杜重遠讓高崇民帶上他的親筆信於同年11月到西安，分別交給張學良和楊虎城。信中說明聯共抗日的道理，提醒他們勿上蔣介石坐收漁翁之利的當。又經高崇民的麵談勸解，張學良與楊虎城解除了誤會，聯手結盟。
次年4月16日張學良專程去上海虹橋療養院看望杜重遠，並派車把杜重遠接到樹林裏，二人坐在車上進行了密談。
後來楊虎城在上海又與杜重遠會晤，杜重遠建議他與張學良聯合起來與中共合作，共同抗日。
公元1936年10月杜重遠出獄不久，不顧自身的病弱，親自到西安與張學良、楊虎城會麵，促成“西安事變”。
“西安事變”發生後，國民黨政府指令陳立夫將杜重遠從江西景德鎮押到南京關進監獄，把他的從事陶瓷專業的17名骨幹逮捕入獄，其他人員軟禁起來。
“西安事變”和平解決後，杜重遠及其骨幹們又被釋放。
周恩來、張學良、楊虎城在談判中對宋子文提出改組國民政府，成立抗日政府。
周恩來推薦宋慶齡、杜重遠、沈鈞儒、章乃器等人擔任抗日政府的行政院副院長。
公元1937年2月，國共兩黨合作，形成抗日民族統一戰線。
杜重遠擔任了“東北抗日救亡總會”的副會長。積極發動東北人民堅決抗日，做出了卓越的貢獻。
他堅決反對蔣介石消極抗戰，挑起內戰，重新反共。
蔣介石懾於杜重遠的聲望，不敢公開加害，采取收買手段給杜重遠以交通部人事司司長的職務，被杜重遠拒絕了。
後又未經杜重遠同意，將他定為國民政府監察院的委員。杜重遠獲悉登報否認並予以揭露。
杜重遠先後四次來到新疆，寫了《盛世才與新新疆》、《三度天山》等文章在漢口、上海等地發表，並請鄒韜奮寫序出版發行。
他對新疆的讚許在內地引起巨大的反響，許多愛國人士和進步青年紛紛來到新疆，為支援抗日積極工作。
杜重遠被盛世才聘為督辦公署高等顧問。
由於杜重遠在群眾中威望越來越高，引起盛世才的嫉恨。
加之世界局勢的逆轉，盛世才把他軟禁在家，不準回關內。
公元1940年5月18日盛世才將杜重遠逮捕，關進特別監獄。
公元1943年5月蔣介石派人來新疆複審杜重遠一案，授意盛世才處死杜重遠。
盛世才想：我何不借他之手殺了杜重遠這個令我忌恨的人？
盛世才思之再三，決定要毒死杜重遠。他對李英奇說：“這個杜重遠，真叫我心煩，媽拉個巴子！我要親手毒死他。你先別管了，集中精力，把那些洗掉！”
李英奇說：“還有那些共黨分子，怎麼辦？”
盛世才瞪著眼：“洗掉！你說什麼？共產黨分子？你怎麼沒記性，我說過了，在新疆，沒有共產黨員；有，就是托派。在新疆，沒有國民黨員，有，就是漢奸！”
李英奇紅著臉點頭稱：“對！對！督辦的意思我明白。我們殺的不是共產黨員，是托派，也是共產黨的仇人。我們殺的不是國民黨員，是汪精衛的漢奸，也是蔣介石的對頭。”
盛世才盯著他，說：“要記住，別他媽的裝傻！去吧！”
李英奇一挺胸，“啪”地一靠腳後跟，轉身走出去。這意思表明他頭腦清醒，意念牢記，不會出偏差。
盛世才搖了一下頭，禁不住笑了。
他笑李英奇隻會動手，不會轉腦筋。
公元1943年7月19日的晚飯時間，盛世才派衛隊團長盛世英到監獄裏請杜重遠前來赴宴。
杜重遠拒絕了。
盛世英說：“重遠兄，今日是你的好日子，督辦作出了結案決定，判你無罪，從今天起釋放你回家。督辦覺得對不起你，特備小宴，表表心意，與你話別一下。”
杜重遠似信非信：“真的嗎？”
“重遠兄，我怎麼會騙你？快請！”
杜重遠心想借此機會好好規勸一下盛世才，也是一件好事，便赴宴了。
一進小客廳，盛世才立刻迎到門口熱情地說：“重遠弟，實在對不起，讓你受委屈了，為兄我實在於心有愧。今晚略備小宴，為你壓驚，表表兄弟之情。宴後，送你回家。”
他說完把杜重遠讓入上席。
杜重遠冷淡地問：“你怎麼又想起放我呢？你不怕我這個‘漢奸’勾來日本鬼子打你嗎？”
盛世才笑道：“重遠弟取笑了。你我深交多年了，我還能不知你的為人嗎？此一時，彼一時，還請兄弟諒解。”
杜重遠說：“你還沒回答我的問題呢！”
盛世才說：“哦！是這麼回事。你的不少老友紛紛來電，求我放你。我連日想了想，你我的友誼遠遠勝過他們。你為我出了不少力，付出了不少心血，沒有你的宣傳，我盛某的功績怎會聞名大江南北呢？仔細一想，我將功臣當作奸人，實在過分，所以，我決定放你了。”