很快，讓姚壯憲和張毅君擔心的事情發生了。謝崇輝的《仙劍二》提案通過了總部的批準，這讓姚壯憲憤怒不已，他認為總部的做法是在有些欠妥，他必須采取一定的措施。因此他一麵敦促張毅君盡快將《仙劍二》的提案上交，一麵積極與總部聯絡，表達自己不滿的情緒，但最終大宇還是將《仙劍二》的開發權交給了謝崇輝，而上軟所提供的《仙劍二》則變成了《仙劍三》。
由於總部對上軟並不抱太大的期望，初期啟動資金僅給了65萬美金（約合540萬人民幣）。這樣的規模做一款三流遊戲可能還算夠用，但製作像《仙劍三》這樣的大作就顯得有些捉襟見肘。更不要說張毅君一直在開發的RTS遊戲《漢朝與羅馬》也進入到了吃錢的階段，更加速了資金的消耗。
就在局勢並不十分明朗之時，大宇總部突然傳來謝崇輝的開發小組集體離職的消息，留下了爛尾的《仙劍二》。為了不讓“仙劍”之名受損，姚壯憲不得不回到台灣，與其他幾位製作人一起收拾爛攤子。可此時離製作檔期結束隻有不到一年，遊戲的完成度卻並不高，就算姚壯憲的能力再強，也無法在這樣短的時間內把一個支離破碎的遊戲變成經典之作，於是《仙劍二》在未能完善的情況下倉促推出，自然引起了玩家的強烈不滿，一時間惡評如潮。
《仙劍二》的失利帶給張毅君更多的壓力，《仙劍三》有可能會因為玩家產生的逆反心理影響到銷量，一旦《仙劍三》也失敗，後果就非常嚴重，不僅《仙劍》初代多年來積累的口碑可能會消失殆盡，上軟也可能會隨之關門大吉，就算運氣好沒有倒閉，但今後也會和仙劍絕緣。可以說，《仙劍三》還未出世，就注定是一款隻許成功、不許失敗的作品。
2003年7月，僅隔了半年時間的《仙劍三》正式發售，遊戲的素質大幅度的超過了預期，征服了包括內地、港澳台在內的所有玩家。遊戲限量版一度被炒到12000元人民幣，一掃之前《仙劍二》失敗的陰霾，成為玩家心目中真正的仙劍續作，甚至還有很多從來不知“仙劍”為何物的玩家也被《仙三》獨特的中國文化底蘊與良好的遊戲性所吸引，成為該係列的忠實擁護者。
據統計，《仙劍三》共賣出50多萬套（盜版約300萬套），總銷售額達到了6000多萬元人民幣，這在當時的中國遊戲市場絕對是一個奇跡（如果沒有盜版更加會是一個奇跡）。《仙劍三》的佳績不僅讓姚壯憲揚眉吐氣，同時也讓大宇總部打消了所有疑慮，將《仙劍奇俠傳》的獨立開發權留在了上軟。
“小野人與菱紗、夢璃、紫英、勇氣等等人物的互動，有很多其實都是研發人員平日給我的感受。我很慶幸認識這批同事，因為大家都保有一顆愛玩但又執著的心，工作辛苦但還是很快樂”——摘自張毅君BLOG
4.步履蹣跚
盡管《仙劍三》的成功讓許多人都鬆了一口氣，但實際上並沒有給上軟帶來多少切實的利益。因為上海軟星沒有獨立的財權，大宇規定上軟隻能拿到內地銷售的純利潤，而台灣、港澳的銷售利潤都歸總部所有。這樣算下來，能夠留在上軟的資金隻有500萬~600萬，這點錢填補完公司的缺口以後也就所剩無幾了。然而上軟要發展，仙劍要開發新作，這都要大量資金的支持。最重要的是，《仙三》開發組拚死拚活幹了三年，也需要獎金來慰藉，張毅君權衡了一下，決定還是以公司發展為重，並沒有發放太多的項目獎金，這個做法引起了不少員工的不理解，他們覺得自己的勞動成果創造了巨大的經濟價值，卻沒有得到應有的報酬，心裏很不舒服，於是便提出離職。隨後一批骨幹開發人員離開上軟，張毅君盡管心痛，卻也無力挽留。
2003年後，伴隨著上海房地產行業的爆發，人力物力的成本也開始飛升。三年後的500多萬，實際作用可能連三年前的一半都不到，而上軟員工的薪資待遇也和2001年沒什麼區別。《仙劍三》的成功隻是讓上軟聲名遠播，研發資金的規模卻反而不如三年前了，這是讓張毅君和上軟人感到的最不公平之處。他們在無奈之下，隻能靠一些低成本項目如仙三“問情篇”來創盈收，為《仙劍四》的開發積累資金。
實際上，台灣大宇公司的待遇之差是業界一直所公認。通常是靠著知名係列和製作人招進員工，但開發完一個項目後，這些人就會覺得付出和獲得不成比例而選擇離開，所以也有人諷刺大宇是“培訓基地”。從大宇出去的研發人員水平都不錯，普遍要求卻都不高，因為他們在大宇享受的是業界最低等級的待遇。
這個習慣也延續到了北軟和上軟，相對來說北軟要好一些，而上軟則有點像“後媽的孩子”，就算做出再大的成績，總部也不會因此而放寬政策，始終是冷冰冰的態度，未免讓人感覺有點心寒。張毅君隻能動用有限的資金，在不影響《仙劍》續作開發的前提下，做一些自己喜歡的遊戲，其中《阿貓阿狗2》就是一部非常有創意的作品，各方麵的評價都很高，但因為單機市場環境惡化的影響，最後也隻能叫好而不叫座。隨著《仙劍三外傳：問情篇》的完成，又有一批老員工難以忍受高強度的工作和低廉的薪資待遇而離開上軟，其中甚至包括《仙劍三》主力策劃王世穎。這次離職後，上軟的元老所剩無幾。看著昔日的戰友一個個離去，張毅君也想到過一走了之，但對《仙劍》的感情讓他遲遲無法下定決心，就這樣一直挨到了《仙劍四》的項目的開始，他決心再奮力拚搏一次。