但由於旅途過於勞累，太子朱標赴陝西途中不幸染病，回來後居然臥床不起。這時，朝廷接到山東盜匪猖獗的報告。於是，朱元璋就將陳迪派往山東任左參政（從三品），處理匪患。
陳迪到任後，立即聽取了有關官員的彙報後，又到濟南府監獄視察，發現獄中已是人滿為患。他親自提審了幾十名犯人，見這些人一個個衣衫襤褸，麵黃肌瘦，均是食不飽腹的平民百姓，並無盜匪模樣。為了弄清原委，陳迪又率人到周邊一些州縣進行查訪。發現這些州縣的監獄中也是人滿為患，所提審的犯人都是窮苦的平民百姓。再到幾個重點州縣查訪，發現絕大多數人家不僅房屋破舊，家徒四壁，而且壇罐皆空，一粒糧食也沒有。他仔細聽了一些老人們的傾訴，才知道山東已連續兩年遭大旱，莊稼顆粒無收。人們已到了乞食無處的地步，而官府的捐稅卻仍是照收不誤。這時，陳迪明白了造成眼前盜匪猖獗的根本原因，不僅僅是天災，更重要的是人禍。各級官員為保虛名對重大災情隱匿不報，又為了粉飾太平照例征收捐稅。對交不出捐稅的便以“盜匪”為名，抓捕刑罰，對敢於反抗的則大肆剿殺。從這層意義上講，當前遍布全省的“盜匪”已非正常含義的盜與匪，實在是平民百姓沒有活路的無奈之舉。
陳迪回到濟南府，便與布政使司主要官員商議如何剿匪撫民，並上疏朝廷，請求賑災並減免賦稅。朝廷接到陳迪的上疏立即批複同意。自洪武二十四年十二月至翌年三月，短短四個月，山東省境內已是盜匪斂跡，境內平安。為了進一步做好撫民安民工作，鼓勵發展農桑，陳迪還製定並公布了一些具體利民的政策。其後，山東又發生蝗災，陳迪又帶領民眾蝗口奪糧。就這樣，陳迪以“體仁於民”，以民為本，廣施德政，在山東一幹就是四年，深受老百姓和地方官員的崇敬與愛戴。陳迪遭靖難後，被當地民眾列入鄉宦祠祭祀。山東省布政使司將其牌位供奉於七忠祠（現為大明湖“鐵公祠”），並列為七忠之首，長年祭祀。
洪武二十七年（公元1394年）秋，陳迪的妻子計氏不幸染病早逝，陳迪按例請了一個月的長假。扶計氏的靈柩回故裏，安葬在宣城縣計家橋。沒有想到禍不單行，陳迪正沉浸於喪妻的悲痛之中，又接到江西撫州傳來的噩耗，年逾七十高齡的父親陳仲康在撫州任上病故了。陳迪聞報後立即和弟弟陳述前往撫州奔喪，並上疏朝廷，在家為父親守孝三年。但未等三年守孝期滿，洪武二十八年（公元1395年）二月下旬，陳迪就接到聖諭，奪情複官，升任雲南左布政使（正三品）。離開家鄉宣城前，陳迪又續弦，娶了管氏為妻。
陳迪升任雲南左布政使是受命於危難之時的。當時的雲南，蠻民發生騷亂，一開始出現在南部烏蒙，後來向北蔓延到烏撒，官軍圍剿，卻越剿越嚴重。陳迪上任後，實行“剿撫並重，以撫為主”的政策，很快平息了騷亂，有力地促進了社會秩序的恢複和民族團結。在征剿騷亂的過程中，為了解決軍隊分散與集中給養的矛盾，他汲取朱元璋在元至正十八年（公元1358年）戰事中采取的屯軍種田的經驗，提出軍隊“平時分散，戰時集中”的辦法，解決了因財力不足無法解決的軍隊給養問題。其後，他又上疏朝廷，提出對雲南貴州兩地實行“滇黔分省”、“屯軍建堡”、“移民填滇”的辦法。“滇黔分省”就是以地處滇黔“咽喉之地”的安順、普定為界限，在安順（含安順）以東的黔貴地區設置貴州省布政使司；將安順以西的滇昆地區保留給雲南省布政使司，變一省管理為兩省的獨立管理。“屯軍建堡”就是把分散在各地的三十萬大軍重新集中起來，采取大屯兵的舉措，在安平、普定那片老基地上重新安營紮寨，屯軍墾田，軍隊實行自養。“移民填滇”就是有組織、有計劃地從富庶的江南將留守雲南的三十萬大軍的嫡親家屬，即妻子兒女和大批的工匠、藝人、手工業者、商人、醫者遷移到雲南的大軍駐紮之地。這既是一次空前的大遷徙，又是一次大團圓、大開發。為此得到朝廷白金、錦緞、金幣的賞賜。
