洪武二十六年（1393年）二月，錦衣衛指揮蔣瑣揭發藍玉謀反。經審訊，說是藍玉串通景川侯曹震、鶴慶侯張翼、舳艫侯朱壽、東伯何榮、吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文等謀劃在朱元璋出宮耕種田地時起事。這可是朱元璋兩大忌諱之一，當然不會輕易放過謀反的人了。於是，藍玉被族誅，凡連坐的都稱為“藍黨”，一律處死。朱元璋親手寫詔布告天下，並將藍玉謀反的事實編為《逆臣錄》。朱元璋在詔書中說：“藍玉這個逆賊謀亂犯上，結果不幸事情敗露，跟此事有瓜葛的有一萬五千人，全部被殺死。從今天起，跟藍玉有關係的人就全部赦免了。”殺了一萬五千多人以後，朱元璋似乎還覺得自己已經很寬容了，因為其他人已經被赦免了。然而，僅列入《逆臣錄》的高官就有一公、十三侯、二伯。經這一次殺戮之後，明初的功勳宿將差不多都被殺完了，各軍府衛所被株連誅殺的軍官達幾萬人。這時候，朱元璋還說什麼“跟藍玉有關係的人就全部赦免了”，這句話聽起來很是冠冕堂皇，因為這時候人差不多都死絕了，誰還敢、誰還能追問呢？
如此眾多手握重兵的高級將領，為什麼會毫無反抗地束手就擒呢？很顯然，他們沒有任何要同朝廷作對的意思，也就是說，他們並沒有謀反。但與此相反，朱元璋卻早為這次殺戮做了精心準備。
雖然朱元璋對權臣的防範由來已久，但藍玉案爆發還是有一個重要的導火線。藍玉案爆發前一年，即洪武二十五年（1392年），朝中發生了一件大事：四月二十五日這天，心慈手軟的太子朱標不幸逝世，享年三十九歲。白發人送黑發人，這對朱元璋的打擊非常大。他在皇宮東角門召見群臣時說：“眼看著我老了，沒有幾天活頭了，太子居然死了，這難道是命嗎？”不禁大哭，這時他已經六十五歲高齡了。
按照嫡長子繼承製，皇位隻能由皇太子的長子接任，而朱標的長子早已夭折，這時排行老大的朱允炆才十五歲。朱元璋誅殺權臣，本來想要為子孫鏟除後患，當年，朱元璋曾對朱標明確表示，鏟除權臣如同除掉荊杖上的棘刺，是為了便於掌握，但是他沒想到太子朱標會死在自己的前麵。
史書上曾經有這樣的記載，當初馬皇後去世以後，朱元璋一直鬱鬱不樂，少了這麼個跟自己並肩作戰的最好的戰友，朱元璋心裏十分的難過，於是有點事就可能把他老人家的怒火勾起來，老朱也是不含糊，你讓我生氣，我就讓你腦袋搬家。但是生性善良的太子連雞都舍不得殺，怎麼見得了自己的父親像是殺雞似的殺人呢？所以有一次，太子朱標實在忍不下去了，就進諫說：“陛下您殺大臣殺得太多了，這樣恐怕會傷了君臣間的和氣吧？和平相處多好，幹嘛一定要訴諸武力呢？”朱元璋聽了以後沒說話，沉默很久。結果第二天，朱元璋把太子叫來，將一根荊棘扔在地上，然後命令太子撿起來。麵對長滿刺的棘杖，太子覺得很為難，自己又沒有戴手套還不紮死？朱元璋見太子猶豫半天，就對他說：“這根荊棘你拿不起來吧？我替你將刺磨幹淨了，這樣不就拿的起來了嗎？現在我所殺的人，都是將來可能威脅到你做皇帝的人，我把他們除了，是在為你造莫大的福啊！這樣你還覺得不好嗎？”
老朱原來是在現身說法，還懂得用修辭手法，簡直是厲害！
太子跪下來給朱元璋磕頭，但心裏仍然不同意朱元璋的觀點，低頭說：“上有堯舜之君，下有堯舜之民。”這是什麼意思呢？很簡單，現在有個詞叫上行下效，通俗點就是上梁不正下梁歪，父親你要是堯舜那樣的明君，怎麼會來那麼多的亂臣賊子？
朱元璋不是傻子，他聽了這話能高興？朱標這番話把老朱氣得搬起坐的椅子就扔了過去，要砸太子，太子嚇得趕忙逃走。