倭寇船隻離岸不遠時，我們把雞蛋扔到船上，雞蛋一碎，他們肯定站立不穩，束手擒來。
所以，第一次朝鮮戰爭中，根本就沒有宋應昌什麼事，他這樣的人也辦不出什麼事，隻是李如鬆一個人的精彩表演。
援朝軍在義州安撫了朝鮮國王後，第三天（二十八日）就從義州南下，直奔平壤。1593年陰曆正月初六，明軍和一部分還未被打殘的朝鮮軍聯合抵達平壤城下，並完成包圍。正月初八淩晨，李如鬆製定了作戰計劃，計劃分五路，一路攻平壤北門外的牡丹峰，二路攻西城門，三路攻西北七星門，四路攻西南的蘆門，五路攻東南的含毯門。
平壤城北門外的牡丹峰地勢凶險，居高臨下，和下麵的平壤城是互為犄角之勢，一旦援朝軍進攻平壤城，牡丹峰上的守軍可以下山攻擊，所以為了避免腹背受敵，援朝軍必須要拔掉牡丹峰。日軍自然也看到了牡丹峰地勢的重要，所以在這裏駐守了二千精銳。負責攻打牡丹峰的是大將吳惟忠，其所率領的三千浙兵是抗倭名將戚繼光一手訓練出來的精銳，這支部隊善長山地作戰，特別是和日軍短兵相接。
吳惟忠的部隊的確未負眾望，很快就攻下了牡丹峰，其他四路也順利攻入平壤城。在攻城中，明軍帶來的火炮發揮了作用，佛朗機、虎蹲炮、滅虜炮一起向平壤城頭轟擊，在猛烈的炮火壓製下，城上的日軍隻能低頭躲避，不敢抬頭還擊。
但進入平壤城內，攻擊速度慢了下來。日軍占領平壤後，修建了無數碉堡，這些碉堡都位於高處。小的碉堡好說，隻要用火炮車或者是震天雷扔進去就可以摧毀，但許多大的堡壘堅固無比，裏麵火力猛烈，援朝軍每進一步都要付出慘重的代價。
不過，這難不倒李如鬆，他讓人抱來木材堆積在堡壘外圍燃燒，平壤城內的大火燒了整整一夜，第二天天明，城內到處都是日軍燒焦的屍體，無數堡壘內的日軍被煙熏成了臘肉。
平壤城內的日軍雖然遭受重創，但日本最高指揮官小西行長仍然完好，主力部隊七千人也完好。他龜縮在平壤城內的最大的堡壘練光亭內頑強抵抗。李如鬆見傷亡太重，就給小西行長寫了一封信，大意是你如果想離開平壤，我可以讓你活著離開。
小西行長就給李如鬆回了封信，說，你們大明是禮儀之邦，說話可要算話，我們從東門出去，不要追趕。李如鬆讓人告訴小西行長，我們絕對不會追趕你。
一會兒功夫，幾名日軍走出堡壘，發現沒有敵人，就站直了腰，接著，陸陸續續出來了日本兵，他們為能逃脫升天而擁抱而泣。小西行長迅速帶著日軍從東門倉皇撤離，到達冰封的大同江的時候深夜來臨，李如鬆下令趁日軍渡江的時候猛烈炮轟江麵，大塊的冰層開始斷裂，無數的日軍掉入江中，頓時被江水吞沒，命大的日軍好不容易爬上對岸，又遭到了朝鮮軍隊的截殺。
這就是中日之間在朝鮮戰場上的第一次較量，日軍陣亡一萬人，其中燒死者就達六千人，小西行長的第一軍團最終抵達漢城有一萬八千人，可逃到大同江對岸時隻剩下二千人，明軍陣亡人數也不少，足有兩千人。
正月十二日，小西行長兵敗平壤的消息傳到了京城，侵朝總司令宇喜多秀家急忙召開作戰會議，有人建議在開城跟明軍決戰，宇喜多秀家則認為應該在漢城跟明軍進行決戰，因為漢城是侵朝日軍的大本營，一旦失敗，易於撤退。但是如果把決戰戰場選在漢城，那就必須把主力調到臨津江以北，糧草問題可就是大問題了，而且後方還會被朝鮮義軍騷擾攻占，這樣一來就是腹背受敵。更為關鍵的是，宇喜多秀家認為，李如鬆也不可能和他們決戰，因為李如鬆的人太少了。
李如鬆雖然不想和日軍決戰，但南進速度卻異常迅猛，1593年正月十八日，李如鬆收複開城，二十五日，推進到坡州。在坡州軍事會議上，李如鬆左右為難，有人認為應該馬不停蹄的追擊日軍，而有人則認為，如果追擊勢必追到漢城，日軍主力全在那裏，他們人多，我們人少，應該謹慎。李如鬆最終拿出了個不是主意的主意：命令遼東副總兵查大受帶領副總兵祖承訓、參將李寧引三千精銳騎兵到王京附近探聽日軍消息，並千叮嚀萬囑咐查大受，絕不許和日軍交火。