洪武二十五年（公元1392年）五月，太子朱標病死，五個月後，朱元璋立朱標嫡妻所生的第二個兒子朱允炆為皇太孫（朱標的長子已在10年前死去）。
洪武三十一年（公元1398年），71歲的朱元璋因病臥床不起了。躺在病榻上的朱元璋忽然發現，自己雖然為皇太孫繼位提前做了許多準備，但還是沒有準備好。該殺的似乎都殺完了，可誰是可用的人呢？急切的思考中他想到了一個人，那就是現任雲南右布政使的陳迪。陳迪曾任太子朱標的老師，外放出任山東省左參政、雲南右布政使表現不俗，有豐富的基層工作經驗，不僅有才幹，而且辦事沉穩縝密，這些都給朱元璋留下了深刻的印象。托付給這樣的人輔佐皇太孫他放心。於是這一年陳迪被調進京城，另有重任。
洪武三十一年（公元1398年）閏五月，71歲的明太祖朱元璋駕崩於虎踞龍蟠的金陵城。21歲的朱允炆在6月30日登基，第二年2月6日陰曆新年那天起，將建文定為年號。這位年輕的皇帝書生氣十足，毫無治國經驗。且不說和他的爺爺朱元璋相比，就是比起他的那些雄才大略的叔父們，他也沒有那種自信心和堅強的性格。他衷心向往的是實行理想的仁政。因此，他隻把他的三位儒師倚為心腹。同時，改六部為正一品，任命顧命大臣陳迪為禮部尚書，張紞為吏部尚書，齊泰為兵部尚書，王純為戶部尚書，鄭賜為工部尚書，侯泰為刑部尚書。原翰林院修撰黃子澄為太常寺卿，同參國事。陳迪所任的禮部尚書，用現在的話來講就是相當於分管全國教育、文化、科舉考試、皇家祭祀禮儀和外交的國務院副總理之職，是一人之下萬人之上的禮部尚書。
建文帝即位後，針對前朝以酷吏極刑、軍人治國的弊端，對一些大政方針進行了改革。他聽從了方孝儒的意見，把六部尚書從二品提到一品，又在尚書和侍郎之間加了一個侍中之職，有意識地把政權牢牢控製在文官手中。這與洪武時代重視武將的方針有很大的偏離。同時，他還提出削藩政策。他提出的這兩條急於求成的政策正是導致建文朝在很短的時間內遭至滅亡的主要原因。
洪武三年（公元1370年）以後，明太祖陸續分封了他年長的九個兒子（其中包括朱棣），把他們分封在沿邊牆的全國各戰略要地，王位世襲，想通過他們作為抗擊蒙古侵略和鎮壓叛亂的支柱。用朱元璋的話說：“天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民，今諸子既長，宜各有爵封，分鎮諸國。”王子們都享有巨額年俸和許多特權，雖然他們在法律上對境內平民百姓不享有直接的行政權力，但是他們每人都節製三支輔助部隊，人數在3000到15000之間，致使藩王勢力不斷擴張。
藩王勢力的膨脹，勢必構成對中央政權的威脅。朱元璋大封藩王時，有個供職於山西平遙叫葉伯巨的人指出，藩王勢力過重，數代之後尾大不掉，到那時再削奪諸藩，恐怕會釀成漢代“七國之叛”、西晉“八王之亂”的悲劇，提醒朱元璋“節其都邑之製，減其衛兵，限其疆土”。朱元璋不但聽不進勸告，反而認為其挑撥其父子關係，用枷鎖把葉伯巨押解到南京投入監牢，不久葉伯巨便餓死獄中。當時還是皇孫的朱允炆也對此表示了擔憂。因此，朱允炆登上皇位後，立即開始削奪諸藩王的權力。