按照全麵推進黨的建設新的偉大工程的需要，十六大報告提出了在新的曆史條件下加強和改進黨的建設的總體要求，這就是：一定要高舉鄧小平理論偉大旗幟，全麵貫徹“三個代表”重要思想，保證黨的路線方針政策全麵反映人民的根本利益和時代發展的要求；一定要堅持黨要管黨、從嚴治黨的方針，進一步解決提高黨的領導水平和執政水平、提高拒腐防變和抵禦風險這兩大曆史性課題；一定要準確把握當代中國社會前進的脈搏，改革和完善黨的領導方式和執政方式、領導體製和工作製度，使黨的工作充滿活力；一定要把思想建設、組織建設和作風建設有機結合起來，把製度建設貫穿其中，既立足於做好經常性工作，又抓緊解決存在的突出問題。
一個執政黨以什麼理論作為自己的指導思想曆來是這個政黨建設的根本問題。我們黨在十五大把作為毛澤東思想的繼承和發展的鄧小平理論，確立為黨的指導思想。進入新世紀，黨的十六大把江澤民提出的“三個代表”重要思想確立為黨必須長期堅持的指導思想。“三個代表”重要思想是對馬克思列寧主義、毛澤東思想和鄧小平理論的繼承和發展，反映了當代世界和中國的發展變化對黨和國家工作的新要求，是加強和改進黨的建設、推進我國社會主義自我完善和發展的強大理論武器，是中國共產黨集體智慧的結晶，是黨必須長期堅持的指導思想。我們必須以“三個代表”重要思想統攬黨的建設的各項工作，並把貫徹“三個代表”重要思想的實際成效作為檢驗黨建工作的根本標準。
堅持黨要管黨，從嚴治黨，是黨在長期執政條件下保持先進性和純潔性，鞏固黨的執政地位的必然要求和重要保證。我們黨曆經革命、建設和改革，已經從領導人民為奪取全國政權而奮鬥的黨，成為領導人民掌握著全國政權並長期執政的黨；已經從受到外部封鎖和計劃經濟條件下領導國家建設的黨，成為對外開放和發展社會主義市場經濟條件下領導國家建設的黨。在新的曆史時期，我們必須把黨要管黨、從嚴治黨的方針，貫穿於改革開放和現代化建設的全過程，體現在黨的思想、政治組織、作風、紀律和製度建設的各個方麵，落實到對各級黨組織、廣大黨員和幹部進行教育、管理、監督等各環節中去。通過堅持黨要管黨、從嚴治黨的方針，切實解決好提高黨的領導水平和執政水平，提高拒腐防變和抵禦風險能力這兩大曆史性課題。
以改革的精神加強黨的建設，是黨順應時代發展的進步潮流，堅持與日俱進，永葆先進性的關鍵所在。我們黨在長期的革命、建設和改革實踐中，形成了諸如黨的三大作風、民主集中製、從群眾中來到群眾中去等一整套科學的領導方法和工作方法，我們必須長期堅持。同時，麵對形勢和任務的不斷發展變化，又必須不斷改進和完善黨的領導方式、執政方式和工作方式、工作製度，實現黨和國家政治生活的製度化、規範化。要堅持黨的領導、人民當家做主和依法治國的有機結合與辯證統一。
全麵推進黨的建設新的偉大工程的必然要求和有效方法是整體推進。在黨的建設中，黨的思想建設、組織建設、作風建設，既相對獨立又相互依存，既各有側重又彼此聯係，三者統一於黨建設新的偉大工程。這就要求我們在部署黨的建設工作時，要著眼全局，統籌兼顧，要把黨的製度建設貫穿於黨的建設的全部工作之中，建立健全一整套切實管用的規章製度。實踐證明，把黨的建設作為一個係統工程全麵來抓，把思想、組織、作風建設有機結合起來並注重製度建設，才能從整體上提高黨的建設工作水平。
在新的曆史條件下加強和改進黨的建設的總體要求，每一條都有豐富的內容，同時又相互聯係。“三個代表”重要思想是行動指南，從嚴治黨是根本方針，改革創新是強大動力，整體推進是有效方法，共同構成新世紀全麵推進黨的建設新的偉大工程的全部內容。
（二）加強黨的執政能力建設
黨的執政能力，就是黨提出和運用正確的理論、路線、方針、政策和策略，領導製定和實施憲法和法律，采取科學的領導製度和領導方式，動員和組織人民依法管理國家和社會事務、經濟和文化事業，有效治黨治國治軍，建設社會主義現代化國家的本領。
執政能力建設是黨執政後的一項根本建設，是我們黨執政後始終麵臨和不斷探索的一個重大課題。新中國成立前夕，毛澤東把執政比作“進京趕考”，強調必須向一切內行的人們學經濟工作，從作風和本領兩方麵提出了黨的執政能力問題。十一屆三中全會以來，鄧小平緊密結合改革開放和社會主義現代化建設的實際，強調堅持黨的領導必須改善黨的領導，提出了黨和國家領導體製改革的問題，對黨的執政能力建設提出了新要求。以江澤民為核心的黨的第三代中央領導集體把加強黨的執政能力建設與推進社會主義現代化建設緊密結合，與保持黨的先進性緊密結合，表明黨對執政能力建設有了更深刻的認識，更具有時代緊迫感。2004年9月，黨的十六屆四中全會通過的《中共中央關於加強黨的執政能力建設的決定》，全麵總結了半個多世紀以來黨執政的主要經驗，明確提出了加強黨的執政能力建設的指導思想、總體目標和主要任務，是加強黨的執政能力建設的綱領性文件。