但戰爭卻是兩方麵的事，不是你想怎樣就能怎樣的。1593年正月二十六日早上，查大受的部隊吃完早飯，繼續向漢城進發，日本方麵得到消息後也派出一支兩萬人的步兵出了漢城，迎擊查大受。二十六日中午，日本先頭部隊五百人在礪石嶺和查大受的部隊迎頭相撞，雙方立刻展開激戰，結果，日軍五百人全部被殲。
查大受信心爆滿，一麵把戰況派人報告給李如鬆，一麵帶人急行軍，決定一舉殲滅日軍出來的主力。李如鬆得到報告後，心緒不寧，他好像預感到查大受要出事，所以就領著一千騎兵快馬加鞭去追趕查大受。
查大受向來是雷厲風行的人物，所以李如鬆沒有追上。當查大受和祖承訓的隊伍行進到距離漢城三十裏的碧蹄館時，不幸發生了。
查大受的三千人遭到了日本方麵一萬軍隊的包圍，由於大家見麵時已經是近距離接觸，所以明軍的火炮和日軍的火繩槍具備相等的威力，大家亂哄哄的互相射擊，慘叫聲、槍彈的爆炸聲、戰馬的嘶鳴聲混合在一起。直到傍晚，查大受和祖承訓頂住了日軍的圍攻，李如鬆領著他的一千騎兵趕來，一抵達，就進入戰場。日軍打的很辛苦，明軍打的很狼狽。戰鬥進行到最激烈程度時，有一行動迅速的金甲日軍將領拍馬直取李如鬆，李如鬆力戰不支，副將李有升上前護主，被那位金甲將領打下馬來，一擁而上的日軍士兵將其砍作數段。緊要關頭金甲倭將被李如鬆的兄弟李如梅一箭射於馬下，李如鬆這才逃脫升天。
最後，明軍左路軍指揮楊元率幾百名援兵殺到，出其不意的從戰場北麵撕開一個口子，李如鬆等人迅速和楊元一起從北麵突出重圍，依靠騎兵的速度，才甩掉了追趕的日軍。
碧蹄館一役，明軍傷亡三千多人，也就是說，查大受帶去的騎兵主力全部殉國，雖然日軍陣亡七千人，要遠多於明軍，但在李如鬆看來，這就是一次失敗。
碧蹄館之戰後不久，李如鬆出奇兵點燃了日軍在龍山的糧倉。如此一來，漢城的十幾萬日軍頓時陷入困境。但李如鬆也不能再集中力量對漢城發動總攻，明朝皇帝朱翊鈞得知朝鮮戰況後，要兵部侍郎宋應昌和日本議和。
宋應昌抓耳撓腮，想到了沈惟敬，認為此人是不二人選。於是，沈惟敬第二次以明朝談判大使的身份來到漢城和小西行長談了起來。二人先是互訴了衷腸，然後又談了談生意上的心得，1593年陰曆三月十五日，沈惟敬與小西行長達成了四點協議：第一、明朝派使節去名護屋會見豐臣秀吉。第二、明軍撤出朝鮮。第三、日軍從漢城撤軍。第四、日本應交還之前俘虜的朝鮮二王子及其官吏。
小西行長當即同意。四月十八日，日軍全部撤離漢城。李如鬆第二天接收漢城，至此，除全羅和慶尚二道部分沿海地區還被日軍占領外，朝鮮其餘各地全部光複。
1593年陰曆五月八日，沈惟敬使團到達名護屋，和豐臣秀吉見了麵。豐臣秀吉要小西行長告訴沈惟敬，大明想要和日本保持永久和平，必須答應如下七個條件：
1、把明朝的公主嫁給日本天皇；
2、發展勘合貿易；
3、明日兩國武官永誓盟好；
4、京城及四道歸還朝鮮，另外四道割讓於日本；
5、朝鮮送一王子至日作為人質；
6、交還所俘虜的朝鮮國二王子及其他朝鮮官吏；
7、朝鮮大臣永誓不叛日本。
稍對東亞曆史有所了解的人就知道，這七項條件是豐臣秀吉在自作多情。古代東方隻奉行以中國皇帝為中心的朝貢體係，日本的天皇連根蔥都算不上，況且，朱明王朝的公主隻嫁平民，從不嫁外藩。
和沈惟敬同行的政府官員謝用鋅、徐一貫聽了沈惟敬的翻譯後，大搖其頭，但沈惟敬卻說，這些條件不是咱們可以決定的，還是讓日本派使者到北京去跟大家夥們談吧。於是，豐臣秀吉派了談判代表內藤如安與明朝使團一道來了北京。
內藤如安到北京後就被兵部尚書石星約見。石星兩眼看天，口氣生冷地說：“你們提的幾點要求都是扯淡，若想和談，爾國必須做到以下幾點：一，你們在朝鮮駐紮的五千兵馬必須限期撤出朝鮮（在李如鬆的嚴厲斥責下，豐臣秀吉撤走了在朝鮮的主力，1594年陰曆四月份，日軍隻留下五千軍隊駐紮在釜山），你們的軍隊不允許在對馬島駐紮；二，封豐臣秀吉為日本王，不許入貢；三，你國必須立誓，永不侵犯朝鮮。”